時，周軍水師又從海面上炮轟京都，將全城幾乎夷為平地，天皇也被炸死。

在粉碎了日軍的抵抗之後，周軍開始分散進駐日本各地城池。早已經準備好的周朝官員也都陸續被派往日本各地，擔付起管束日本平民，建立新的地方政權的工作。

這種治理外國地方的工作，已經有了充分經驗的長孫無忌和宋金剛可謂駕輕就熟。

他們下令將日本全國按中原的傳統，分為郡和縣兩級行政區域。郡知府設在京都，各縣縣令則駐在原日本各大名的城池內，知府和縣令均由日本人擔任，以消減日本人的牴觸情緒。

不過，這些擔任地方長官的日本人，卻都是家中和漢人通婚，或者從小就在中原長大，能說流利漢語，心向周朝的日奸。而真正對地方有威攝作用的留守一職，卻由周軍的駐軍軍官擔任。

同時，長孫無忌亦看到，日本的各大名領地之間，由於以前的內戰，相互都看不順眼，他亦把在新羅和濟用過的方法搬了過來。故意讓原北條家投降的家臣去擔任原淺見家領地的縣令，又讓毛利家族的家將去擔任織田家族的地方官員。

這樣一來，雙方自然就矛盾重重，而當矛盾激化到一個臨界點時，長孫無忌再以自己委派的