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追至閒山島海面，只見四面出現大批朝鮮戰艦，將倭船緊緊圍在中央。雖然只有五十五艘船，但在舜臣的指揮下，在三艘龜船的猛烈炮火下，打得倭兵抱頭跳海。船隻被壓擠成一團，既缺少機動，又無法發揮火力，倭艦被炸得桅倒帆焚。激戰一天，四十七艘倭船被焚，十二艘被俘（記於《亂中日記》），家臣脅坂左兵衛　和　渡邊七右衛門　陣亡，真鍋左馬允　於絕望中切腹自盡，倭兵死傷不計其數，安治本人亦身中數箭，率僅存的十餘隻快船趁夜色倉皇逃往金海灣。

嘉隆、嘉明聞聽敗報，忙起兵於安骨浦紮營，迎接安治敗兵。舜臣得知訊息後，於初九日匯合李億祺、元均兩路水軍沿巨濟島北進。翌日，朝鮮水軍抵達安骨浦港外，與早已佈陣的四十二艘倭艦對轅。安骨浦水面太淺，不利作戰，舜臣請李億祺所部於外圍深水處埋伏，自己與元均率隊進港挑釁倭艦。但嘉隆等將怕中埋伏，不敢出港，只於遠處開炮還擊。舜臣見誘敵之計無效，同時發現一艘安宅船甚是華麗，船高三層，體積龐大，裝飾別具一格，周身附著飄逸綵緞，上繡蓬萊仙島，在艦隊中格外扎眼。舜臣料想必為倭軍旗艦，便命全軍集中射擊此船。果不其然，此船乃是秀吉為親征朝鮮而特意定做的“日本丸”號，他將此愛船借予嘉隆使用。嘉隆正於船上坐鎮指揮，不料朝鮮水軍突然改變策略，由*改為主動進攻，一時無措，“日本丸”號受重創起火，沒入海底，嘉隆及時跳船逃命，才免得一死。

這時，港外又衝進很多朝鮮戰船。原來，聽到港內大戰之聲，李億祺知道誘敵之計沒有奏效，自己的伏兵已失去意義，乾脆率隊入港支援舜臣和元均。舜臣採用車輪戰術，分艦隊為若干小隊，輪流進攻，此起彼伏，殺得倭船潰不成形。倭軍雖奮力抵抗，但終因船小、火力弱，幾乎全軍覆沒。入夜，兩倭將劃小艇躲過鮮軍的視線，如喪家犬一般逃回釜山。舜臣等則各自率隊回港口休整，途經閒山島海面，發現幾座小島上竟有百餘名倭兵，餓得兩眼直冒綠光，原來他們是在上次海戰中跳海逃生後，游到這些無人島上的。鮮軍觀後皆捧腹不已，舜臣請元均水軍看住他們，自己則先行返回。不料，元均風聞倭艦大舉而來，嚇得急忙逃走。島上倭兵費盡心機，終於製作木筏，逃出囚籠。

兩次海戰中，鮮軍僅陣亡十九人，傷百餘人，船隻絲毫未損，可說是完勝倭賊。李昖聞之大喜過望，下詔升舜臣為三道水軍使，總督全羅、慶尚、忠清三道水軍。秀吉聞聽倭軍僅在兩次海戰中就陣亡九千餘眾，甚為惱火，著壹岐島的藤堂高虎水軍馳援釜山，責令海軍不得與敵軍正面交戰，待自己親征朝鮮後，再痛殲之。由於海軍的出色表現，切斷了倭軍的海上補給線，使得倭陸軍也難以擴大戰果。

李昖笑得嘴還未合攏之際，八月間，更大的喜訊傳來：清州光復。這次立功的除了有像郭再佑那樣的義兵，也有部分鮮軍，而吃齋唸佛的僧人也參加了戰鬥。開戰初期，面對倭賊的一路挺進，李昖一籌莫展，除了攜家帶口得倉皇逃跑，乞求大明出兵外，也作了些積極的準備：發動民間組織義兵，再有就是動員僧侶拿起刀槍，保家衛國。李昖派人請休靜和尚出面，組織各地僧人。雖然李朝崇尚儒學，壓制佛教，作出種種傷害出家人之事，看在李昖曾為自己*過冤獄的恩情下，這位備受朝鮮佛學界推崇的大師毅然應允，同時他也想透過抗倭，改變佛教在朝鮮地位低下的現狀。

休靜命弟子分頭於國內各地招募兵馬，由於其個人魅力，很快便聚集八千僧兵。李昖喜不自勝，冊封其為“八道十六宗總都攝”（李朝為便於管理，將全國佛教分為教、禪二宗。全國八道，因此共十六宗），總督全國僧兵。

清州早在四月廿六就被黑田長政的第三軍團攻陷，此城乃忠清道要塞，屯有大批糧食。佔領清州後，長政就將其作為重鎮派兵駐守。休靜三徒弟靈圭率僧兵七百，趙憲所領義兵一千一百人，及鮮軍五百會師，包圍了清州城，守將蜂須賀家政領數百倭兵籠城備戰。趙憲曾身居高位，當秀吉派使者要求“假道”之時，便奏請朝廷立斬使者。隨後，他又請朝廷整飭武備，以待倭賊大舉進犯，但朝廷對此置若罔聞。趙憲對朝廷喪失了信心，於是辭官回鄉，散家財以募兵抗敵。

八月初一，清州會戰開始。家政伏於垛口望下觀瞧，只見城下盡是些手拿鋤頭鐮刀