本部和理所遷移至鄆州，孤山鎮只是清海軍名下的一個外鎮，編制被大大壓縮，軍府行軍司馬給孤山鎮核定的編制是一營兩都外加城防、虞侯兩隊。

淄青節度使府只控制各軍總兵力和營一級的編制，營以下的編制和將領任用原則上由各軍主將自行編定後上報核准。除非十分不合理，節度使府一般不做干涉。鑑於清海軍的特殊歷史，李師古給了新任鎮扼使李茂一個特權：營一級的編制和主將任免名單也由李茂擬定，報軍府批准。

李茂擬將清海軍分為四營一隊，任李昹為左營主將，陳萬春為右營主將，夏純為城防營主將，李英曇兼領虞侯軍（隊），由他自己親自兼任中軍營主將，李師古回覆同意。至於各營內部怎麼配置則是李茂的權力範圍。

四營中，中軍營保留十個隊的編制，每隊五十人；左、右兩營每營保留兩個隊的編制，每隊五十人；城防營下轄二十隊，每隊十人；虞侯軍下轄十隊，每隊十二人。

孤山鎮缺馬，於化隆時代建有一都馬軍，後因馬匹不足砍為一隊，李茂將這一隊馬軍砍掉，馬匹統統調配給捉生軍。捉生軍和虞侯軍一樣，說是軍，實際只有一個隊的規模，本來每營都設有捉生軍，但因左右兩營編制被極大壓縮，現在只有中軍營設有捉生軍。

朱振遠臨走時送給李茂兩份大禮，一是把累年積攢下來的價值不菲的三十八套鯊魚皮盔甲留給了李茂，一是把捉生軍骨幹統統留給了李茂。他的理由是捉生軍到鄆州後將失去用武之地，這些百戰餘生的軍中精銳從此將告別戰場，在大後方的酒肆、妓館裡混吃等死，這對他們來說無疑是件極其殘忍的事。

李茂以捉生將黃仁凡和三十名骨幹為基礎將捉生軍的規模擴充了兩倍，那三十八套珍貴的鯊魚皮盔甲李茂只留了十二套給親兵，其餘的盡數調撥給捉生軍使用。

隨著“骷髏面”的覆滅，清海軍最後一支水軍也成了歷史，孤山鎮東臨草湖，在豐水季草湖闊達數百平方公里，即使枯水期屬於草湖的湖面也有十幾個平方公里，此外以草湖為中心，連線著十幾條河流，這些河流大多數都可以常年通航，以這些河流組成的水道四通八達，覆蓋著曹、兗、濮、鄆四州之地，這麼廣大的區域沒有水軍掌控，李茂以為十分不妥，重建清海軍水軍刻不容緩。

海盜窩裡建水軍，最不缺的就是人才，只是未得鄆州批准，李茂一開始沒敢把攤子鋪的太大，水軍暫時掛靠在中軍營下，編制只有一個隊，“骷髏面”擁有戰艦四艘，只用於維護城東水道秩序，李茂撥款新造十艘兵艦，除了維護城東水面秩序，更要打擊威脅水道安全的水盜劫匪，並協助馬步軍控制整個草湖周邊地區。

經歷了兵變的殘酷，李茂有足夠的動力去組建一支完全聽命於自己的親兵隊，兵員主要是原城防營的虞侯隊和四面街偵緝處的部分骨幹，在主將人選上李茂起初是打算任用張栓，張栓則建議李茂重用青墨，以青墨的能力做親兵隊頭，李茂是放心的，李茂不放心的是他的略顯輕佻浮躁的性格，深思熟慮後，李茂決定破格擢拔摩岢神通做親兵隊頭，而將青墨任命為軍院巡官。

幕府官員雖無品階，卻也有高下之分，一般而言副使、行軍司馬、判官為上佐，掌書記、參謀、支使等次之，推官、巡官為下佐。巡官是為幕府正職中的末職，但比之隨身（軍）、孔目官、要籍等卑官佐職又要高的多，其職掌很雜，常無固定職掌。青墨對這個任命也很滿意，做親兵隊頭固然威風，卻不得自由，這會讓他受不了。

李茂接受青墨的推薦，正式起用鄭孝章為軍院參謀，聘胡南湘為軍院要籍，掌圖籍、文墨等事，兼理軍院小金庫。

升馬和東為中軍馬軍主將，與左營主將李昹、右營主將陳萬春、中軍步軍主將張琦並稱軍院四大將，四人排位分別為左一將、右二將、左三將、右四將。夏純以城局使兼城防營正將，排位左五將，調陳蘭為營造將，排位右六將，中軍押營將張栓排位左七將，中軍捉生將黃仁凡排位右八將，中軍水軍統領薛老將排位左九將，諸軍刀牌教練殷著排位右十將。

以上十人皆稱正將，其餘副將、子將各有二十人。從軍制上說鎮扼使的級別與軍下所屬營主將相等，李茂因帶有清海軍副使銜，比一般營主將要高出半個級別，鎮軍所屬的營主將雖然也稱主將，但此主將的級別卻比清海軍的營主將低了一等。

李昹和陳萬春在於化隆時代即為營主將，現在依舊為營主將，級別卻低了一等，為示安撫二人同掛清海軍散都虞侯銜。

至此李茂以節度押衙、清海軍兵馬副使身份兼任孤山鎮鎮