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可在當時，在百姓起義軍與唐軍相對峙的時期，朱溫率屬下精銳農民軍降唐不但大大削弱了起義軍的力量，而且使長安城東面的屏藩全失，這對起義軍來說是一個非常重大的打擊。另一方面，朱溫的降唐並且受到重用，也極大的動搖了一部分起義軍的軍心，尤其是先前歸順起義軍的唐朝降將降兵。繼朱溫降唐之後，不少起義軍的將領在唐政府的授意下，在朱溫朱全忠的引誘和拉攏下，叛變時有發生。而朱溫朱全忠自己，由於受到唐僖宗如此的看重，在以後對付黃巢起義軍的時候自然也是格外的賣力。

有了朱溫朱全忠這一支勁旅的加入，唐王朝計程車氣更漸高漲了。以兇狠殘暴著稱的朱溫朱全忠集團很快就成為了追剿和屠殺百姓起義軍最狡猾最兇惡的劊子手。也因為他*黃巢起義有功，於次年，唐僖宗中和三年（公元883年），朱溫朱全忠再次得到了唐王朝的獎賞：加官為汴州（今河南開封）刺史、宣武節度使，兼理河中行營副招討使如故。得到這次封賞之後，朱溫朱全忠算是完全據有了河中這塊地盤。

就這樣，曾經的農民起義大將，朱全忠（朱溫）儼然也已經成為了唐朝末年的一方割據勢力。

唐僖宗中和四年（公元884年）四月初九日，因形勢危機，加之長安城中久已無糧，黃巢只得率軍撤離長安，轉向河南一帶。他派心腹大將孟楷攻打蔡州（今河南汝南），唐朝的蔡州節度使秦宗權出戰失敗，便投降了黃巢，並和孟楷一起進攻陳州（今河南淮陽）。誰料，陳州刺史趙犨早有準備，乘孟楷不備，全力出擊，孟楷所率的一萬人，馬全軍覆沒，孟楷本人也不幸戰歿。孟楷是黃巢最寵愛的大將，黃巢聽說孟楷戰死，一時間竟亂了方寸。為了給心腹愛將復仇，他決定集中所有能調動的兵力圍攻陳州，全軍的後勤補給由降將秦宗權負責。

碰巧趙犨防守陳州甚嚴，黃巢大軍屢攻不克。黃巢索性令大軍在陳州外圍築壘圍困，號稱“八仙營”。營壘修的如同宮殿一般，旁邊還有百官衙門。黃巢廣儲糧草，準備持久之計，必欲攻破陳州，為孟楷報仇。陳州刺史趙犨見此情形，不敢絲毫懈怠，一面堅守城池，一面派人向河東（今山西）的沙陀貴族李克用、汴州（今河南開封）的朱溫朱全忠求援。當時已升任宣武節度使的朱溫朱全忠接到求援命令之後，星夜率軍趕赴陳州，與河東節度使李克用所率領的精銳沙陀騎兵一起在陳州外圍與黃巢的起義軍作戰。起義軍久戰無功，兵士疲憊不堪，加之糧草不濟，朱溫朱全忠乘此抓住機會，先在鹿邑（今河南鹿邑西）擊敗了起義軍的一部後，很快就佔領了毫州（今安徽亳縣），接著又在瓦子寨（黃巢在陳州城外臨時修建的寨屋）打敗了起義軍。

義軍久戰無功，自然是兵疲將乏，加之裡外作戰，糧草不濟，軍心不振。很快，駐守尉氏（今河南尉氏）的起義將領李唐賓、王虔裕相繼率部投降了朱全忠。不久，李克用在良田陂（今陝西華縣西南）大敗黃巢大將尚讓。黃巢見軍事失利，不得已，只得退守到陳州北面的故陽裡，卻依舊保持著對陳州的圍困態勢。五月間，突然間連續下起大雨，河水暴漲，四處流溢，沖垮了黃巢所築的營壘。黃巢見大事已去，只好捨棄了圍困三百天的陳州。

黃巢撤兵後，也已經人困馬乏的朱溫朱全忠首先撤軍回到自己的節度使駐地汴州，休整軍隊。朱溫朱全忠停止了對黃巢軍隊的追擊，但因功剛剛被加為檢校司空、同中書門下平章事的沙陀貴族、原河東節度使李克用卻依然率領自己的精銳騎兵緊追不捨。在唐朝沒有正式宰相的時候，同中書門下平章事的職權就相當於宰相，李克用以河東節度使的身份再兼領同中書門下平章事，既為將又為相，地位可以說是尊寵無比。由此，也足見唐王室對李克用的信任和倚重。正所謂，投桃報李，為報答唐王朝對他的恩寵，李克用幹得越發賣力了。

在李克用的追擊下，慌不擇路的黃巢決定渡過汴水進逼汴州。汴州是朱溫朱全忠的地盤，但當時他還無力單獨對付黃巢大軍，於是只好向李克用求救。為了建功立業，擴大自己的影響，同時也為了進一步擴充自己的地盤，李克用應朱溫朱全忠所請，立即派出一支精銳的騎兵參加了對黃巢的夾攻。有了李克用的幫忙，朱李遂合擊黃巢軍於郾城（今河南郾城），接著又在河南*（今河南*北）的王滿渡，大敗黃巢的主力部隊，黃巢手下大將尚讓率一萬人投降了唐將時溥，黃巢手下另外一些將領李讜、楊能、霍存、葛從周、張歸霸、張歸厚等人則投降了朱溫朱全忠。至此，黃巢的主力傷亡