司令今和泉喜海軍大佐指揮，由“伊19”號、“伊21”號和“伊23”號3艘潛艇組成，在編隊航線前方航行，擔負偵察警戒。

中途島破襲部隊，由第七驅逐艦大隊司令小西要人海軍大佐指揮，由“潮”號、“漣”號2艘驅逐艦和“尻矢”號補給艦組成，任務是炮擊中途島牽制美軍。

補給部隊，由“極地”丸、“極東”丸、“健洋”丸、“國洋”丸、“神國”丸、“東邦”丸、“東榮”丸和“曰本”丸等7艘油船組成，負責為編隊進行海上加油。

先遣編隊由第六艦隊司令清水光美海軍中將指揮，先於突擊編隊出發，下轄六支部隊：

第一潛艇部隊，由第一潛艇戰隊司令佐藤勉海軍少將指揮，下轄“伊9”號、“伊15”號、“伊17”號、和“伊25”號4艘潛艇，在瓦胡島東北展開，攻擊美軍可能出動反擊的艦艇。

第二潛艇部隊，由第二潛艇戰隊司令山崎重暉海軍少將指揮，下轄“伊1”號、“伊2”號、“伊3”號、“伊4”號、“伊5”號、“伊6”號和“伊7”號7艘潛艇，在瓦胡島與考愛島、莫洛凱島之間的考愛海峽、卡伊威海峽展開，監視並伺機攻擊美軍。

第三潛艇部隊，由第三潛艇戰隊司令三輪茂義海軍少將指揮，下轄“伊8”號、“伊68”號、“伊69”號、“伊70”號、“伊71”號、“伊72”號、“伊73�