皇帝就有什麼樣的臣民，這一下把朱元璋氣得大發雷霆，順手抄起一把椅子就朝太子扔過去，嚇得太子只好逃跑。從這個故事裡，可以看出朱元璋和朱標兩人完全是不同的施政性格和治國思路。

皇帝和太子意見不合，夾在中間的大臣也跟著倒黴。有一次朱元璋要大開殺戒，皇太子複審案卷時卻打算從寬處理，朱元璋就問御史袁凱究竟自己和太子誰對誰錯，袁凱不好直說，只好回答說皇帝是為了執法，太子是出於仁慈。朱元璋聽了大發脾氣，說袁凱是在耍滑頭，想要兩邊討好，這一下把袁凱嚇壞了，乾脆也裝瘋扮傻起來，任憑朱元璋怎麼命人折磨他也不聲不響，回家後自己用鐵鏈鎖住脖子，蓬頭亂髮唱歌不止，做出種種瘋癲的舉動，騙過了朱元璋派來探察的使者，才算保住一條小命。

後來太子朱標早逝，朱元璋傷心不已，讓誰當繼承人就成了心頭的一件大事。皇太孫朱允炆年紀太小，朱元璋怕他做不穩皇位，就有些想把大位傳給和自己頗為相似的四子燕王朱棣。據說有一次朱元璋出了一個上聯“風吹馬尾千條線”讓朱棣和朱允炆來對，結果朱允炆說了句“雨打羊毛一片羶”，讓朱元璋很生氣，而朱棣開口卻是“日照龍鱗萬點金”，頗有帝王氣象，朱元璋不禁喜出望外。但輕易改變繼承人畢竟是件大事，他自己也猶豫不決，就去和大臣商量。大臣回答說：如果讓第四個兒子當太子，那麼老二老三往哪兒擺？他們的心裡會服燕王嗎？一句話說進了朱元璋心裡，他也只能感嘆說：“一切都看天意吧！”

朱元璋平時很注意對兒子們的教育，把許多兒子都培養得精明能幹。後來幾次大案把開國元勳宿將幾乎殺光，他只好把對蒙古的防務交給了燕王等幾個兒子，北邊一線成了他們的封地，正是在邊境的守禦生涯鍛鍊了朱棣的能力，也培養了他的勢力，從而使朱棣得以坐大，後來他能夠奪取朱允炆的皇位，這也是重要原因之一。

洪武三十一年（公元1398年）五月，七十一歲的朱元璋患病臥床不起，三十天以後去世。他被葬在南京城外鐘山下的明孝陵中，周圍是幾座功臣陪葬墓，墓主分別是開平王常遇春、中山王徐達、岐陽王李文忠、江國公吳良和海國公吳禎等。他們中的一些人也曾在朱元璋剿滅功臣的行動中受到牽連，但能夠附葬在這裡，終究也是一種幸運和榮耀。

朱元璋去世之後，皇太孫朱允炆繼位，四年後被燕王朱棣推翻代替。朱元璋立下的許多制度被明朝的後代帝王所繼承、發展和完善，對後世產生了深遠的影響。他生前曾經那麼努力地鞏固皇權，希望子孫後代永享太平富貴，但大明王朝終究還是被農民起義軍推翻了，他的許多子孫也都落到極其悲慘的境遇，朱元璋在世時又怎能想到這些呢？