在爭奪黨內權力的同時，徐飛狐並沒有放鬆對陳炯明的關注。九月份，陳炯明叛軍得到了港英當局的百萬發子彈，100多萬現金和段祺瑞政府的30萬元及兩艘軍艦的支援，勾結瓊崖的鄧本殷和高雷、欽廉的申葆藩部，從閩、贛邊境出動，向潮海進犯，以便重霸廣州。

對於現金，徐飛狐是從來也不放過的，在得到情報的第一時間，就命令在香港的特別行動隊，想盡一切辦法把錢弄過來。子彈不動都給人家，要不然陳炯明的軍隊就無法動作；對於段祺瑞政府的那30萬元，徐飛狐沒有讓人去動他，因為有比這更好的東西――軍艦。

為了把軍艦弄到手，徐飛狐可是傷透了腦筋，想盡了各種辦法，甚至都想運用手頭的精華部隊――海軍陸戰隊蛙人大隊了（建立這個兵種，是徐飛狐在平定商團叛亂後，接手長洲要塞司令時釋出的第一道命令，建立快一年了，他們一直是處於嚴格保密的訓練中的，連東征徐飛狐也沒有捨得用。）可那不是小木船叫！用岸跑和軍艦對陣又不容易俘虜。最後不得不放棄了這個想法（反正統一全面之後他們還是我的）。

這時陳炯明的軍隊也準備進攻了。

關於廖仲愷被刺殺的歷史真相，請大家看序後邊的《廖仲愷被刺殺的歷史真相》。

1925年9月11日，陳炯明利用廣東革命政府內部正在處於權力交替時期和主力全部收縮的動機，命林虎、洪兆麟、葉舉三部，由劉志路指揮，向普寧、惠來、揭陽、潮陽進攻。次日，林虎部進佔汕頭。15日，劉志路分兵三路向東江進攻，左路謝文炳率部進犯海陸豐；右路林烈部進犯老隆、河源；中路黎生、李易標部由五華、紫金進犯三多祝。而在4月份投降東征軍的楊坤如部（交給許崇智的那一批），也反了水，重佔惠州。由於東征軍大部撤防，使得陳炯明叛軍得以長驅直入。兇殘的叛軍重新佔領了潮、梅、東江一帶，他們以加倍的瘋狂，四處敲榨，為非作歹，“姦淫及於老幼，搶掠遍於深山”（出自《潮梅匪軍勒索人民狀況》）。剛剛擺脫叛軍魔爪的粵東人民，再次呻吟於痛苦的深淵。18日，陳炯明叛軍下達總攻擊令，向廣州發起攻勢。

為了澈底消滅陳炯明的殘餘勢力，統一廣東，廣東國民政府決定舉行第二次東征。9月21日，國民政府任命徐飛狐為東征軍總指揮。徐飛狐將東征軍分三個縱隊：以何應欽為第二縱隊長，轄第一師、第二師之第四團、第三師、警衛軍之獨立第一師及鄂軍，沿東江右岸向響水、博羅前進，攻擊惠州；以李濟深為第二縱隊長，轄第十一師、獨立第一旅、第十二師及第三十四團及潮梅留守部隊，沿東江左岸向淡水、馬鞍前進；以程潛為第三縱隊長，轄鄂軍、豫軍、贛軍及潮梅軍，隨同第一縱隊向博羅附近前進。

10月6日，各縱隊分途出發。9日，第一縱隊進抵博羅，直逼惠州。惠州是陳炯明的老巢，也是東征軍前進路上的主要障礙。因此，徐飛狐命令第一縱隊分派主力部隊圍攻惠州，其餘部隊集結於響水、博羅附近，以備迎擊河源、紫金的叛軍。10月13日，攻打惠州的炮聲打響了，第一師第一團，第二師第五團在飛鵝嶺炮兵陣地的密切配合下，發起了多次衝鋒。但遭到守城楊坤如部的拼命抵抗，苦戰一天，仍未攻下。次日，東征軍總政治部主任兼第一師黨代表周恩來親赴飛鵝嶺指揮作戰。東征軍對惠州再次發起猛攻，第七團及補充團進攻西門，第四團首先攀登入城，北門之敵紛紛退走。其他攻城部隊也相繼衝入。敵軍被俘達四千餘名，其餘殘部在楊坤如率領下，由柏田向平山潰退。東征軍乘勝進佔惠陽縣城。

雖然叛軍慘敗於惠州，但是，其殘餘勢力仍很強大，海豐方面有洪兆麟、謝文炳部約5000人，河源有翁輝庭等部約3000人，埔心有黃業興等部約3000人，紫金有黃任寰部約2000人，李易標部和劉志路部也分別活動於高潭、河婆、河田一帶。因此，東征軍攻克惠州後，又兵分三路：第一縱隊為右路軍，經梅林出海豐；第二縱隊為中路軍，經平山出三多祝；第三縱隊為左路軍，經石公神出河源。

22日，中路第二縱隊驅逐新庵墟之敵後，向藍塘前進。這時，叛軍林虎、劉志路、李易標等部約一萬人，也由藍塘向新庵墟進襲。雙方在熱湯遭遇，激戰到次日　，第十一師陳濟棠部及潮梅留守部隊馮軼裴部增援部隊趕到，始將敵人打退，佔領了藍塘。26日，又攻佔了紫金。

右路第一縱隊在與叛軍主力洪兆麟、謝文炳部幾經苦戰後，克復了海豐。26日，進抵河婆。左路第三縱隊，也於23日擊退河源之敵後，向老隆、五華