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至於國子監，並沒有太大的權利，他最主要的任務，依然是興辦學校，教導學生。但呂布交給他們一項任務，那就是採各家之長，即使是商家也包括在內，創造出一門新地學派，以此作為國之根本，統一思想，實現思想上的大一統。他這個想法，沒有受到太大的阻礙。在很早以前，他就和儒家、道家、法家、陰陽、縱橫、兵家、商家等各個學派的代表進行了一次長談，指出他山之石，可以攻玉，各個學派都有自身的不足，需要取長補短，因此他要採眾家之長，教導國人。當然不是所有的人都同意這種意見，但呂布顯然不是一個仁慈地君主，當年他作為一個諸侯，就敢廢除儒家獨尊的地位，現在他富有四海，還有什麼不敢幹的？不過若採眾家之長，開闢新的學派，也是一件青史留名的大事，在大刀加胡蘿蔔的手段下，他們紛紛應承下來。

在說服那些學士之後，呂布進一步完善科舉制度，在試卷的要求上，變得異常嚴格，必須取有治世之才之人，若想憑藉讀死書而金榜提名的，無異於白日做夢。這對吏部來說，如何把關成了重中之重，這是一個不小的挑戰。他藉助科舉取士之便利，進一步削弱了徵辟和舉薦人才的作用，間接打擊了門閥、世族地地位。

國子監地主管由德高望重的龐德公擔任，其他一些名士擔任副手。

刑部地主管依然是陳宮，在呂布手下的臣子中，對刑律的研究，似乎沒有誰能超過他。按照呂布的指示，他在幾年前就做了準備，準備了大量精通的刑律人才。呂布將刑法徹底分離出來，不再由地方官員繼續擔任。全國上下的案件，統一由刑部管理。因為準備充分，並沒有引起太大的反彈。這項措施雖然加大了朝廷的開銷，但也削弱了地方官員的權利，保證了百姓的利益。

在軍事方面，呂布進行了一系列人事任命，張遼等將領紛紛升職，但還沒有達到一等徵將軍的程度，更不要說七等將軍以上的大將軍和元帥兩個職位了。呂布這樣做的目的，為的是吊眾將的胃口，鼓勵他們進一步建功立業。

呂布將兵部徹底拆分開來，設立統帥部、參謀部、作戰部、後勤部、軍情部和軍工部六大部門。

為了保證部隊的戰鬥力，呂布將部隊分為陸軍部、海軍部和炮兵部等多個部門，但大秦現階段的實力而言，陸軍還是當之無愧的主力。所以呂布又在軍部中設立海軍總監和海軍大臣，陸軍總監、陸軍大臣、騎兵總監、步兵總監以及炮兵總監等一系列職務，分化將領權利，其品級與各部首腦相平，由高階將領或精通武事的高階文官擔任。這些人平日裡呆在統帥部裡，總攬全域性，為自己的手下爭奪財政預算和軍械。

參謀部主管研究戰略，中、高階將領主要的活動場所就是這裡，他們只有研究戰略的權利，卻沒有施展戰術和帶兵的權利。當然，他們一旦有什麼新的戰術設想，完全可以提出。同時，參謀部統帥部還掌管著低階軍官的任命。因此，參謀部又稱為帝國總參謀部，和統帥部一起，稱之為軍隊的大腦。

作戰部則是那些中、低階軍官的活動場所，他們平日裡練兵，或到這裡接受培訓，學習新的戰術，瞭解新的武器，他們是軍隊的四肢，小規模的軍事行動，他們將最先出動。

後勤部的作用在軍隊中不言而喻。他負擔著軍隊的血線。無論是兵器盔甲，還是軍餉糧秣，都離不開後勤部的調撥，可以說，後勤部掐著整個部隊的命脈。

軍情部的作用更大，他和呂布手下另一隻情報部隊——鼯鼠齊名，都是但任情報蒐集工作。只不過沒有鼯鼠部隊的覆蓋面那麼廣，他們只蒐集軍事情報，以保證瞭解敵人的情況。

軍工部是五大部門中，最特殊的一個部門，他們的作用同樣不小，如同人體五臟六腑一樣，離開哪個都不成。他控制著幾乎所有的軍工部門，負責向總參部提供部隊所需要的裝備，同時和科研部相聯絡，進一步改進武器裝備，提高武器質量，以武裝部隊。

藉助改革的機會，呂布整編了全國的部隊，裁撤了全部的地方部隊和一大批士兵。國家已經很安定了，眼下需要的是休養生息，根本沒有必要保留那麼多部隊。到最後，他只下令保留了五十萬精銳陸軍和十萬水軍，他手下的現役部隊，都是百戰雄師。

至於監察機構，則是獨立的部門，他們有權舉報任何官員的違法行為，在證據確鑿的情況下，他們可以對官員進行調查，一旦成立，則移交刑部，由刑部審理。同時，呂布還給了他們一個巨大的權利，那就是監督君主，以規範君主的行為。