，營部直屬一個警衛排，一個偵察排，一個有6門迫擊炮的炮兵排，加之營部的其他人員，整個步兵營一共有七百五十餘人。飛魚軍第一旅現在一共組建了4個步兵營，所缺的火炮，都等著兵工廠生產出來呢！不過，按照現在的編制，至少需要40門迫擊炮才行，飛魚兵工廠加班加點也需要兩三個月的時間才能夠生產出來。後勤方面，組建飛魚軍後勤部，部長則還是有之前的後勤官趙毅出任。負責飛魚軍的後勤保證以及軍工研發和生產方面的事務。

政務方面，組建政務部，由原來的政務官李德成出任政務部部長。政務部下轄財政、民政、工商、農業、內政等幾個部門。其中，財政和工商方面，有原來的政府副官劉明德負責，農業方面由飛魚市市長吳永興兼任，民政方面則有一個叫周元的人擔任，他是之後加入飛魚公司的一個華人村落的村長。內政方面，則是由吳永興的兒子吳大牛出任。之前吳大牛在飛魚軍任步兵連連長，不過他年紀也不小了，都是快四十歲的人了，一線作戰部隊，還真不是他這個年紀的人待的地方。因此，由他負責內政方面的事務，正好合適。在加入飛魚公司的華人越來越多之後，飛魚軍內也進行了一輪淘汰，年齡超過三十五的人，除了連長以上的軍官之外，都被要求退役了。退役之後，他們直接當上了飛魚城的警察，負責飛魚城的治安。

飛魚公司的這一次改革，使得飛魚公司的組織結構更加的合理，龍宇飛也從這些瑣事當中解脫出來，全身心的投入到了科研方面。很快，飛魚公司在蒸汽機的研製上就取得了成功，可以自行生產小型的蒸汽機了，這為飛魚公司的工業發展插上了一雙翅膀，工廠所需要的動力問題都得到了解決，各種工廠猶如雨後春筍一般的成長出來。

另外，在龍宇飛的牽頭之下，兵工廠也開始了小口徑野戰炮的研製。迫擊炮雖然重量輕，但射程近，威力也小，不能作為壓制地方炮兵的火炮。在欺負這些土著的時候，迫擊炮就已經足夠了。但是，總有一天飛魚軍會和西方強國對上的，到時候就需要威力更大，射程更遠的野戰炮才行。同時，飛魚軍註定不可能偏安一隅，將來不管是攻佔呂宋島還是向南洋的其他地區擴張，都需要一支強大的海軍。在海軍戰艦方面，飛魚軍是無法和西方強國相比的，這就使得飛魚軍只能從其他方面想辦法了。比起海戰當中還在使用圓形實心炮彈的西方強國，使用新式大炮的飛魚軍，肯定會佔很大便宜的。這樣就給了飛魚軍一個以弱勝強的機會了！

飛魚公司的改革完成之後，整個飛魚公司都開始進入了高速發展階段。陸續有華人村落慕名而來加入飛魚公司，使得飛魚城的人口進一步的上升著。飛魚城的建設進度，也加快了不少。飛魚公司組織大量的人力，圍繞飛魚城，沿著阿古桑河開闢出了數萬畝的良田，足以養活飛魚城的全部人口。到了1836年年中的時候，飛魚城的總人口已經超過五萬人了，已經佔到了棉蘭老島的華人總數的大半了！

飛魚軍組建了4個步兵營之後，更是加強了訓練。為了提高部隊的戰力，新任旅長牛猛更是整天泡在部隊裡面，和士兵們一同吃住，一同訓練。雖然新兵訓練很苦很累，但也成效顯著，到1836年1月份的時候，新兵訓練完成，這4個步兵營已經形成了戰鬥力。另外還組建了兩個新的步兵營，也開始了訓練。

兵工廠在牛猛的催促之後，加班加點的終於生產出了四十門迫擊炮，裝備到了一線部隊當中。炮兵們經過半個月的訓練，消耗了上千發的炮彈之後，總算也有模有樣了。這時，飛魚軍的戰爭準備算是完成了！