二月二十九，閩省滅朔軍兵出分水關。由蒼南、平陽、瑞安直取溫州；靖海侯鄧耀率分艦隊開至溫州外海，並於溫州以北的樂清佯攻登陸，予以配合。

永曆十七年。康熙二年，公元1663年一月二日，鎮海伯楊彥迪、建平伯鄭纘緒率兩千餘艘戰船由崇明出動，直入長江。在南通江面，破朔軍借船南渡長江，水陸大軍直指清軍第一道江防——江陰。

一月五日。明軍進至江陰，清朝文武官員憑城扼守。明軍水師先破江上工事。然後駛近城池予以炮轟，破朔軍趁勢猛攻。江陰小縣，一日而下；八日，明軍進抵瓜州，陣斬清遊擊一名，敗敵滿漢兵馬數千，炸斷攔江鐵索，摧毀鎖江防線“滾江龍”，焚燬清軍江上浮營（又稱木城）三座，使清方苦心經營的江防工事全部瓦解。同一天，明軍攻克瓜州，清操江巡撫投降。

一月六日，西路明軍一改幾日來不急不緩的推進速度，晝夜倍道，兼程而進，直逼安慶。而作為奇兵突出的一部明軍騎兵，事先化裝成清兵模樣，由高得捷率領，先於大軍詐開城門，安慶清軍驚慌失措，在敵情不明的情況下，數千之眾竟出東門倉惶而逃，安慶乃下。

一月十日，西路明軍正繼續東進，已有蕪湖等地官紳派人送來密信，通報納降歸附的訊息；明軍以不足一千的騎兵先行，於一月九日收復蕪湖；一月十日，長江水師一部衝破武昌江面，前來會合，並通報武昌正被三路明軍圍攻，城內清軍有棄城北竄的跡象。

一月十一日，明水陸大軍在鎮江銀山大破清江寧派來的援兵，清鎮江守將與知府獻城投降。十三日，先鋒舟艦已進抵南京城下。

一月十五日，明軍西線軍團於當塗與東線哨船會合，從而基本上形成了東西會師，截斷長江，合擊南京的戰略意圖。

從攻克南昌到東西會師，不到一個月的時間裡明軍長驅直進，幾乎沒有經過什麼大戰。

按後來的歷史記載：“帝御駕親征，王師所至，江之南北相率來歸。郡則太平、寧國、池州、徽州；縣則當塗、蕪湖、繁昌、宣城、寧國、南陵、南寧、太平、旌德、貴池、銅陵、東流、建德、青陽、石埭、涇縣、巢縣、含山、舒城、廬江、高淳、溧水、溧陽、建平；州則廣德、無為以及和陽，或招降，或克復，凡得府四、州三，縣則二十四焉。”。

取得這樣巨大的成果，原因主要有三個：一是清軍在長江下游的兵力單薄，三個重兵集團一在南昌被殲滅，一在武昌被圍攻，一在江浙被滅朔軍牽制；二是當時反清復明勢力的社會基礎還相當大，各地紳衿百姓不忘明室，明軍於西南崛起並屢戰屢勝，使他們重燃希望，盼之久矣；三是明軍紀律嚴明，所到之處秋毫無犯，使士紳百姓簞食壺漿，傾力相助。

而明軍的戰鬥力，以及動用的大軍，更是遠超當年鄭成功所發動的長江之役。不算其他戰場予以配合的明軍，東西會師之後，陸軍便有殄朔、蕩朔、破朔三個軍，以及一直擔任朱永興近衛師的靖朔軍第一師，再加上水師陸戰隊，已經超過了十三萬之眾；水師更是有兩千餘艘大小船隻，官兵兩萬餘人。在裝備上，明軍擁有的火槍火炮的數量和威力更不是當年的鄭軍可比。

此時明軍兵抵南京，形勢與鄭成功長江之役時又大不相同。上游州縣、水路多為明軍所控。不必象當年鄭軍，擔心清軍由這個方向趕來增援；明軍水師更為強大，炮火更猛，清廷想從北方增援，如何渡江。便是一個難以逾越的障礙；而江浙清軍固然能夠回援，卻要面臨被滅朔軍銜尾追擊的危險，且要盡棄江浙要地。

這個時候便看出之前穩步進取的好處了，周邊無強敵，進抵南京城下的明軍可以說是後顧無憂。當然，清廷在江浙不斷投入兵力。此時南京的清軍數量也要多於長江之役時，有一萬有餘。而在明軍勢如破竹般向南京逼進的時候，為了保衛南京，南京的江南總督郎廷佐不惜以放棄部分州縣為代價，從附近地區調集一切可用的軍隊。同時向清廷發出十萬火急的求援奏疏。

“自海逆於京口得志後，賊勢大盛，於十三日，已溯江逼近江寧。時因城大兵分，力薄難支，懇請速從京師調遣大兵前來，方可恢復，大江兩岸城池亦不致失守。”

“賊兵水陸二十餘萬、戰船兩千餘艘。猖獗之勢更勝鄭逆。現攻下鎮江、太平、寧國等府，浦口、*、丹塗（當作丹徒）等州，欲攻圍南都。危如壘卵，乞發大兵南下救援撲滅，免致燎原焰天”。

郎廷佐的奏疏或有誇大之嫌，但此次明軍進攻南京的兵力和氣勢確實強大，使其惶恐難安，以致在奏疏中發出窘迫之語