保持武器，受命維護交通，而中共軍隊倒要退出交通線，按諸情理，寧可謂乎？”王若飛也提出：“在現在的情況下，解放區問題未得解決，受降區沒有重劃以前，在我們看來，中央軍之進軍，即為進攻，而我方之破壞交通，以阻止中央軍之進兵，乃為當然之事。故此問題很簡單，交通應恢復，但必須於和平狀態之下，始能恢復。若中央必欲武裝佔領交通線，而將我方驅出於交通線之外，那便是戰爭。”

周恩來又補充說：“恢復交通之目的在避兔內戰，而避免內戰之惟一途徑即是停止進兵。”

在這種情況下，國民黨代表只得表示，同意停止進佔，但不同意停止進兵。他們還要求周、王提出恢復交通，避免衝突問題提出書面提案。

周恩來答應，此事須待請示延安後再作答覆。

商談中遇到的第二個問題是關於重劃受降區問題。

日本投降後，蔣介石即下令將全國劃分為14個受降區，卻一個不給已有超過百萬兵力的中共抗日武裝，太不公平，中國共產黨當然不會答應。所以中共中央一直強烈要求重新劃分受降區。只有公正、公平地重劃受降區域，才能消除內戰。毛澤東在重慶談判期間，也多次提出過這一要求，但蔣介石方面就是不答應。《雙十協定》第12條對這一問題寫得也很含糊。協定記載：關於受降問題，中共方面提出：重劃受降地區，參加受降工作；政府方面表示，在已接受中央命令之後，自可考慮。

這樣的措詞，實際上沒有解決任何問題。國民黨也根本不給中共以參加受降工作的權利。於是，在《雙十協定》之後的商談中，周恩來、王若飛不能不再次提出要求。而國民黨對此除再度拒絕外，根本不願再談。其結果是關於中共參加受降問題的商談沒有絲毫進展。

第三個問題是承認解放區。該問題難度較前更大，解決的希望更加渺茫。

還在毛澤東等赴重慶會談期間，是否承認解放區或解放區地方政府問題，就是國共雙方爭執的焦點之一。最後討論情況寫進了《雙十協定》，但問題並未解決。《雙十協定》第10條寫道：“關於解放區地方政府問題，中共方面提出，政府應承認解放區各級民選政府的合法地位；政府方面表示：解放區名詞在日本無條件投降以後，應成為過去，全國政令必須統一。”

接下去，就是一大段記述，敘述了中共方面就此問題的方案和蔣方的答覆。中共先後提出了四種解決方案，但國民黨方面答覆僅一句話：這些方案有礙於中央政令的統一，故不能同意。

談來談去，雙方惟一達成的協議之點，是同意繼續商談下去。

在10月22日的商談中，中共曾多次強烈地要求國民黨政府承認解放區的民主政權。王若飛說：關於解放區問題，我主張現在解放區的村、鄉、縣行政區，各級政府機構人員皆由民選產生，報中央政府和地方政府承認加委。各邊區政府（包括冀、熱、察、魯四省）維持現狀，俟憲政實施後，再行依法改選。

與以前的方案相比，中共又作了很大的讓步，暫時放棄了對承認邊區和省一級政府的要求，提出先解決縣以下民選政府的加委。對於此點，原重慶最高階別談判中國民黨方面曾表示可以考慮的，但是，這次商談時，連這一點也收回了允諾，並拒絕了中共的方案，由此堵死了就解放區問題進行繼續商談的大門，這是蔣介石的一個陰謀。對此，周恩來和王若飛費盡口舌，據理力爭，但國民黨方面則死不鬆口。後來，周恩來在延安對這次談判作了回顧，他指出：“毛澤東同志回來後，我與若飛同志還同國民黨談了一個來月。我們用各種方法想使他們承認，但他們還是不承認，中心就是他們不願中國人民得到一個民主的根據地。中國這樣大的國家，革命不可能是平衡前進，中國的革命就是這樣的走出來，起起伏伏，一個陣地一個陣地發展。所以對中國人民來說，根據地什麼都重要。武裝固然重要，但武裝畢竟是保持根據地的工具，武裝脫離了根據地就無法生存。”蔣看清了這點，他也特別懂得這個問題的重要性，因此，他無論如何不承認。“

關於解放區問題，實際上成為了國共談判中一個最為要害的問題。這不僅是導致兩次重慶談判流產的主要問題，也是導致國共兩黨最終破裂的基本因素。

為開啟商談的僵局，10月26日，中共代表草擬了一個書面提案。這個提案指出：（一）為堅決避免內戰，迅速恢復交通起見，應停止進兵。進攻、進佔；停止利用敵偽；在八條鐵路線（平綏、同蒲、正太、平漢北段、渤海東段、津浦、膠濟、北寧