六部同時改為尚書、侍郎，不過這中間曾一度把尚書叫做“禮部尚書掌理藩院事”，左右侍郎稱“禮部左右侍郎協理理藩院事”，但為時不久便詔準改正了。理藩院所用官員均系滿人或蒙古人，筆帖式中兼有漢軍，但絕無漢官。理藩院在康熙初置錄勳、賓客、柔遠、理刑四清吏司。以後，隨著清朝統治勢力向喀爾喀、青海、西藏，以及新疆天山南北路伸延，其管轄的範圍也在不斷地擴大。乾隆二十九年，經調整最後確定設旗籍（原柔遠司改）、王會（客兵司改）、典屬（錄勳司改）、柔遠、徠遠、理刑六司。各司的分工：旗籍司掌內蒙諸部札薩克（稱內札薩克）之疆理、封爵、譜系、盟會、郵傳，以及土默特、布特哈部職官的選任引見。王會司掌頒內札薩克王公們的俸祿、朝貢、燕飧、賞賚等事。典屬司負責漠北喀爾喀蒙古、青海蒙古、套西蒙古，以及科布多和新疆諸部蒙古（這些地區的蒙古統稱為外札薩克）的劃界、封爵、編旗、盟會、簡軍、郵驛、互市，還對蒙古和西藏等地的喇嘛發放度牒、監典活佛轉世和行施賞罰；一些內屬遊牧部落，像察哈爾、巴爾虎、額魯特、扎�