知而憐之，今不得已，以死明心。嗚呼，炯矣黃爐之火，黯如黑水之津，朝露溘然，生平已矣，寧不悲哉！

有便，告知山西蒲州相公張鳳盤，今張家事已完結矣，願他輔佐聖明天于于億萬年也！

關於當時拷問底情形，懋修也有一段記載：

有一部堂訊獄日：“汝先大夫與戚帥相結，凡有書問，雖夜中開門遞進，意欲何為？莫非反狀乎！”

懋修答日：“邊烽緊急，宰相或不得堅臥不省。”部堂意阻。（書牘十二《答總兵戚南塘授擊土蠻之策書》附註）

經過多次拷問，敬修自縊身死，懋修自殺未遂，居正十六年的政權，最後由敬修、懋修償還這一筆血債。

敬修這一死，聳動朝廷，申時行和六部大臣疏請從寬處分；刑部尚書潘季馴復言“居正母逾八旬，旦暮莫必其命，乞降特恩宥釋。”在這個空氣之下，神宗下詔特留空宅一所，田十頃，贍養居正底母親。遼府一案，也在此時結束了。上諭說：

遼府廢革，既奉先帝宸斷，又無應繼之人，著推舉親枝，以本爵奉祀，仍準王歸葬原封。抱養子述璽準依親居住，給與庶糧二百石，本折中半支。（本指本色，折指折價，言實物及代價各半支給也）王氏從厚，援徽府例贍養。張居正誣衊親藩，箝制言官，蔽塞朕聰，私佔廢遼田畝，假以丈量遮飾，騷動海內，專權亂政，同上負恩，謀國不忠，本當斫棺戮屍，念效勞有年，姑免盡法。伊屬張居易、張嗣修、張書、張順，俱令煙瘴地面充軍。

神宗和居正說過，“只是看顧先生子孫便了。”是這樣地看顧也許沒有料到！

張家這一次大禍，當時人以為是高拱陷害，其實高拱死於萬曆六年，與此事無涉：敬修以為是張四維陷害，但是四維於十一年四月致仕，縱使平時對於居正久積嫌怨，現在也沒有報復底機會。一切都由神宗主待。萬曆十六年冬，吏科給事中李沂上疏，攻擊司禮太監張鯨，曾說“流傳鯨廣獻金寶，多方請乞，陛下猶豫未忍斷決。中外臣民初未肯信，以為陛下富有四海，豈愛金寶；威如雷霆，豈徇請乞？及見明旨許鯨策勵供事，遂謂為真，虧損聖德。”張鯨是神宗特別賞識的內監，攻擊馮保的是他，慫恿查抄的是他！神宗看見李沂底疏本，怒極了：他說，“李沂要為馮保、張居正報仇”，立刻下令杖六十，革職為民。為什麼這是替張、馮兩家報仇呢？攻擊居正最力的三位御史李植、羊可立、江東之：李植常和人說：“至尊見我，稱我為兒子，看見查抄的寶玩便喜歡。”為什麼這樣寵愛呢？神宗當然有他底理由。居正自己說過：“念己既忘家殉國，逞恤其他，雖機阱滿前，眾鏃攢體，孤不畏也。”（書牘十《答河漕按院林雲源言為事任怨》）居正身後底得禍，本來不在居正底意外。

整個的神宗一朝，更沒有稱道居正的。嘉宗天啟二年，這才想起居正底大功，復原官，予祭葬，張家房產沒有變賣的一併發還。思宗崇禎三年，禮部侍郎羅喻義等，為居正訟冤，交給部議以後，這才給還二蔭和誥命。十三年，敬修孫同敞再請追復敬修禮部主事並復武蔭。思宗復敬修官，並授同敞中書舍人。國家到了艱難的時候，才想起往日的功臣。復官復蔭，一切都是激勵當日的臣工，但是事情已經太遲了。

然而對於居正底子孫，事情畢竟不算太遲。

居正諸子，自殺的自殺了，充軍的充軍了。懋修中狀元的時候，年二十六歲；（《明貢舉考略》卷一）崇禎七年懋修死時，已經八十歲。在事業方面，他沒有什麼表現，但是居正全集四十六卷的蒐集，大半是懋修底功績。書牘凡例題後雲：“留此一段精誠在天壤間，古人所謂知我罪我，先公意在是乎。史家所稱為功為過，小於輩何敢避焉。”這是幾句有意義的語句。

萬曆十年，允修回南應鄉試，居正死了，允修丁憂，不能入闈，留為終身的遺憾，發還文蔭以後，蔭尚寶司司丞。崇禎十七年，張獻忠底部下，到了江陵，要允修出來做官，允修自殺，（《康熙荊州府志》言不食死。允修孫同奎言自焚死。）留下一首絕命詩：“八十空嗟發已皤，豈知衰骨碎干戈，純忠事業承先遠，捧日肝腸啟後多，今夕敢言能報國，他年漫惜未掄科，願將心化錚錚鐵，萬死叢中氣不磨！”

最激烈的是同敞。思宗十五年，詔命同敞慰問湖廣諸壬，順道調兵雲南。同敞事畢以後，北京失陷了，不久南京陷落。同敞走依隆武，隆武復同敞武蔭，遣往湖南。他在途中，聽說汀州又陷落了，整個的中國，除西南一角以外，都淪陷在敵人手裡。同敞這才到廣西，投奔永曆帝。經過瞿式耜底推薦，