蛟命令先璧率領三萬士兵演習騎射，大小軍旗遮天蔽日。郝搖旗等又非常高興，招集大順軍其他餘部袁宗弟、藺養成、王進才、牛有勇等都來歸順，一下子增加了十多萬士兵，軍威大振。

沒過多久，李自成的將領李錦、高必正率領著十幾萬軍隊逐漸逼近了常德城。何騰蛟得知這個訊息後，立刻下令讓堵胤錫將這支隊伍招安，並安排他們在荊州駐紮下來。這樣一來，李自成手下的幾十萬士兵最終都歸附了何騰蛟。然而，當何騰蛟向隆武帝上書時，他卻隻字不提自己招安李自成軍隊的功績，反而強調李自成已死，認為這是上天顯靈的結果。他還建議隆武帝前往郊外祭祀天地，以感謝神靈的庇佑。

隆武帝聽到這個訊息後欣喜若狂，立刻對何騰蛟委以重任，任命他為東閣大學士，併兼任兵部尚書一職。同時，還賜予他定興伯的封號，並讓他繼續統領軍隊。然而，儘管隆武帝如此信任和重視，但朝中大臣們對於李自成是否真的死亡仍心存疑慮。畢竟，這關係到國家的安危和局勢的穩定。面對這種情況，何騰蛟並沒有因為自己的功績而驕傲自滿。相反，他反覆向眾人解釋說，李自成確實已經死亡，而且屍體也開始腐爛。

儘管如此，朝中一些人仍然對此持懷疑態度。他們認為，李自成可能會利用替身來迷惑敵人，從而達到自己的目的。但是這個時候，南明的主要敵人已經是清軍了，別說李自成真死了，就算沒死，也顧不上這些了。

面對隆武帝的封賞，何騰蛟表現出了謙遜和低調的態度。他深知自己雖然取得了勝利，但功勞並不完全屬於個人，而是全體將士共同努力的結果。因此，當隆武帝想要給他加官進爵時，他堅決推辭，表示自己不能居功自傲。隆武帝得知此事後，十分感動，認為何騰蛟不僅有勇有謀，而且品德高尚。於是，他再次下旨，要求何騰蛟接受封賞。最後，在隆武帝的堅持下，何騰蛟終於接受了官職和爵位。但他依然保持著謙虛的態度，認為自己還有很多不足之處需要改進。

在順治三年（公元 1646 年）的時候，永曆帝正式登基稱帝，而何騰蛟也因此被封為武英殿大學士，並獲賜太子太保的頭銜。儘管何騰蛟是一位忠心耿耿的臣子，但他與史可法面臨著同樣的困境——麾下缺乏可靠的將領與軍隊。

時間來到順治四年（公元 1647 年）春季，何的手下王進才聲稱軍中糧草匱乏，開始在當地四處搶掠，甚至將魔爪伸向了湘陰地區。恰巧此時清兵抵達長沙，王進才驚慌失措地逃往湖北。

面對如此局勢，何騰蛟無力防守，只能孤身一人逃向衡州，最終導致長沙和湘陰同時淪陷敵手。

同年六月，何騰蛟前往拜見永曆帝，永曆帝和太后都親自接見了他。

同年八月，清軍攻克武岡。永曆帝聞風喪膽，匆忙逃離，先是逃往靖州，隨後輾轉至柳州。彼時，常德和寶慶已落入敵手，永州亦再度淪陷。永曆帝心生退意，欲退回桂林。然而，此時的桂林城中，僅有焦璉所率之寥寥兵力。何騰蛟則率趙印選與胡一青兩部前來馳援。

與此同時，南安侯郝永忠（原大順軍將領郝搖旗）竟也領著萬餘兵馬不期而至，且來意不善，意圖對焦璉的軍隊動武。幸運的是，宜章伯盧鼎的軍隊恰巧趕到，何騰蛟趕忙從中斡旋，這才讓雙方放下敵意，使得桂林局勢得以穩定。接著，何騰蛟下令，命焦璉、郝永忠、盧鼎、趙印選、胡一青各自鎮守興安、靈川、永寧、義寧等州縣，自己則帶領五將共同禦敵。

順治五年（公元 1648 年）正月，永曆帝居住在桂林，加封騰蛟為太師，並晉升爵位為侯，子孫可以世襲。二月，清兵攻破了全州，進而抵達興安。郝永忠率領的軍隊戰敗潰散，他自己則逃往桂林，永曆帝無奈之下只得向西逃竄，並且放縱士兵肆意搶掠。此時，何騰蛟急忙從永福趕來。清軍得知桂林發生變故，直接抵達北城門。何騰蛟於是率領焦璉、胡一青等將領分別據守三個城門，抵禦敵軍，清軍這才退回全州。恰好這時金聲桓和王得仁背叛了清朝，率軍前來歸附明朝。

在湖南的清軍暫時撤退，何騰蛟趁機攻佔了全州。之後，他又派遣保昌侯曹志建、宜章侯盧鼎、新興侯焦璉、新寧侯趙印選攻打永州，經過三個月的圍攻，雙方進行了大大小小三十六次戰鬥，最終於十一月初一攻克了永州。沒過多久，監軍御史餘鯤起、職方主事李甲春攻佔了寶慶，其他將領也相繼攻佔了衡州，馬進忠則奪取了常德，之前失去的湖南領土大多得以收復。

順治六年（1649 年）正月，何騰蛟從益陽出兵攻打長沙，並與其他將