徐端的父親徐振甲在江蘇清江縣任知縣時，徐端就隨父一同住在多災多難的清江縣城。清江縣城位於黃河、淮河和大河三河交界的地方。因為地處水陸交通要地，大清朝自入關平定中原以來，就在這裡佈設了糧道、鹽道，連線南北大運河漕運的船隻，無不都要這裡打尖、上稅。清江縣城也由此而逐漸繁華。但是，三河交界的好地勢也同樣有不利的一面。那就是，只要其中一條河水猛漲都會危及清江縣的安危。從徐端記事時起，這富庶的縣城並不曾顯示出多少繁華的景象。治河幾乎成了徐振甲的頭等大事。久而久之，耳濡目染，徐端對治河倒有一番精到的見解。尤為重要的是，他從父親身上繼承了廉潔奉公的品德、事必務實的風格。日後以舉人的身份被放任為通判一職，有幸隨大學士阿桂東奔西走，甚是器重，留任河東總河。嘉慶三年，任為山東沂州漕道，是年睢州境內的河水