無端被浪費，他也不能自己選拔軍官，而他提的任何建議都未被採納。總之，情況簡直令人感到不可救藥，所以，蔣介石認為應解散第二支隊。

在7月9日的第二封信中，蔣介石抱怨情況越來越糟，他“身心憔悴”，有些地區土匪活動猖獗，但由於部隊紀律渙散，內部派系鬥爭嚴重，他們根本無力對付土匪。為避免人們指責他迷戀官職，喜歡投機，蔣介石決定辭去第二支隊司令一職。

在蔣介石的生涯中，每當形勢不能如他所願時，他就以辭職的方式來以退為進。他多次辭職，試圖以此來證明他是不可缺少的，其結果也往往是他一旦復出，職權就會更大。這次孫中山和陳炯明再三挽留，但蔣介石都予以拒絕，直到1920年9月，由於他的一個朋友朱執信被桂系軍閥殺害，蔣介石才重返廣東。朱執信的棺木被運往香港，蔣介石前往悼念，並擬定了一份以粵軍驅逐桂系軍閥的作戰計劃。

但是此時，蔣介石與陳炯明的矛盾已不可調和。1920年11月，孫中山寫了一封情真意切而又嚴肅的信給蔣介石，勸他留下來並努力與陳炯明搞好關係。

孫中山不顧年齡長幼的傳統習慣，稱蔣介石為“我親愛的介石兄”。信中寫道：

執信忽然殂折，使我如失左右手。計吾黨中知兵事而能肝膽照人者，今已不可多得，惟兄之勇敢誠篤，堪與執信比，而知兵則尤過之。兄性剛而嫉欲過甚，故常齟齬難合，然為黨負重大之責任，測勉強犧牲所見而降格以求，所以為黨、非為個人也。

起初，蔣介石還能聽進孫中山的勸告，但他對陳炯明的不滿還是有增無減。陳炯明未採納蔣介石的意見，結果沒有全部消滅桂系軍閥。蔣介石憤怒之下�