變成了“以生命健康產業為主營，網路資訊和金融租賃兩大產業為支柱”。趙新先的表述是：“主營好像是飛機一樣，支柱則像飛機的兩個發動機，它們推動主營發展。”這樣的描述看上去既堅持了三九的中藥路線，同時又嫁接了當今商業圈最炙手可熱的兩大產業——網際網路和金融，但是在執行中卻缺乏整合和深耕。第二次的擴張，仍然沒有讓三九實現決定性的飛躍。

一個事實是，三九自1990年之後便再也沒有開發出一個成功的中藥產品，在後來的10多年裡一直靠三九胃泰以及皮炎平等“老臣”支撐著天下。2000年，在深圳召開的全國性的高科技商品交易會上，三九一口氣推出了一大批帶有高新科技含量的醫藥醫療裝置，如精製中藥電子調配中心、三九智慧煎藥機、網上中醫診療系統、近紅外線乳腺癌診斷儀、數字化心臟介入C臂系統等。另外，還有一批網路資訊產品亮相，如“VIOP”電話系統、三維數碼立體影象製作系統、東方新幹線網路資訊系統等。人們對三九的科研開發能力大為驚歎。然而，讓人遺憾的是，這些高新產品最終都沒有形成規模生產，自然也沒有為三九帶來相應的經濟效益。

2001年8月27日，三九在猝不及防的情況下遭到中國證監會的警告。這天晚上，趙新先在中央電視臺的新聞聯播節目中意外地聽到了自己的名字。新聞稱，中國證監會公開通報批評三九醫藥，指稱其在募集資本的使用上與招股說明書不符，大股東及關聯方佔用上市公司資金超過25億元，佔公司淨資產的96％，嚴重地侵佔了廣大中小投資者的利益，直接威脅到上市公司的資產安全。通報還公開點名三九醫藥的董事長趙新先，稱其“有重大失職行為，情節特別惡劣，應當予以譴責”。這是中國證券史上，中國證監會第一次用公開通報的方式，對一家上市公司的董事長進行點名譴責批評。這則新聞對一向形象良好的三九而言，損害之大可以想見。在過去的一年裡，莊家呂梁事件、銀廣夏事件以及基金黑幕等證券市場的負面新聞已經讓人們對上市公司失去了信心。中國證監會的公開譴責一發表，三九頓時成為又一個“股市巨騙”。

在趙新先的意識中，三九集團和三九醫藥本就是他的左口袋和右口袋，資金挪用應屬正常之事。想當年他創辦三九，便是把建職工用房的錢擅自挪用去買裝置了，因此還被傳為佳話。不過儘管內心不滿，他還是表現出了企業家的風度和理性。3天后，他出現在中央電視臺記者的鏡頭前，第一句話是“接受批評”，第二句話是“道歉”。不過，他始終認為，自己“其實沒有錯”，這些專案沒有造成國有資產的流失，而是為將來國有資產的增值做了保障。

“公開譴責事件”讓趙新先的資本擴張受到了戰略上和心理上的雙重打擊。自此以後，“三九系”的多家上市公司基本上失去了融資的功能。根據年報資料顯示，到2002年底，三九的經營淨利潤只有2271。3萬元，資產負債率高達92％，債務總額為191億元，資產回報率僅為0。1％。在這種十分嚴峻的形勢下，他轉變了多元化的資本擴張戰略，而試圖迴歸中藥行業。然而，他的迴歸仍然表現得激情無限。他提出了三九專業化的“三化戰略”，即“中藥現代化、中醫專業化、健康服務化”。

趙新先觀察到，中國商業似乎進入到了一個“渠道為王”的時代。三九的藥品絕大多數是透過醫藥站和醫院出售的。他敏銳地意識到，隨著醫療體制的改革，連鎖藥店將成為最熱門的投資領域。他已經對中國製藥企業在技術上的開發和競爭能力產生了極大的懷疑，認為“對於沒有太多核心技術的國內製藥企業，其優勢不在技術，也不在研發，而應該是在國外製藥大佬進來之前儘快建立自己的生存壁壘”。他所謂的“生存壁壘”，就是要把三九從生產製造向營銷、商業服務方向轉型。

為了實踐這個理念，趙新先提出在國際和國內兩大戰線同時出擊，分別實施“麥當勞計劃”和“沃爾瑪戰略”。“麥當勞計劃”是在全球建立一個連鎖型中藥診所網路。他計劃在5年內開辦1000家連鎖診所。他算了一筆賬，在美國開一家診所大概需要20萬美元，一年可收入1000萬美元，總額可達100億美元。根據他的調查，在美國有大約1萬家小型的中醫診所，在加拿大有2000家。如果能夠把這些資源整合起來，就可以十分輕易地建成一個全球性的中醫連鎖診所。三九先是在加拿大多倫多創辦了第一家中醫藥醫療中心，之後又在英國、美國和馬來西亞等國家相繼開設了50多家類似的中心，此外還在洛杉磯開辦了一所現代中醫藥研究