奇襲隊形開始展開，同時發出“虎、虎、虎”的訊號，通知母艦奇襲成功。五千英里外的長門號戰列艦上，一名興高采烈的文書將電報遞給山本，山本無動於衷地繼續和參謀長下著棋。

按奇襲計劃，將按魚雷機、水平轟炸機和俯衝轟炸機的順序進入攻擊，首先將襲擊艦隻。由於雲層遮擋，部分飛機沒有看到訊號，於是淵田又打了一發訊號彈。俯衝轟炸機見共發出了兩發訊號彈，認為是強攻命令，這是針對敵人有所防範時強攻戰術。按制空隊、俯衝轟炸機、水平轟炸機和魚雷機進入。

7時55分，俯衝轟炸機首先攻擊了瓦胡島的三個機場，兩分鐘後，魚雷機開始進入攻擊。這一小小的失誤並沒有影響進攻的效果。第一架魚雷機首先用機炮將排列在艦隊最後內華達號上的艦旗撕碎，而後投下了魚雷。

但是這一次，戰鬥的第一炮卻是由日本的微型潛艇部隊打響的。當第一架日本99艦爆進入俯衝時，由一艘微型潛艇發射的兩顆加料版93長矛魚雷已經在內華達號戰列艦的側舷爆炸開來，雖然那艘微型潛艇很快就被一艘趕來的驅逐艦擊沉，但是這一傢伙卻直接要了內達華號的親命——30分鐘後這艘2。9萬噸排水量、在原時空中逃離了厄運的戰列艦就肚皮翻白向上——沉了。日本一共出動了五艘微型潛艇，它們在空襲開始後對美國船隻施放魚雷，並且取得了擊沉一艘戰列艦的戰果。五艘船後來都被沉，其中只有四艘後來被找到。和歷史上一樣，這五艘潛艇上的十名水手中只有一人倖存，倒黴的酒卷和男無論是在那個時空都擺脫不了被俘的命運，不過他也創造了一個記錄，那就是，他是美國在二戰中的第一個俘虜。

最初的幾分鐘內，太平洋艦隊中沒有人能意識到發生了什麼事情，甚至還有美國海軍的軍官打算越俎代庖要替山本五十六“好好管教管教這些違反飛行守則的壞傢伙”，但是他們很快發現這些飛機明顯跟等自己不是一個綹子的，因為他們在往美國的軍艦上狂扔炸彈和魚雷。等到美國人逐漸清醒後，停在艦隊最外側的西弗吉尼亞號和俄克拉何馬號已各中了兩條魚雷，後者又中了5枚炸彈後，帶著400多名官兵傾覆。前者由於及時開啟注水閥，慢慢地沉入了水下。亞利桑納號由穿甲彈在艙內爆炸引發了大火，加利福尼亞號中了兩條魚雷後艦上重油庫騰起烈焰，並且逐漸下沉。5分鐘後，零星的高炮開始響起，但也是杯水車薪。

隨後，淵田率領水平轟炸機開始了進攻。他按了一下投彈按鈕，入迷地看著他的四顆炸彈以極好的隊形象魔鬼一樣垂直落下，越來越小，他不知道在下面的人看著這東西越來越大是什麼滋味。停在艦隊內側的馬里蘭號周圍出現了叢叢的白煙。隨後，田納西號以及在船塢中修理的賓西法尼亞號，也各吃了幾顆炸彈。

突然，福特島東側戰列艦隊中發生了震天動地的大爆炸。一時濃煙滾滾，火柱高達一千多米，這是火藥和炸藥爆炸不充分燃燒而特有的紅黑相間的煙柱。這是亞利桑納號大火導致彈藥庫發生了爆炸。在紅黑煙霧以及零星的高射炮火中，轟炸機仍在上下翻飛，飄滿油層的海水上，棄艦的官兵拼命地遊向岸邊。

一艘袖珍潛艇成功地潛入港口內，發射魚雷並擊中目標，而騎驢吃豆包已經樂顛了陷的潛艇成員們還沒等慶祝就被趕來莫納漢號驅逐艦撞沉，。

8時10分，另一封明碼電報－“珍珠港遭空襲，這不是演習”轉到美國海軍部，海軍部長諾克斯罵道：“操她大爺，這幫小日本真***陰險！”原來他在三分鐘前剛剛接到白宮的電話，說日本人已經向美國宣戰了。

8時25分，第一波攻擊平息。淵田在空中繼續轉著圈，計算著戰果。從西海岸飛來的12架B－17飛機在被護航的零戰圈輪了一頓之後，只有兩架在毀壞的機場上艱難地進行了著陸，之後便被擊毀。

8時40分，由108架俯衝轟炸機、84架水平轟炸機和55架戰鬥機組成的第二波攻擊波已在瓦胡島上空展開完畢。8時42分，247架飛機冒著越來越猛的炮火開始了進攻。水平轟炸機隊負責攻擊瓦胡島的機場，俯衝轟炸機繼續攻擊艦隻。兩次空襲之間只有少數陸軍的飛機得以起飛，又全部被零式戰鬥機戰擊落，繼第一波攻擊之後，零戰繼續保持著制空權。

這時珍珠港已經濃煙滾滾，嚴重妨礙了俯衝轟炸機尋找下面的艦隻。99式俯衝轟炸機都採取了根據彈幕轟炸的方式，就是哪的高炮最猛烈，飛機向那裡俯衝。有一架飛機俯衝下去後才發現目標是一座陸上炮塔，又連忙拉起。港內，停在戰列艦隊末尾的內華達號戰列艦離開了