師生遷至西安，其餘的部分則留在上海。於是，交通大學分為了西安和上海兩個部分。1959年7月，國務院批准交通大學兩部分獨立建校，分別成立了上海交通大學和西安交通大學。此時上海交通大學有19個專業，西安交通大學有23個專業。

1961年，上海交通大學劃歸國防科工委，同時接受高等###和上海市政府領導，此時的學科體系侷限於造船等相關專業。文革期間，上海交通大學的正常教學科研秩序遭到嚴重破壞，發展幾近停頓。1970年，學校又劃歸當時的中國海軍領導。文化大革命結束後，上海交通大學率先在中國高校中進行改革，同時拓展專業方向，重建數學、物理、化學、力學等應用理科系以及管理學科，逐步恢復交通大學時期理、工、管三足鼎立的學科佈局。

1982年9月，上海交通大學重新劃歸###領導，後被國務院確定為全國重點建設的大學之一。學校的蓬勃發展使得原有校區日漸緊張，上海交通大學於1985年開始在上海市閔行區興建閔行校區並於1987年投入使用。20世紀90年代以後，上海交通大學先後獲得“211”工程和“985”工程支援，被列為中國建立世界一流大學的少數幾所高校之一。1999年，原上海農學院併入。2002年10月，經###批准，上海交通大學在新加坡成立了中國在海外的第一個研究生院。2005年7月，上海交通大學與上海第二醫科大學正式合併，組建成新的上海交通大學，成為以工、醫、商見長的國內頂尖大學之一。

國際影響

改革開放以來，上海交通大學與國外及港澳臺地區的150多所院校、數十家跨國企業以及世界衛生組織、聯合國人口基金會等建立了密切合作，先後聘請了400多位國際著名專家學者擔任名譽教授、顧問教授和客座教授。與密西根大學等世界著名大學開展了的實質性合作辦學；經###批准在新加坡成立了國內高校在海外的第一個研究生院；與Intel、IBM等諸多知名企業和研究機構聯合共建了50餘個高水平實驗室，每年舉辦數十個國際學術會議。

師資力量

上海交通大學現有專任教師2800餘名，其中正高階專業技術職務的700餘人，中國科學院院士15人、中國工程院院士20人，“973”首席科學家7人，國家“長江學者獎勵計劃”特聘教授31人，“長江學者獎勵計劃”講座教授4人，國家傑出青年科學基金獲得者33人，國家級教學名師2人；有博士學位的教師佔50％。

著名系科

學校有20個學院、2個直屬系和1個研究生院以及其他教育機構。擁有本科專業60個，一級學科博士學位授權點22個，二級學科博士授權點143個、碩士授權點179個，專業碩士學位授權點6個，博士後流動站23個；國家重點學科22個，上海市重點學科36個；有國家級教學基地和人才培養基地7個。有國家重點實驗室6個，國家部委重點實驗室10個，上海市重點實驗室14個，上海市E研究院3個；國家工程研究中心4個，國家技術轉移中心1個，世界衛生組織合作中心2個。

硬體設施

目前上海交通大學有閔行、徐匯、法華、七寶、上中路、重慶南路（原上海第二醫科大學）等6個校區，校園總面積近350萬平方米；學校圖書館藏書約260萬餘冊。

大家英才

知名人士：蔡鍔、蔡元培、丁關根、何祚庥、侯紹裘、黃炎培、黃萬里、###、李叔同、林同炎、凌鴻勳、陸定一、茅以升、錢學森、邵力子、王安、汪道涵、汪耕、吳文俊、吳有訓、吳稚輝、張光鬥、楊嘉墀、張維、朱物華、鄒韜奮等。在我國23位“兩彈一星”功臣中，交大校友有6位；在中國科學院、中國工程院院士中，交大校友有200多位。

功勳校長

盛宣懷：1896年—1905年；

楊士琦：1905年—1907年；

唐文治：1907年—1920年；

葉恭綽：1921年—1922年；

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上海交通大學（3）

凌鴻勳：1924年—1927年；

蔡元培：1928年—1928年；

孫 科：1928年—1930年；

黎照環：1930年—1944年；

吳有訓：1949年—1952年；

彭 康：1952年—1968年。