第一段出土的遺物以二里頭文化因素居多，第二段遺物單純，主要屬於商文化因素。第二，偃師商城的分期是在很多專家工作的基礎上進一步得出的，現在的分期根據新的地層關係早晚搞得更加細緻可靠。在研究過程中，我們還請了專家前來考察、把關，應該說，我們的工作是被學術界認可的。第三，關於偃師商城的年代問題，最早的那個小城，我們在1996年就發現了線索，1997年開始發掘，所出的材料確實不算多，已儘可能地將材料發了簡報。但在小城中發現有墓葬、牆、水溝之間的關聯關係，大灰溝在宮殿區，周圍有牆，可能也是建築遺蹟。它在第一、二段使用，四段時被填平，此時在其北面出現了石砌的水池。另外，發掘的宮殿遺蹟有五個在第二段使用，第三段時擴建，此時又出現了大城，這也可作為旁證。

針對杜金鵬的說明，曾參加過偃師商城發掘的社科院考古所副所長王巍補充道：“偃師商城的始建年代還沒有得到直接證據，但現在至少證明小城比大城早。儘管目前尚不能證明城牆本身早到第一段，不過可以結合城內的遺蹟關係相互證明得出結論。小城範圍內的最早的遺蹟是大灰溝一段的，其遺蹟與四號宮殿共用一牆，兩者可能有必然的關係，而不是像鄒衡先生所說的那樣沒有關係。”

關於夏商文化的界標問題，王巍對杜金鵬等人的觀點表示認同，並指出在鄭州商城要區分先商、早商文化是困難的，而偃師商城出現於夏都二里頭附近，它的出現應晚於夏的年代，進入了商王朝時期，所以偃師商城的始建年代應近於夏商文化的分界。這個觀點，同樣得到了河南省文物考古研究所研究員楊玉彬的支援。楊玉彬認為，夏商文化如果要定界標，只有一個，那就是偃師商城，因為偃師商城比鄭州商城的工作更紮實，前者作為夏商的界標更明瞭，也易被學術界接受。

對鄭州商城和偃師商城到底誰早誰晚、誰有資格充當夏商界標問題的爭論，“工程”專家組成員、考古學家殷瑋璋頗不以為然。他說：“在過去的十幾年裡，考古學界幹了些什麼事呢？就是為鄭州商城早還是偃師商城早而進行爭吵，而這個爭吵是沒有結果的。你說這個早，他說那個早，有什麼憑據？是不是偃師商城就比鄭州商城一定要早，那鄭州商城以後再發現早的遺址怎麼辦？這種爭論把我們的精力挪到了不應討論的問題之中，恰恰忽視了或者說沒有把我們應該研究的東西抓起來。1995年在偃師召開商文化討論會，這個會議由我主持，有許多專家參加，會上大家依然是爭論不休。當時仇士華先生對我說，關於鄭州商城和偃師商城到底誰早的問題，14C測年可以解決，如果14C測年出來，我想這就有了依據。事實上，大家都坐在家裡討論是解決不了什麼問題的。就考古學的角度而言，必須對一座都城挖到一定程度，你才能把這個遺址的情況瞭解清楚。否則，討論來討論去總是沒有抓住根本，沒什麼意義。”

至於能否用都城作為夏商界標的問題，殷瑋璋也有不同於其他學者的看法，他說：“我不同意用都城來解決夏商分界問題，考古學上的斷代必須用考古本身的方法來解決，用考定某個都城的方法是解決不了考古學上的問題的。文獻上記載著亳，你就說這個都城是亳，有什麼證據？你找的那些證據許多是建立在假設之上的。當然，這個假設是允許的，但必須在得到證實的情況下，再作第二個推論。可有些學者不等這個假設予以證實，接著第二個、第三個、第四個，一連串的假設都出來了，看起來頭頭是道，什麼問題都解決了，可惜考證後發現不是那麼回事。實際上這是超前意識，憑空想象，而科學是不允許這樣做的。”

由鄭州商城與偃師商城之爭，牽涉到二里頭文化的分期問題，殷瑋璋講道：“我認為二、三期之間有非常突出的變化，從出土的陶器來看，明顯是兩種不同的文化。但鄒衡先生就是不同意我的看法，認為二、三期之間有變化，但太少，是量變，不是質變。試想一個朝代的變遷，在文化上不可能是突變。新中國成立後十年，才搞了北京十大建築，現在看到的高樓大廈，是近幾年才出現的事。許多生活用品也是慢慢地淘汰、更換，沒聽說在毛主席率大軍一進城，新中國剛成立的時候，那個人把自家的鍋碗瓢盆全砸了。如果有這樣的人，也是個神經病患者。即使你砸了，想換新的，工廠也一時造不出來。”又說：“再如秦始皇滅六國，實行天下統一，從考古學的角度看，你在六國之內很難找到秦的歷史影子。這就證明朝代的變更跟文化的變更是不同步的。新中國成立後，梁思成等人提出要建一個新都，結果毛主席把梁思成批了一頓。按理