不過這種打亂建制的交叉，需要鄭家軍的總兵釋出命令。

鄭家軍同時設立總參謀部，總後勤部和總裝備部，凌駕於三軍之上，總參謀部、總後勤部和總裝備部由鄭錦宏、徐望華、馬祝葵、羅昌洛、李巖等人組成，鄭勳睿親自負責，總參謀部的主要任務就是決定鄭家軍對外的征伐、作戰部署以及軍士的招募等等事宜，總後勤部負責協調征伐所需要的糧草以及其他後勤事宜，以及平時的軍餉和糧草事宜，總裝備部負責火器、戰馬等等的協調。

鄭家軍的調查署納入到總參謀部的領導之下，淮安火器局納入到總裝備部的領導之下，今後的時機成熟了，三總部還將擴充職責。

此次培訓引發的震動是很大的，誰都知道，鄭家軍此次建制的調整，意味著其基本脫離了皇上和朝廷的節制，成立的三總部，其實就是代替了兵部，設立了參謀官，其實是摒棄了朝廷的監軍制度。

特別是設立三總部，凌駕於鄭家軍之上，由鄭勳睿直接負責指揮，等同於是鄭勳睿從明面上直接掌控了鄭家軍，而且掌控了一切與鄭家軍發展有關的事宜，這裡面就包括了後勤和裝備方面的事宜。

鄭家軍建制的大調整，雖然說內部通用，暫時不會對外宣佈，但朝廷遲早都是要知曉的，如今朝廷大軍正在與流寇展開廝殺，鄭勳睿在這個時候大規模調整鄭家軍的建制，一方面有規範鄭家軍的意圖，另外一個方面，也可能是對朝廷大軍剿滅流寇的戰鬥沒有多大的信心。

鄭家軍肯定是要參與到剿滅流寇的戰鬥之中去的，這一點鄭家軍的將士都是很清楚的，只不過參與的程度不好說，朝廷之中的紛爭，除非是鄭家軍副總兵以上的軍官才可能知曉，也是因為如此，不少的將士對於不能夠參與到剿滅流寇的戰鬥，表現出來了不服氣，流寇最為懼怕的就是鄭家軍。

鄭家軍遊擊將軍以上的軍官，內心都是清楚的，那就是鄭家軍從規範建制的那一天開始，