人收到一封由快龍送來的神秘招待券，招待券裡面寫著：‘你們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強的神奇寶貝訓練家的身份，邀請你們來參加我的宴會。於是好奇的小智一行人向新島的神奇寶貝城出發。當一行人到達港口時，卻因為暴風雨的關係，前往新島的船隻暫停行駛。港口管理員波佳為了不讓神奇寶貝和他們遭到任何的意外，堅決不讓眾人出航，女警君莎也贊同波佳的看法。海男、空男和小甜三人打算搭乘神奇寶貝渡海。

正當小智煩惱無法前往新島之際，港口出現了一艘小船，船上維京人打扮的船家答應小智讓他們渡海。正當眾人在海中央之時，突然一個大浪打來，讓操縱小船的船家露出了火箭隊的真面目。小船被大浪打翻，小智和小霞趕緊叫出傑尼龜和寶石海星讓眾人緊捉，向新島游去。

進入新島，超夢揭露了事實：小智一行人和另外三人被超夢選為最強的神奇寶貝訓練家，主要是後者製造了風暴來考驗他們的意志。

就在這時，超夢斥責了他們與各自神奇寶貝的關係，小智和其餘訓練家在目睹了超夢出於個人目的綁架了喬伊小姐後使用對超夢進行了挑戰。

漫畫迷們興奮的盯著熒幕，荷爾蒙不斷分泌，他們清楚重點就要來了，同時期待超夢以及那隻莫名出現的夢幻的實力。

超夢派出對應的克隆神奇寶貝，分別是妙蛙花、水箭龜和噴火龍，輕易的打敗了他們，並開始使用特殊的神奇寶貝球對其進行了收服。

小智追逐著四處躲避的皮卡丘來到了小島的深處，並發現、摧毀了克隆機器。爆炸使得所有克隆pm被釋放，與此同時超夢下令它的神奇寶貝大軍擊敗所有島上的人類。

小智出於激憤攻擊了超夢，後者將其推開並打飛，緊接著之前偶爾出現併為超夢所吸引的夢幻救了小智。此時訓練家們的神奇寶貝們與其克隆的野蠻戰鬥徹底爆發，但小智的皮卡丘拒絕爭鬥並訴諸於掌擊對手。即使超夢與夢幻厭倦了拉鋸戰，訓練家們仍舊無法容忍這種殘酷無情的暴力。

超夢的夢幻不斷髮起進攻，由於超夢是由夢幻的基因行成，兩者在能力和屬性上幾乎相當，一時間影子球、幻象術、保護和湯勺不斷進攻對方，可雙方間能力相當，短時間內無法解決對方（這裡我最想說的是，夢幻明明不比超夢差上分毫，可超夢的成長值卻明顯超過夢幻，僅次於創世神，而夢幻的成長值比三聖鳥好不了多少）。

為了速戰速決，超夢和夢幻積聚起所有剩餘的力量拼死一搏。但就在他們開火時，為了制止它們，小智勇敢地衝到場地中央試圖阻止戰鬥。兩者的致命一擊同時命中，小智化為石塊倒地不起。

“又來了！”

“主角又掛了！”

“小智這應該算是死了吧！”

“肯定掛了，這可是兩隻超神獸的大招，不過我想後面肯定會復活的！”

“第四個了！”……

在小智石化的時候，漫畫迷們的心一下子提了起來，生怕小智真的死亡，不過他們明顯是操心了。