娜塔莉雅痛恨這場奪去了她心上人性命的戰爭，但她並不知道，英勇的米謝爾斯基少尉的死，並非僅僅是逃兵造成的。

由於俄軍工兵部隊的疏忽，康德拉琴科精心策劃的地下爆破作戰完全失敗，不但沒有取得應有的戰果，反而致使進攻大阪城的俄軍被炸死4000餘人，導致俄軍全線崩潰，薩摩軍趁勢發動了反擊，米謝爾斯基少尉和幾名軍官都察覺到了危險，試圖組織抵抗，但俄軍士兵此時已經喪膽，一心只想逃命，米謝爾斯基和軍官們不得不開槍鎮懾逃跑人員，結果不但沒能阻止逃跑，反而使逃兵們認為米謝爾斯基等人要殺他們。是以向這些軍官們開了槍，把軍官們全都打死了。

可憐這些英勇的俄軍下級軍官們，沒有死在戰場上，卻死在了自己人的槍下。

在得知俄軍全線崩潰後。日本政府軍統帥大山岩大吃一驚，立刻率日軍投入戰鬥，對薩摩軍進行阻擊，遲滯了薩摩軍的攻擊，這才使得敗退的俄軍逃得一條生路。俄軍司令部聞訊後大怒。組織督戰隊前去阻止敗兵，並架起了加特林機槍向敗兵射擊，在又打死近1000餘人之後，俄軍總算停下了奔逃的腳步，和日本政府軍會合，重新投入到了戰鬥之中。這樣，又經過幾天激烈殘酷的戰鬥，雙方的戰線又重新回到了地下爆破作戰開始前的態勢。

儘管薩摩軍又一次取得了勝利，但林逸青冷靜的分析了形勢，認為雙方兵力相差懸殊。“於平原廣野防禦殊死之兇暴露賊，固難期勝算。一旦迎戰失敗，士氣沮喪，而大長敵勢。以沮喪之兵，再開始謀劃守城，遂難期堅守”。因此他決定收縮兵力，依託大孤阪城的城牆和地勢堅守，給此地軍民爭取平安撤離的時間。

9080年（大乾光旭六年，日本明治十三年）5月12日，在經歷了這一次的慘痛失敗之後。俄軍的攻勢愈加猛烈，俄軍利用兵力上的絕對優勢多路並進。當時薩摩軍雖然極力堅守，但由於長期高烈度的作戰，精銳武士死傷累累。從當地居民當中徵召補充的兵員不多，且未經多少訓練，戰鬥力低下，因而兵力銳減，已不足萬人，而且由於要分兵在各個要點上。兵力更加虛弱，各處都是以百餘人、數百人的小集團分散守備，而當面的俄軍則有10000人以上。

俄軍的各路兵馬從5月17日至25日繼續發動進攻。22日，在大阪城以東的天目川駐守的薩摩軍百餘人全部戰死。之後，薩摩軍蒲生鄉計程車族軍179人，加上軍夫共計304人，在隊長赤冢源太郎的率領下，全體陣亡，不久，人吉隊自隊長犬童治成、軍監瀧川俊藏以下1280人，薩摩軍中隊長溝尾堪兵衛、小隊長永友金之助、軍監有留情揚以下1200人也全都戰死，陣地全部失守。陸續出現這樣的“集體玉碎”現象，說明薩摩軍的戰鬥力已經急劇下降，越來越多的人對前途不報希望，而又不想向殘暴的俄軍投降，因而只能選擇戰死沙場。

30日拂曉，平托夫中校率領的俄軍先頭從早與突入了京都。《西南記傳》中記載當時的戰況：“俄軍乘勢自橫面衝擊干城隊之陣地，並從正面迫近振武隊。槍炮連射，其勢甚銳。振武十六番隊先退，諸隊亦次第悉數退卻。俄軍進擊，將至丘下，諸隊返戰多時，俄軍至暮撤兵。三十一日，干城隊在原田，六月一日早，俄軍大舉進擊，本道及左翼之我軍悉敗，失守。干城隊亦將陷重圍，一面拼命突破，欲抵達本道再進行防守，然不利而退向神戶城下。”而在5月29日，俄軍未至，桐野利秋就下令京都軍民撤離，退向大阪和神戶，留下幾支人數不多的部隊阻滯俄軍前進。

在京都被大火焚燬後，薩摩軍全軍都在外圍作戰，京都只是空城一座。為避免俄軍屠城，日本政府派出敕使團，發出告示，要求京都居民不得支援薩摩軍，俄軍到來後，可懸掛日章旗和俄旗，各安其業。由於擔心俄軍搶掠，防止民心不穩，大山岩指示陸軍少將高島柄之助率領別動第一旅團進入京都。高島旅團先於4月27日到達京都，5月2日，與日本政府新任命的東京都知事巖村通俊一道入城，隨後陸軍少將曾我佑準的第四旅團也進入了京都。至此，京都被日本政府收復。

為防止俄軍和政府軍夾擊，林逸青派出振武、行進兩隊趕往神戶方向，遲滯俄軍進攻。擔任神戶方面總指揮的是別府晉介，兵力為振武隊自大隊長中島健彥以下2300餘人、行進隊自大隊長相良五左衛門以下1800人、拔刀隊一部300人，總計4500人。日本政府軍又派出大迫貞晴少將的別動第三旅團前往增援俄軍，大迫貞晴是東京大警視，日本警察的最高長官，他的旅團也是以警察為主的。大迫旅團在