1856年春，臨安漢族惡霸煽動漢人入南安州和楚雄府城捕殺回民，“老弱鮮得免者”，楚雄府的漢族官紳也殘暴地屠殺回民。臨安漢族惡霸等在廣通（今祿豐縣廣通鎮）、羅川（今祿豐縣西南）、祿豐等地逞兇之後，擬前往省城昆明屠殺回民，回眾起而自衛。

新興（今玉溪）回民首領馬凌漢率回民千餘，在距昆明二十里的小板橋，將臨安漢人惡霸打敗。這本來是正當的自衛行動，卻被當地官府指責為“糾眾謀逆”、“陰謀作亂”。雲南巡撫舒興阿和團練大臣黃琮竟“飭各府廳州縣聚團殺回”，署布政使清盛也下達了對昆明回民“格殺勿論”的命令。

雲南官府高層策劃的對雲南回民的野蠻屠殺，終於迫使回民百姓走上武裝叛亂的道路。同年6月姚州（今姚安）回民首先起事，7月即攻佔州城，隨後各地回民相繼響應。

在滇西，杜文秀起於蒙化（今巍山），蔡法春起於順寧（今鳳慶），楊榮、虎應龍起於鶴慶、麗江；在滇南，馬德新（字復初）起於新興，馬如龍起於臨安北面的曲江，馬凌漢、楊振鵬起於昆陽（今晉寧），徐元吉起於澂江（今澄江）；在滇東，馬聯升起於曲靖，馬榮起於尋甸。回民武裝叛亂的烽火遍及雲南全境。

與此同時，漢族和彝、哈尼、白、壯等各民族底層百姓也紛紛跟進。

哀牢山區李文學領導的彝族百姓武裝叛亂隊伍，一開始就同杜文秀領導的回民起義軍並肩戰鬥。其他起義隊伍也或者單獨作戰，或者與回民起義軍彼此支援，相互配合，有的則直接參加了回民起義的行列。

這時，雖然各地民族仇殺事件在不少地區仍不同程度地存在著，但是以杜文秀為代表的各族底層百姓，透過鬥爭實踐逐步認識到官府和地主武裝團練才是回漢仇殺的真正罪魁禍首，是各族百姓共同的敵人，從而摒棄民族相仇的偏見，走上了共同反對朝廷的武裝鬥爭道路。

……

以回民為主體的雲南各族百姓發起的武裝叛亂，極大地震動了朝廷。

咸豐帝聞訊勃然大怒，立即令正在貴州鎮壓當地苗民起義的雲貴總督恆春折回雲南，“痛加剿洗”。但自太平天國起義以來，朝廷不斷徵調各省清兵赴江南鎮壓太平軍，雲南防軍也“半經外調”，所剩清軍不敷派遣，顧此失彼。回民叛亂武裝正是趁此有利時機，迅速發展力量開展與地方清軍的鬥爭。

滇東、滇南各族百姓揭杆而起之初，組織比較分散沒有統一號令以及明確目標。曲靖、臨安、東川（治今會澤）、開化（治今文山）等府和廣西州（治今瀘西）的許多小股起義軍武裝，各自為戰先是擊敗了前來“圍剿”的清軍和地主團練武裝，進而主動進攻，圍攻清軍盤踞的城市。

滇東回民武裝起義軍輕鬆控制平彝（今富源）至嵩明之間的大道，徐元吉部回民軍則佔據了接近省城昆明的澂江府城。隨著戰爭的延續和發展，各地起義軍力量不斷壯大，並逐漸從互相支援發展到聯合行動。

1857年夏，馬如龍、馬德新、徐元吉等率領滇東、滇南迴民起義軍兩萬人，經晉寧（今昆明市晉城）、呈貢向昆明進發。當時昆明城中清軍很少，團練因無人督率紛紛潰散。

雲貴總督、雲南巡撫和團練大臣等束手無策，只得緊閉四門等待援軍。7月12日回民起義軍佔據距城僅五里的江右館為大營，分據大樹營、王家橋、堡基、馬街子、碧雞關、紅廟、西壩等村寨，隨即發動對省城的圍攻。

清軍被打了個措手不及，城內糧源斷絕戰守無兵，雲貴總督恆春無計可施自縊而死；巡撫舒興阿也“引疾乞假”，藏匿家中。

其時，朝廷正忙於鎮壓太平天國起義，無力顧及雲南，只得調四川總督吳振棫為雲貴總督，帶川兵二千名赴任。

吳振棫懾於回民起義軍的聲威，一面奏請朝廷將“主剿”回民的團練大臣黃琮、竇垿革職，以麻痺回民的反抗意志，一面召請在外省任職的雲南籍回族官員回滇，以拉攏和收買回民起義軍首領。

滇東、滇南起義軍的主要領導人馬德新和馬如龍都是回族上層人物（馬德新是雲南回民的總掌教，馬如龍則是出身於官宦之家的清朝武生），他們公開宣告，起兵“止欲報仇，不敢為逆”，只要當局懲辦“倡首滅回者，以服眾心，即行解散”。

由於他們根本沒有觸動滿清在雲南的統治決心，因此在雲貴總督衙門的利誘之下於1858年春與官方訂約，承諾“永不滋事”，並將圍攻省城的回民起義軍撤離散歸各地，滇東、滇南起義軍第一次圍攻省城遂告結束。