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努爾哈赤征服漠南蒙古，先從科爾沁部開始。漠南蒙古的科爾沁部在喜峰口外駐，牧於嫩江流域。它東西相距八百七十里，南北相距二千一百多里。它東鄰烏拉，東南靠葉赫，西南面是扎魯特部，南邊是內喀爾喀部，北面是嫩江上游地區的索倫部。科爾沁部原是元太祖弟哈薩爾之後，與察哈爾部長期以來不和睦。早在明朝嘉靖年間，察哈爾部長別勒臺爾聽說科爾沁部長鐵木庫泰爾有個妹妹名叫娜喇祐尼長得美豔無比，就派個使者往科爾沁部想聘為妻子。使者來到科爾沁，向鐵木庫泰爾提出聘婚一事。誰知娜喇祐尼已名花有主了，早已許配給葉赫部長，不久將要迎娶。

別勒臺爾聽使者報告以後，十分惱火，他說道：“不嫁給蒙古人，卻要嫁給那葉赫女真人，真是吃裡扒外！”本來察哈爾部與科爾沁部曾發生過磨擦，科爾沁兵力弱些，察哈爾兵力較強。科爾沁就與鄰近的葉赫、烏拉結盟，來對抗察哈爾的侵擾。所以別勒臺爾非常生氣，就與部下商議，準備派兵去偷襲科爾沁，把娜喇格尼強搶回來，以洩心中之恨。不久，別勒臺爾親自帶領一千騎兵，日夜兼行，趕到科爾沁部。乘著夜色，突然攻殺進去。科爾沁部沒有準備，鐵木庫泰爾倉猝應戰，差點送了性命。別勒臺爾大獲全勝，把娜喇祐尼拖搶到察哈爾部。當晚，別勒臺爾細看娜喇佑尼，姿色並非美豔，僅是一般佳麗。遂留下過了兩月多一點，又派專人把娜喇祐尼送回科爾沁。此事激起科爾沁人的憤怒，鐵木庫泰爾隨即派使者到葉赫、烏拉借來兩千兵馬，又把科爾沁的五千兵馬集中起來，遂去偷襲察哈部。

那天夜裡，別勒臺爾正摟著妻子睡覺，忽聽外面喊殺聲驟起，還未來得及穿上衣服，就被湧進來的科爾沁人刺死在床上。科爾沁大肆燒殺擄掠，察哈爾損失慘重。以後，別勒臺爾兒子承繼職位，名叫別勒脫脫爾。從此，兩部之間便結下不共戴天的仇怒。兩年以後的一天夜裡，察哈爾又以同樣方式，偷襲了科爾沁部，也把鐵木庫泰爾殺死，將科爾沁洗劫一空。後來鐵木綽爾承繼科爾沁部長，這兩部之間相互仇殺，一直持續了幾十年。明朝萬曆年間，科爾沁部長明安帶領部民，建築垃土佛傑尼亞城，才逐漸安定下來。察哈爾部也建造城池，防止科爾沁的偷襲。於是兩部相對穩定一段時間。

科爾沁部明安部長，於萬曆二十一年受葉赫部之邀，率領兵馬，同葉赫、哈達、輝發、烏拉錫伯、封爾察、朱舍裡、納殷共九部之師，直指建州。先去攻打赫濟格城，一天沒有攻下來，遂陳兵古勒山。戰鬥打響後，九部兵大敗，科爾沁部長明安被追得騎裸馬，尷尬地逃回，差一點送了性命。經過反省，明安部長糾正了以前與建州不接觸的政策，主動邀約了喀爾喀五部派遣使者到建州去，以示道歉。努爾哈赤的對外政策，一向靈活多變，他見蒙古科爾沁派遣使者前來通好，也從總體鬥爭利益出發，不計較科爾沁幫助葉赫出兵的舊怨，親自接見使者。他對使者說：“建州與蒙古之間沒有根本的利害衝突，至少當前是這樣。咱們為啥不可以遣使通好呢？你們幫助葉赫派兵打建州，結果怎樣？老天爺不支援你們的行動，因為九部之師悖天逆理。濫殺無辜的行為，必然招致失敗的結局。俗話說：‘一朝為惡而有餘，終身為善而不足。’咱們不計前嫌，因為四海之內皆兄弟也。”

努爾哈赤的一段話，說得冠冕堂皇，使者啞口無言。於是建州同意與蒙古諸部棄舊怨，結姻盟。萬曆四十年（1612年），努爾哈赤聽說科爾沁明安部長的女兒博兒濟錦氏頗有丰姿，遣使欲娶之。明安部長遂絕先許之婿，送其女來。努爾哈赤高興萬分，以禮親迎，大宴成婚。當時他年已五十四歲，博爾濟錦年方一十八歲。喝完喜酒，努爾哈赤邁著虎步，走進洞房，見那新娘博爾濟錦氏，果然天姿國色，面若芙蓉，膚如凝脂，一雙慧眼，俏麗動人。努爾哈赤目不轉睛地看著，使那博爾濟錦氏不覺俯首。頓時那粉臉上泛起桃紅，正含著三分春意，愈覺秀色可餐。努爾哈赤經歷此種場面，自當年在佟家莊園算起，已不下十數次，現在已年過半百，仍覺慾火難禁，渾身燥熱異常。遂上前一把摟在懷裡，見那新娘弱不勝衣的樣兒，越發可愛。這一夜恩愛，曲盡綢纓。次日早晨，努爾哈赤即封博爾濟錦氏為側妃。

明安部長是蒙古王公中第一個與建州聯姻者。這事對後世影響深遠。不久，萬曆四十三年（1615年）正月，努爾哈赤又娶科爾沁孔果爾部長的女兒齊爾拉尤氏為妻。這使建州與科爾沁關係愈來愈密切。