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蘇巴託向總統作了彙報後，蘇加諾當時也弄不清那一方已控制局勢，於是決定去哈利姆。

當蘇加諾坐著直升飛機來到哈利姆時，他得到了空軍少將奧馬爾·達尼和空軍准將雷奧·瓦蒂梅納的歡迎。政變的領導人達尼和蘇巴佐准將向總統報告了已經發生的事件。

蘇巴佐曾經作為政變一方的代表在上午6時左右到達獨立宮，試圖會見蘇加諾總統，但他沒有如願，兩手空空地回到哈利姆。直到上午9時過後不久，他才有機會向總統報告情況。當蘇巴佐談到國防和統籌部長、武裝部隊參謀長已經逃走時，蘇加諾總統的反應是要求弄清情況。蘇加諾總統十分同情政變的左翼勢力，因為長期以來陸軍勢力已成尾大不掉的局勢，直接威脅蘇加諾總統的地位。蘇加諾總統對綁架將領的評論是：“在革命過程中發生這樣的事情是很自然的。”

同時提醒政變參加者，納蘇蒂安的逃脫可能會產生的影響和後果。

總統的出現對政變者以很大的精神鼓舞，但蘇加諾猶豫不決，避免明確表態，這使當時的局勢更加混亂。政變者由於準備不足，難以對付蘇哈托的攻勢。在政變部隊即將陷入困境的時候，蘇加諾派出第二個使者到達陸軍戰略司令部。使者在下午7時30分到達，這時蘇哈托忙於組織一支特遣部隊，準備給空軍基地的政變部隊以致命的打擊。蘇哈托和陸軍戰略司令部仔細研究後，決定繼續進行軍事準備，同時派遣自己的使者到哈利姆勸總統儘快離開空軍基地，因為攻擊即將開始。蘇加諾由於在國內外享有極高的威望，使蘇哈托難以對他下手，也不可能一腳把他踢開。所以他還是作為最高統帥的忠實軍官的面目出現。由於作戰的需要，陸軍戰略司令部遷到史納延體育館。

蘇加諾的到達和派出的使者，並沒有能挽救政變失敗的命運，因為蘇哈托將軍牢牢地掌握了軍權，他指揮的部隊在進一步縮小包圍圈。政變的領導人勸蘇加諾總統乘飛機到日惹去，總統沒有接受，而是聽從第二副總理萊梅納的勸告，在幾乎不被人發現的情況下，當晚10點乘小車到達雅加達以南40英里的茂物總統行宮。這時，空軍基地便成為政變部隊與蘇哈托部隊衝突的戰常進攻哈利姆的特遣部隊在陸軍傘兵突擊團團長沙爾沃·艾狄上校率領下，於10月2日凌晨3時到達空軍基地的外圍。陸軍傘兵突擊團的部隊、第328古羌營、一個裝甲車連和一個坦克連已經作好了進攻的準備。但在衝突前敵對雙方用印度尼西亞人傳統的方法進行協商。

哈利姆空軍基地負責防禦的德宛託空軍准將和他的對手沙爾沃·艾狄上校，盡力避免在武裝部隊之間發生流血事件。

德宛託說服沙爾沃·艾狄，前往茂物進行一次最高階協商，因為幾小時前蘇加諾總統已經離開空軍基地到他的茂物行宮去了。當這兩位司令官去茂物時，他們的軍隊繼續面對面地對峙著，準備戰鬥。

在茂物行宮，總統命令在印尼士兵之間避免發生流血衝突。當艾狄帶著總統命令回到陸軍戰略司令部時，蘇哈托已完成了他的軍事部署。因此他能在下午1時左右離開史納延陸軍戰略司令部到茂物去會見總統。蘇加諾、蘇哈托和武裝部隊的其他司令官在行宮停留了5個小時。會議期間潛伏著緊張局面，但始終沒有發生直接對抗。總統宣佈，陸軍領導權現在由他掌握。他指定陸軍部長第三助理普拉諾託少將臨時主持陸軍日常工作；同時委任陸軍戰略司令部司令蘇哈托將軍“按照我提出的政策負責恢復治安和秩序。”

蘇哈托毫無表情地接受了總統以堅定語氣表達的意志。

雅加達的許多晨報早已發表了分散陸軍領導權的總統命令。

這項訊息和陸軍情報中心釋出的訊息互相矛盾。陸軍情報中心釋出的訊息說，“蘇哈托少將暫時掌握陸軍領導權。”這兩項公告的日期都是10月1日。

蘇哈托與總統的會談，越來越陷入困境，尤其反對蘇加諾總統分散陸軍領導權。他氣沖沖地說：“在軍隊生活中，同時正式任命兩個指揮官是從來沒有的事。”於是他決定撇開普拉諾託將軍，自行其事，牢牢掌握陸軍的領導權，使蘇加諾分散陸軍領導權的命令變得毫無作用。

蘇哈托回到陸軍司令部時，用武力奪取哈利姆空軍基地已不成問題。因為翁東中校已乘坐空軍達哥打飛機去日惹的艾地主席那裡。蘇加諾總統讓空軍少將奧馬爾·達尼及其家屬在他的茂物行宮避難。次日