東區高層，Bokma震怒，他在出差回來的bourbon建議下找到FBI在日的小組根據地報復。

茱蒂當場死亡，詹姆斯也重傷，只有赤井秀一勉強逃脫。

FBI高層獲悉了這樣的慘訊，同時他們得到匿名線報說找到了東京根據地。

原來之前組織的行動雖然造成了慘重的傷亡，但正面的交鋒留下了線索，也與線報吻合。

FBI當機立斷，他們派遣特殊行動小組潛入東京，由赤井秀一帶隊完成剿滅。同時聯合ICPO向日本政府施壓，要求對政界和商界的可疑人士排查。

他們的行動出乎意料的順利，像是東京內部出了叛徒一樣，輕而易舉就給予了沉重打擊。

然而就在他們想要徹底將這個勢力摧毀的時候，組織卻像人間蒸發一樣，所有的痕跡都被抹去。

間諜篇：

眾人對組織為何突然間隱去蹤跡好奇不已。毛利叔則敏感的意識到之前拉菲和菲特來日本的目的很可能根本不是他，而是另有圖謀。

他從暗處得知當日京都引發一系列行動的所謂Gin是另一個叫Bourbon的人假扮的。就在毛利叔想要讓人進步一去調查這個Bourbon是何許人也，灰原哀那邊卻出事了。

毛利叔本要去阿笠宅接柯南迴家，走到半路的時候陪柯南會去取一件東西，卻看到灰原哀被人帶上一輛黑色的轎車。柯南想要衝過去救她，被毛利叔一掌擊暈偷偷逃離，而在回事務所的路上，毛利叔被riphath的一通電話攔下。

三者見了面，riphath試探毛利叔的身份無果。同時柯南醒過來後向riphath詢問灰原哀的被抓到底是為什麼。席間他向毛利叔坦呈了自己工藤新一的身份和黑衣組織有關的事。

毛利叔掩飾過去後，柯南被riphath告知灰原哀是他們故意置之不理讓組織抓走的。

同時riphath告訴柯南，抓灰原哀的並不是他知道的那個黑衣組織。

riphath離開後，柯南與毛利叔定下約定，包括以後向小蘭解釋清楚道歉等一系列的事，毛利叔也透露以前當刑警的時候有點印象，需要去警局考證。

柯南與他分開和黑羽快鬥碰面。黑羽快鬥警告柯南不要再插手這件事，否則會有性命之憂。

柯南問他是否與之前riphath提到的“不是黑衣組織”有關，黑羽快鬥透露了一部分組織結構給他。

毛利叔找到長谷川空詢問拉菲和菲特，後者告訴他他的猜測沒錯，拉菲和菲特的確是藉由FBI的手伺機吞併遠東區的勢力，現在幾乎已經成功瓜分了這裡的組織。而灰原哀之所以被那麼要緊的抓走，也是因為拉菲和菲特知曉APTX4869的重要性。

長谷川空還告訴他，bourbon是菲特派來遠東的。這一系列的事正是由他從中牽線。

毛利叔表示儘管拉菲和菲特得到了他們的分成，但FBI對組織的打擊不小。

長谷川空認同他的看法，也認為這件事很可能有FBI的間諜參與。

Bourbon的嫌疑不小。

試探篇：

毛利叔決定藉由FBI來剷除組織，並試探暗中到底還有誰在調查他。

他讓柯南發現Gin的行蹤，偽裝成線人暗示FBI後面有大魚。FBI沒有上鉤，僅僅只讓赤井帶著少數人馬前去。反而是ICPO很輕易的就出動了大隊人馬。

行動小組的確發現了目標，但受到狙擊，ICPO傷亡嚴重。

毛利叔肯定FBI在組織有間諜，而ICPO傷亡慘重也似乎不在預估範圍。

此時，毛利叔終於查到那個與他長相相似的人身份便是如今組織最高領導人的副手，代號羅曼尼康帝。也證實了拉菲和菲特就是東歐和北美的組織統領代號。訊息來源是威靈頓公爵。

但威靈頓公爵雖然證實了這些人的身份，卻不能告訴他這幾個人之間有什麼利益糾葛。

向長谷川空詢問同樣無果後，毛利叔只能打出第二章底牌，他聯絡了義大利教皇。

後者暗示他，羅曼尼康帝和拉菲關係不合。

老者問毛利叔既然已經聯絡他了，是不是意味著準備重掌原先的勢力，義大利這邊還有人一直等著他回來。

毛利叔說他正是因為不想回去所以才只聯絡了教皇。他相信教皇不會暴露他。

老者告誡他恐怕很難如願。

毛利叔希望教皇在他一旦暴露後