半田作之助是東京魔法大學一年制課程的首批學生之一，原本住在埼玉縣埼玉市。

埼玉市是由於隕石災害而治安完全崩潰的一個普通地區。

那些沒有魔女或魔法使的地方，幾乎都走向了悲慘的命運。魔物接二連三的襲擊讓居民無法抵抗，暴力和搶掠的風暴席捲而來。即便自衛隊和警察試圖延緩崩潰，彈藥耗盡後，魔物的暴力依舊吞噬一切。

身體虛弱、頭腦簡單、行動遲緩的人，不論男女老幼，都會在短短一個月內死於災難。魔女和魔法使所在的區域，生存人口大約維持在20%，而沒有魔法保護的地方，生存率只有0.1%到5%。埼玉市也未能例外。

半田作之助，三十多歲，本是水道工事店的工人，在災難中失去了全家。儘管心中充滿了悲痛，他並未陷入絕望，而是被社會劇變的洪流推著走。能活下來，完全是運氣。

在埼玉市，魔物橫行，半田透過強盜行為勉強維持了近一年的生存。然而，他最終對這一切感到厭倦，放棄了隱匿的棲身之所，開始向南方尋找理想的家園。

如果在旅途中被魔物殺死，也比繼續在死氣沉沉的環境中，靠從臨終老人和孤兒身上搶奪物資來生存更好。

他聽說東京的魔女們藉助魔物的力量保護人民，並分發食物。半田決定沿荒川向東京進發。

在這個資訊封鎖的世界裡，沒辦法核實這些傳言的真實性。類似的傳聞到處都是，或許是人們渴望得到救贖的幻象。但關於魔女的傳聞，他隱約感到有些可信。或許這只是他內心的渴望，但最終，他的信念得到了回報。

作為外來避難民，半田被接納進入東京，接受了健康檢查後，被分配到青靈魔女所管理的區域——一個橫跨荒川區與臺東區的管理區。

新生活開始了。

首先，他驚訝於自己竟然被當作“人類”來對待。能遇到如此對待陌生人的人，真是久違的經歷。

更令人吃驚的是，東京竟然依然保持著秩序。

這裡有組織，有政治。那些在災難前理所當然的社會制度，在這裡卻成了半田所不曾想象的異世界文化。

青靈魔女的管理區的居民們對半田表示同情，說他是被不幸安排到了花之魔女的管轄區。在東京的魔女們中，住在花之魔女管理區的無疑是最不幸的。雖然這不是最糟糕的地區，但在這裡很難有一個體面的死法。

花之魔女管理區最顯著的特徵就是，居民的屍體會被花之魔女吸收為養分。為了避免這種命運，試圖逃出區外的居民會被花之魔女制止。

在花之魔女的管理區，沒有墓地。死者的屍體會被花的根系從地下拖入土中，成為她的養分。這樣，花之魔女會在此基礎上開出異常美麗的花朵，彷彿是人間的奇蹟。

但除了這一點，生活倒也不算太糟。

依靠花之魔女的豐饒魔法，居民每天都能吃到三餐，食物由穀物、蔬菜和水果構成。整個區域的地下根系會迅速消滅任何出現的魔物。空中的魔物，只有警備隊才能應對，或者請求其他區域的魔女援助。生活沒有魔物騷擾，本就輕鬆不少。

花之魔女僅以“不可偷盜、不可殺戮、不可欺騙”為基本法則，不會對居民進行過多幹涉。

至於部分居民對屍體被吃掉的恐懼，半田並不在意。在他看來，東京的平和才是最讓人驚訝的，畢竟，他從未見過其他地方有能力讓人不再為死後的事擔憂。畢竟，花之魔女並非為了食物而主動製造死亡，她只是把死者的屍體轉化為養分而已，根本沒有必要為此煩惱。

在花之魔女的管理區度過了幾個月，半田的身心得到了恢復。他開始過上平靜的生活，但有一天，他遇到了魔法使。

這位自稱能看見未來的魔法使，看起來和半田差不多大，衣著邋遢，穿著一套皺巴巴的西裝，但他卻大膽地與花之魔女進行了交涉，達成了某種協議後離開了（後來半田得知，他透過支付代價獲得了豐饒魔法）。

看著這位外來者安然離開，半田忽然意識到，或許自己也能透過交涉，脫離花之魔女管理區，過上不同的生活。

花之魔女的法則是，她會吸收死去居民的屍體作為養分，並禁止他們逃離這個區域。無論如何，這似乎並非鐵定不變的法則。只要有足夠的力量、地位，或者透過交涉，或許就能逃脫這一切，擺脫永遠在這裡生活的命運。

在經歷了幾個月相較於前一年更加平靜的生活後，半田心中開始產生了慾望。他開始想去看看東京其他區域的樣子。