當北伐軍以雷霆萬鈞之勢，席捲中原，各地告急的羽書，雪片似飛向大都的時候，元軍正忙於內鬨，殺聲震動大地，政局反覆和軍權轉移，交會錯綜，纏夾不清。擴廓被解除兵權後，退兵據澤州（今山西晉城），威風一倒，部將關保投向政府。順帝以為擴廓勢孤，詔李思齊等軍東出關，和貊高合軍圍攻擴廓，令關保以所部戍守太原。擴廓憤極，引軍據太原，盡殺朝廷所置官吏。順帝也急了，下詔書削擴廓在身官爵，令諸軍四面###。元璋大軍就趁這時機，下山東，取汴梁，元將望風降附，無一人抵抗，無一軍堵截，小城降，大城也降，漢官漢將棄城逃走，蒙古、色目也棄城逃走，真正是“土崩瓦解”，“勢如破竹”。

到了潼關失守，貊高、關保又為擴廓所擒殺，順帝才害怕發急，不好轉圜，末了還是把一切過錯都算是太子作的，取消撫軍院，盡復擴廓官爵，令和李思齊分道南征。兩人也才著慌，正準備調遣軍隊，整裝出發，可是太晚了，北伐軍已經向大都推進，挽救不及了。

第三步攻勢的目標才是大都。閏七月徐達大會諸將於臨清，馬步舟師沿運河直上，連下德州湧州，元軍連吃敗仗，毫無鬥志，順帝怕被俘虜，蹈徽、欽二帝和瀛國公的覆轍，二十八日夜三鼓，率后妃太子逃奔上都（開平，今察哈爾多倫縣地。編者按：即今內蒙古自治區多倫縣西北）。八月初二北伐軍進人大都，淪陷了四百三十年的名都，到這一天才算光復舊物。從宋太祖到宋神宗以來，沒有能夠實踐的民族願望，算是達到目的了，歷史的錯誤、汙點，算是湔雪了。自古以來對北方蠻族的國際線——長城，從這一天起，再度成為中華人民的自衛堡壘了。蒙古政府——成吉思汗後人君臨中國的政權，從滅金算起，有一百三十四年，從滅宋算起，有九十年，到這一天，結束了！

元大都雖下，順帝在上都依然可以發號施令，元軍實力依然強大完整。徐達、常遇春移師進取山西陝西，從洪武元年八月到第二年八月，整整一年，才完成第四步的戰果。在這一年內，元軍不但堅持抵抗，而且還有力量作幾次大規模反攻。在整個北伐戰役中，可說是最艱苦的一段。

西征軍從河北進人山西南部，擴廓遣將以兵來爭澤州，大敗西征軍，又乘北平（元璋改大都為北平府）空虛，親出雁門關偷襲。徐達得到情報，也不回救，逕率大軍直搗擴廓的根本太原。擴廓進軍才到半路，回軍援救，半夜被襲擊，不知所措，以十八騎北走，山西平。

洪武二年三月西征軍入奉元路（西安），李思齊逃奔鳳翔，又奔臨洮，大軍進逼，勢窮力竭，只好投降。元軍又乘虛攻通州，北平無重兵，常遇春、李文忠率步騎九萬還救，直搗元上都（開平），元順帝北逃沙漠，北平也轉危為安。遇春暴卒，李文忠領會合大軍併力西征，大敗圍攻大同的元軍，生擒脫列伯，殺孔興。順帝見幾次計劃，都已失敗，知道不行了，嘆一口氣，從此打消了南下反攻的想頭，定下心，重新回到他祖宗時幕天席地，跟水草轉徒的生活，中國皇帝雖然作不成了，也還是稱雄漠北的蒙古可汗。徐達大軍繼續西進，張良弼逃奔寧夏，為擴廓所執。其弟良臣以慶陽降，不久又反，城破被殺，陝西平定。

李思齊、孔興、脫列伯、張良弼兄弟，降的降，死的死，元朝大將只剩擴廓帖木兒還擁大兵駐屯寧夏，不時出兵攻掠，邊境守軍不得安逸。劉基警告元璋說：“不可輕看擴廓，此人真是將材。”洪武三年又命大將軍徐達總大兵徵沙漠，擴廓方圍蘭州，解圍回救，大敗奔和林（今外蒙古庫倫西南編者按：即今蒙古烏蘭巴托西南。）。五年，又動員大軍分道進攻，到嶺北為擴廓所大敗。廿五年後元璋想起這次失敗，還非常傷心，寫信告誡他兒子朱棡、朱棣說：“吾用兵一世，指揮諸將，未嘗敗北，致傷軍士。正欲養銳，以觀胡變。夫何諸將日請深入沙漠，不免疲兵於和林，此蓋輕信無謀，以致傷生數萬。”據同時人記載，連同過去幾次的損失，合計死亡有四十多萬人，元璋竟把責任推給諸將了。其實元璋對擴廓最不放心，曾說“如今天下一家了，尚有三事未了，掛在心頭：一件少傳國，一件王保保未擒，一件元太子無音問。”到洪武八年，擴廓死，西北的守軍才得休息，元璋和他的將軍們背地裡都嘆了一口氣。

察罕死後，擴廓繼掌兵權，元璋曾打發人去通好，七次去信，好說歹說，求通商，求助討孛羅，求兩下互不侵犯，各守封疆，送錦綺紗羅，送馬疋，弔喪，問候，全做到了，使者都被扣留，也不回信。擴廓孤軍出塞以後，家屬被俘，又使人送信去勸降，娶他妹子作第二子秦王妃，還是不理。最後