，疾病纏綿，（敬修《文忠公行實》言“不謂一日晨出登王粲樓，蒙犯霜露，寢疾十有一日，遂卒。”與居正《答王西石書》不合。）終於在九月十三日逝世了。那時從江陵到北京，交通困難，九月二十五日，居正才得到訃聞。內閣同僚呂調陽、張四維奏明神宗，神宗頒賜御筆給居正說：

朕今覽二輔所奏，得知先生之父，棄世十餘日了，痛悼良久。先生哀痛之心，當不知何如裡！然天降先生，非尋常者比，親承先帝付託，輔朕衝幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父靈，必是歡妥，今宜以朕為念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。（見奏疏六《聞憂謝降諭宣慰疏》）

神宗賜銀五百兩、紵絲十表裡、新鈔一萬貫、白米二十石、香油二百斤、各樣碎香二十斤、蠟燭一百對、麻布五十匹。兩宮皇太后也是照樣賜唁。二十八日禮部奉聖旨，文明“著照例與祭葬，仍加祭五壇，”身後卹典，一切從厚。

但是重大的問題來了。明代內外官吏人等有丁憂的制度，在遇到承重祖父母，親父母底喪事，自聞喪日起，不計閏，守制二十七月，期滿起復。英宗正統七年令，“凡官吏匿喪者，俱發原籍為民”；十二年令，“內外大小官員丁憂者，不許保奏奪情起復”。“丁憂”指親喪二十七個月中，必須解職的事；期滿而後，照舊做官，稱為“起復”。在二十七個月中，由皇上特別指定，不許解職，稱為“奪情”。奪情之事，平常很少見，但是在軍隊中，尤其是在作戰的時候，原談不到“丁憂”，這一類的事，古人稱為“墨絰從戎”，又稱“金革之事不避”。在宗法社會里面，政治就是教化，官吏就是師長；主持教化的師長，在教忠、教孝的社會里，自己先行履行對於亡父、亡母的義務，不能不算是一種合理的行為。

居正照例諮行吏部，題請放回原籍守制。吏部隨即奉到聖旨：

朕元輔受皇考付託，輔朕衝幼，安定社稷，朕深切依賴，豈可一日離朕？父制當守，君父尤重，準過七七，不隨朝，你部裡即往諭著，不必具辭。（見奏疏六《乞恩守制疏》）

居正九月二十五日得訃，這道不許守制的上諭，也在九月發下，一切都是四、五日間之事，沒有迴旋的餘地。本來居正奪情的事情太嚴重了，居正身後，經過神宗十年到四十八年這個很長的階段，一般人因為後來神宗對於居正的反感，無從追求正確的結論；等到神宗死後，討論可以自由的時候，奪情底經過已經成為長遠的過去，時日不清楚了，事實不清楚了，偽造的根據，曲解的現實，到處作祟。於是奪情的是非，遂成為一個謎。

據說第一個主張奪情的是戶部侍郎李幼孜，馮保主張奪情，居正也有意奪情，因此造成奪情的局勢。其實幼孜第一個提出這個呼聲，只提出時代底要求，而造成這個時代要求的，卻是居正本人。

自從隆慶六年六月，居正當國以來，這五年三個月的時間，整個國家安定了。政治上了軌道，經濟有了把握，太倉粟支十年，太僕寺積金四百餘萬；北邊的俺答屈服了，土蠻雖然沒有屈服，但是不斷地潰敗，解除了東北方的威脅；內閣裡面，安靜到沒有一點波浪，更是嘉靖、隆慶以來沒有的現象；這一切是誰底大功？居正去了，這個局面，交付那一個？徐階七十五歲了，高拱更和馮保結下生死大仇，都談不到回朝，在野的還有那一個幹練的大臣？呂調陽是一個忠厚老實的人，他自己沒有大的抱負；張四維也許還有些才氣，但是資歷太差，而且也沒有人望，在朝的又交給誰？居正固然有三個主人，但是慈聖太后和馮保，都說不到自己掌握政權，明代根本沒有太后臨朝和宦官執政（王振、汪直、劉瑾、以及後來之魏忠賢、皆未直接掌握政權。）的前例；至於神宗，這時才十五歲，慈聖太后還把他當小孩看待呢，更說不到自己負責。一切的形勢竟造成居正非留不可的局面。這一個局面是居正自己造成的，居正自己也看到。

其次大學士丁憂起復，不是沒有故事的。成祖永樂六年六月楊榮丁優，十月起復。宣宗宣德元年正月金幼孜丁憂，隨即起復。四年八月楊溥丁憂，隨即起復。景帝景泰四年五月王文丁憂，九月起復。憲宗成化二年三月李賢丁憂，五月起復。這都是故事。五人之中，惟有李賢是首輔，而李賢所處的時代，是一個太平的時代，成化二年，憲宗已經二十一歲，即使李賢丁憂，也還和現在非留不可的局面，有些不同。這一切，慈聖太后、神宗、馮保，連同居正也都看到。

不許守制的上諭下來了，居正再行上疏請求，自稱“是臣以二十七月報臣父，以終身事皇上”，但是語氣