身死，最後徹查，木葉高層將目標對準了宇智波一族，認為是宇智波一族和敵人勾結，出賣火影，背叛木葉村！

可是，這也僅僅是猜測，當時，並沒有任何證據指向宇智波一族，所以，事情就此作罷，但是，木葉村對於宇智波一族的猜忌和怨恨卻是更加深刻了，隱隱中，將宇智波一族看做了眼中釘，看做了背叛木葉的猶大之流。

宇智波一族中，木葉的不公平對待與敵視讓宇智波族人很是不滿，他們明明什麼都沒做，卻還是讓人猜忌，就算犧牲了那麼多，木葉對待他們的態度仍然像是對待叛徒一般。

身為族長，鏡極力調和著宇智波一族和木葉的關係，所幸的是，鏡和猿飛也算同窗，而且，他們之間的關係還算不錯，而且，三代為人正直，絲毫沒有小心眼，到了他這裡，總算沒有對宇智波一族做出過分之事。

天有不測風雲，宇智波鏡卻被人暗殺致死，這次事件，再次成為了宇智波一族和木葉村之間的導火線，宇智波一族懷疑鏡是被木葉暗殺，所以便準備發動暴亂替鏡報仇，並且，其他憑藉此次的暴亂結束木葉對於宇智波的壓制，推翻木葉政權，讓宇智波成為木葉的職權者。

暴亂自然沒有成功，三代雄才大略，武不用兵，憑藉個人魅力化解了這次的暴亂，並且承諾，一定會揪出兇手，為鏡報仇。起初，三代確實調查了一番，只是，最後遭到了木葉高層的強大阻撓，甚至，木葉的幾個大名同時出面阻止三代的行動，甚至以木葉村來威脅三代，如果再調查下去，他們就不會再支援木葉。

至此，三代總算明白了事情的一切，知道了鏡的身亡與木葉高層之間有很大聯絡，為了不引起木葉村的動盪，三代放棄了調查下去的心思，為了給宇智波一族交代，木葉高層捏造了一個假證據，隨便找了個替罪羊交給了宇智波一族，宇智波一族尚且相信木葉，便不再追究，終於，此事作罷。

過了些年，九尾來襲，四代身死，木葉都將罪責算在了宇智波頭上，對宇智波一族痛恨到了極點，但是礙於宇智波強大的實力，他們還是壓下了毀滅宇智波的心思。

再後來，宇智波一族出了一個絕世天才，宇智波止水，宇智波一族都堅信著，有了止水，宇智波一族一定會再次走向昌盛，所以，當時宇智波族長富嶽對於宇智波止水大力栽培，希望他儘快成長起來，所幸的是，止水並沒有辜負宇智波一族人的期望，早年開啟萬花筒，並且擁有了不可思議的能力，別天神！

同時，宇智波一族誕生了另外一個絕世天才，宇智波鼬，作為宇智波一族族長的兒子，鼬被賦予的期望就更大了。和止水一起，他們並稱宇智波雙雄，在在宇智波一族人心中，兩人便是宇智波一族的希望，明天的一切都要拜託在他們的身上。

宇智波出現絕世天才，而且還是兩個！這樣的事實讓木葉高層震驚不已，此時，木葉村中幾乎沒有能和宇智波一族相抗衡的實力，就算是千手一族，也只剩下了綱手這一脈，根本就無人敢和宇智波一族相提並論。

看到兩個新星冉冉升起，木葉高層已經預見了宇智波一族謀反推翻木葉政權的那一天，終究，木葉高層下了決定，徹底毀滅宇智波，絕對不能讓對於他們政權有所威脅的一族存活在世上。

這時，團藏早已設立“根”部，作為類似於明代東廠一般的存在，它行使著督查和守護木葉的職責，當然，此時，宇智波一族警署的職權早已被架空，整個木葉的治安方面可以說都在“根”部的手中。

由於實力強大，毀滅宇智波一族的重任就交給了“根”部手中，團藏，一手策劃了毀滅宇智波的計劃，先是憑藉職權強行奪取宇智波止水的萬花筒，再是安排鼬，用佐助的性命做威脅，要求鼬一起參加宇智波的滅族計劃。

鼬痛苦踟躕，他從止水那裡已經知道了團藏的一切，知道了宇智波一族無法擺脫被毀滅命運的事實，心神不安，“這就是命運啊”

鼬還記得止水將自己的眼睛交給他時面色上的欣慰，“鼬，宇智波一族就拜託你了，照顧好它”

只是真的能救得了宇智波嗎？鼬清楚的知道，現在的宇智波，被木葉視作眼中釘的宇智波，無論如何都會被木葉毀滅，為了弟弟，他終於做出了決定，毀滅宇智波。

就算背上所有罵名，也要讓佐助活下來。為了弟弟，鼬還是背叛了自己最好的兄弟，最好的朋友。同宇智波帶土，團藏，以及“根”部精英，於月圓之夜，徹底殺死了宇智波的所有族人。

那夜，血色，曾經輝煌不可一世的宇智波終究被人毀滅，全族三百二十