情況下，只有4架戰鬥機護航的轟炸機向一艘航母發動攻擊幾乎是不可能的（6架戰鬥機中有兩架起飛後由於機械故障返回了母艦），擱平時大概日本艦載機不會取得任何戰果，但這次不同，起飛時看到的三團大火意味著什麼大家都知道，現在不是在執行什麼轟炸任務，而是在拼命。他們攻擊的目標約克城上空有美國三艘航母能出動的所有戰鬥機，總共30架。日本艦爆機被擊落13架，但還是有5架穿破了美軍的防空圈，向約克城投下了炸彈，命中三顆，命中率居然達到60％。

這時候山口多聞的飛龍號還在南下，山口想哪怕早一分鐘接回出擊的倖存者，來組織下一次攻擊也是好的。現在的山口相信美國人有兩艘航母，卻不知道美國人一共有三艘。10時30分，山口又出動了10架兵裝為魚雷的艦攻機，用收容過來的6架赤城號戰鬥機護航，在友永丈市大尉的指揮下，起飛去尋找偵察機發現的“另一艘美國航空母艦”。

第二波攻擊隊在11時31分發現了這艘美國航母，在付出5架艦攻、2架艦戰機的代價後，終於成功地擊中了三枚魚雷。駕駛著已經受傷了的97式艦攻機的友永丈市大尉在生還無望的情況下向航母撞了上去。

這時山口多聞的結論是：“敵人有三艘航母，其中兩艘遭到我重創，現正在尋找第三艘。”

山口多聞錯了，這兩波攻擊隊所攻擊的都是約克城。不要忘記約克城是像個浮動修理工廠似的到了中途島，上面要人有人，要材料有材料，要機械有機械，在受到飛龍第一波攻擊後不但沒有癱瘓，反而仍然航行，甚至連甲板損壞都修補好了，可以起降飛機，所以後趕到的第二波攻擊隊沒有懷疑那是已經受到過攻擊的航空母艦，還以為是另外一艘。

山口多聞還在準備第三波攻擊隊，但手頭已經沒有飛機了，這兩次攻擊的生還者一起算上，也就僅能收攏14架艦攻機和艦爆機，這是所有的家當了，要好好把握。有趣的是，這時山口手裡倒能籌齊14架零戰，所以山口準備天黑時進行偷襲，這樣可以減少一點損失。

與此同時，美國的另外兩艘航母企業號和大黃蜂正在滿世界找他呢。終於在14時01分，來自企業號的24架俯衝轟炸機找到了飛龍，接著是來自大黃蜂的16架，飛龍中彈四顆，成了火龍。

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噩耗傳來以後（1）

7時50分，大和號上的聯合艦隊司令部收到了阿部弘毅少將發來的電報：“受到敵陸上攻擊機和艦上攻擊機攻擊，加賀、赤城、蒼龍起火，飛龍在向敵航母攻擊，機動部隊先向北方退避，集結兵力”。

司令長官山本五十六的臉扭曲得變了形：“嗯”。

黑島聽到這個噩耗，一下子就栽倒過去，趴在桌子上不能動彈了。

一直受到山本五十六冷遇，被黑島看不起的參謀長宇垣纏衝上了艦橋，從航海長手裡接過了舵輪，親自掌舵。在長官室裡面還沒有扯出淡來以前，宇垣纏已經把航速提高到了20節，向中途島衝了過去。

幾分鐘以後，黑島又跳了起來，對山本五十六說：“現在只能讓近藤趕緊向南雲靠攏，趕上去準備夜戰，同時命令角田部隊四航戰的龍驤和隼鷹急速趕來爭取全殲美國航母艦隊。”

黑島這時扯出四航戰基本就是大腦受了強烈刺激以後說昏話了，近藤信竹離南雲都有300海里，而遠征阿留申的四航戰則在1　000海里之外，何況南雲根本就沒有前進，還在繼續後退。

南雲沒有死，從阿部手裡收回了指揮權的南雲拒絕了阿部和近藤有關一航艦全速前進，和美軍拼命打夜戰的建議，理由是沒有飛機掩護的軍艦單獨前進太危險，說要等待飛龍號的飛機回來後清點數字完再說，腳下可沒有減慢北退的速度。

公平地說，當時南雲是不是北撤與那次中途島海戰的最後結果並沒有影響。因為約克城被擊沉以後，弗萊徹已經把美國艦隊的全部指揮權交給了斯普魯恩斯，而斯普魯恩斯的命令是向東退避，和日本艦隊脫離接觸，因為斯普魯恩斯首先並不清楚在這個海域到底有幾艘日本航空母艦，再說疲憊了的艦隊也打不了和日本海軍的水面戰，他不打算給日本人機會，有什麼話明天天亮以後再說。

但南雲的後撤把飛龍單獨暴露在了兩艘美國航空母艦的面前。如果一航艦的剩餘艦隻和飛機能排出像美國航母艦隊那樣的圓桶形陣勢，飛龍被突襲的可能性就減少了很多。

山本一開始還抱著扳本的打算，準備集中全部兵力攻擊中途島，繼續捕捉美國航母艦隊，但