在未來的攻勢作戰中各自的行動。指揮萊茵軍團右翼的蒙塞奉命率一個師穿越聖戈塔德山口，與米蘭附近的預備軍團會師。與此同時，萊茵軍團的餘部則入侵黑森林並在那裡與克賴將軍指揮的奧軍交戰。

4月18日，貝爾蒂埃從巴塞爾返回第戎，總攬了預備軍團的指揮權。拿破崙早已在那裡集結了萬人，組成了4個師，分別由包德、沙布南、羅森和華亭指揮，而以繆拉指揮的騎兵師為核心。各部隊都缺乏武器裝備和運輸工具，並且都在成批招募新兵以補充兵力。

原來設想，預備軍團兵力多達5萬人，但當時卻不能給這樣規模的一支軍隊提供足夠的馬匹和裝備。第一執政因有礙於憲法不允許他親自指揮軍隊，現在簡直像一位編外總軍需主任透過卡爾諾向貝爾蒂埃下達一連串命令以糾正編組上的差錯。

作戰計劃的一個要求是選擇預備軍團翻越阿爾卑斯山的路線。拿破崙急於行動愈早愈好，以便收到奇襲的效果。但當時仍大雪封山，阿爾卑斯山各山口均無法透過。拿破崙本人所刻意仿效的漢尼拔曾於公元前218年9、10月間越過地勢較低的柯亭阿爾卑斯山，那時積雪已大部分融化。

但是越過柯亭阿爾卑斯山只能威脅梅拉斯的右翼，而拿破崙的計劃卻是要攻擊他的後方。因此，他必須在勃朗峰以東的某處越過阿爾卑斯山的主峰。這樣，要使炮兵得以透過，他就只有兩個山口可供選擇：一個是大聖伯納德山口，另一個是辛普朗山口，因為聖戈塔德已經劃給萊茵軍團的右翼了。

3月間，第一執政派了一名參謀軍官去偵察這兩個山口。他回來彙報說，儘管辛普朗山口較低，但大聖伯納德山口還是容易通行一些，因為該山口難行地段僅6英里左右，而辛普朗山口難行地段卻長得多。於是拿破崙便決定走大聖伯納德山口，這條路可直達都靈，而且從第戎基地出發，行軍距離也較短。那位參謀軍官還建議，如果把火炮裝在特製的雪橇上，就有可能把這些炮都運過山口。拿破崙下令在巴黎製造10部裝有滾輪的載炮雪橇，另一批則在奧松火包工場製造。

作戰的第一階段是要把全軍向南移動120英里到達日內瓦湖附近一個新的集結地域。然後再由那裡沿日內瓦湖北岸行軍56英里經洛桑到遠端的維爾納夫，輜重等軍需品則用船從日內瓦運往維爾納夫。獨立的日內瓦共和國已於兩年前被法國強行兼併，併成了法國的萊芒行政區。

同時，13箇中立的瑞士州也被佔領並被合併成了法國的一個衛星國，稱做黑爾維謝共和國。因此，第一執政在瑞士境內可以為所欲為。當預備軍團還在第戎集結時，第一執政的計劃就被奧軍採取的一個意想不到的主動行動所打亂。4月5日，梅拉斯以6萬兵力向馬塞納的義大利軍團突然發動進攻，而馬塞納當時只據守著熱那亞以北利古里亞亞平寧山山脊。馬塞納雖然受到兩倍於己的奧軍進攻，仍英勇抗擊。但由萬於其兵力已被一分為二，其右翼（萬人）由蘇爾特指揮，已被逐回熱那亞防線以內，其左翼（萬人）由絮歇指揮被壓向了西邊的尼斯。馬塞納雖發起一連串堅決的反衝擊，但仍未能突破熱那亞防線，在那裡，陸上有奧特將軍所率的奧軍；海上則有基思勳爵指揮的一個英國海軍中隊，因此，他始終受到嚴密的封鎖。5月初，另一支奧軍在艾爾斯尼茲的指揮下把絮歇攆過字瓦爾河並攻佔了馬塞納的基地尼斯。而梅拉斯在皮埃蒙特仍握有一個軍的預備兵力，即凱門指揮的萬人。

這一不受歡迎的訊息從熱那亞前線傳來使第一執政深為不安。4月24日，他給陸軍部長卡爾諾下達了緊急指示：義大利軍團正與奧軍極力拼搏。無論是輸是贏，預備軍團都必須立即行動。如果我義大利軍團獲勝，那麼奧軍勢必受到相當的削弱而無力抗擊我預備軍團；而如果我義大利軍團失利，那麼我預備軍團進攻皮埃蒙特或倫巴第以分散敵方兵力仍然是至關重要的。……因此，我請您命令貝爾蒂埃將軍：

1。將預備軍團向日內瓦推進，越快越好；

2。把在日內瓦蒐集的一切彈藥給養由水路運往維爾納夫；

3。以最快速度或經由大聖伯納德山口，或經由辛普朗山口進入皮埃蒙特。

請向莫羅將軍重申前令，催其進攻敵軍，向他強調指出他的延誤正危及共和國的安全。

同一天，他又直接命令貝爾蒂埃說：“預備團必須立即進入義大利，而不要再等待萊茵軍團。為此，你有兩個山口可供選擇：聖貝納德山口和辛普朗山口。……在義大利，你所擁有的4萬人將所向無敵。”

對此，貝爾蒂埃頗為