接下來的幾天時間，就在內閣還在爭議不休之時，李信及參謀部制定了一整套完備的禦敵方案。朱由檢召集各部於內書堂討論並透過了作戰方案，接下來就是統籌安排。

緊接著一道來自內書堂的御令直接下發到內閣 ，直接要求內閣下發建奴入侵訊息和安民通知，並拒絕各地起兵勤王，要求南直隸，北直隸，山東，山西，河南等地各城抓緊時間囤積戰爭物資，收攏民眾，編練精壯，做好禦敵準備，抓緊時間備戰。

同時不等內閣回覆，一道道由皇帝親自簽發的御令直接從內書堂發出，繞過內閣下發各地。為防止各地方官員和軍官陽奉陰違，此次下發的全數為中旨，由錦衣衛攜帶發放到各州，地府縣和各地衛所駐軍手中，並且明確告知各地府縣和駐屯軍官，此次建奴入侵事件非同尋常，務必嚴格執行命令，並且各部官員由各地錦衣衛暗中監視監督執行，若執行不力，待戰事結束後將以通敵賣國罪統一處理。

各地收到訊息後先是震驚，建奴入侵關內這個情報，在資訊傳遞落後的古代，很多地方還不知道或者來不及知道。而且這是建奴頭一次入侵到關內，然後又是震驚，此次全是陛下的中旨御令，沒有內閣加印，這樣完全打破了以往的慣例。想要不執行吧，人家明說了有錦衣衛盯著你，執行吧與制不符 這就很狗血了。有部分官員腦袋脖子硬的拒絕執行，第二天人就消失了。好傢伙，大丈夫能屈能伸，於是大傢伙做事紛紛認真起來，那叫一個為陛下之命是從，堅決擁護和執行朱由檢的安排和命令。各地方動員起來，這樣一來，地方防禦的問題算是暫時告一段落。

下面就是京師防禦問題的安排。首先還是中旨御令發出，不過此次派發的物件大多數是朱由檢自己團隊親信，執行度更高。

首先是調動擴軍後的西苑禁衛第二軍，三營全數進駐京師戍衛，任命孫傳庭為本次禦敵作戰總經制，統一指揮京畿之地的所有軍隊，包括但不限於禁衛軍，還有京營，各地方衛所兵等等。由孫傳庭全權主持京師防禦，同時宋獻策為參謀部長協同指揮。

各產業也開始進行收縮，兵糧加工廠日夜不停的趕工，為了加快效率，孫傳庭將京營調出去緊急搬運糧食等物資。

新上任的皇莊主事劉文炳也積極讓農戶抓緊時間集中，收拾細軟，向就近城池集中，躲避兵災。

武官學院所有適齡學員被緊急調入第二軍，進行適應訓練。

鞏永固的皇家商行大舉買進糧食和藥材，布帛等物資。一時間京師物價開始上漲。

皇家兵工廠晝夜不停的趕工生產軍械大炮等物資，由於兵工廠太過重要，為了防止有心人破壞，孫傳庭調集第二軍直屬衛隊日夜看守，保證其安全生產。

大明時報也刊登出建奴入關，燒殺搶掠的新聞，重點對後金韃子的殘暴進行報道，加印多版，緊急遞送到周邊地區，進行宣傳，提醒民眾抓緊時間轉移。

同時在陝西的第一軍也收到了內書堂的作戰方案，戰爭一線的孫承宗，滿桂也同時收到了內書堂下發的八百里加急軍情文書，信中朱由檢對孫，滿二人的積極抵抗行為進行了讚譽和支援，同時將本次防禦策略詳細告知了孫承宗，滿桂兩位大將。二人對於皇帝的決策基本認同，紛紛照章進行。

一時間收到訊息的各地在慌亂而又有序中進行備戰。百姓拖家帶口的進入城池躲避兵災。各地官府因為有大批派出的錦衣衛監視，紛紛積極主動的吸納難民入城，積極備戰。

這一次建奴入侵關內，相比於歷史上的乙巳之變區別要大很多，對於後金的軍事行動，大明做到了有組織，有策略的應對，相比於之前，將所受的損失減少到了最低。

唯一難受的就是內閣，為了保證執行效率，朱由檢避開了爭論不休的朝臣和內閣，所有決策均以中旨的形式下發，並且得到了執行，這對內閣的權力和威信造成了巨大的打擊。而內閣面對當前的局勢，也不得不進行配合，忍氣吞聲的接受下來。

崇禎二年十二月，宣大一線仍在奮力抵抗皇太極十萬大軍，遵化防禦戰徹底打出了孫承宗善於守城的名聲。皇太極速戰速決，迅速突破的戰略被打破了

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