編要有一個過程，最後解決需要拖一段時間。2　月8　日，中共中央指示周恩來轉告馬歇爾，現在只能決定第一期整編計劃，第二期整編計劃待第一期整編完成後再作決定。

中共中央的上述指示由於與周恩來的考慮有所不同，作為周恩來這位首席談判代表，他既不能漠視中共中央的命令，亦無法完全拒絕馬歇爾的方案。因為相對張治中所提之不分程度和級別的混編辦法而言，馬歇爾的方案還算是公平，且對中共也無大礙。若一口回絕馬歇爾的方案，則有使馬歇爾倒向張治中一邊的可能，這顯然會使中共在談判中處於不利境地。在進退兩難之時，周恩來巧妙地作了變通處理。在2　月11日舉行的三人小組預備會議上，他以個人名義表示同意馬歇爾所提之統編辦法，同時也表示，由於種種原因，他不能贊成馬歇爾在這次會談中提出的整編開始三四個月後即進行混編的辦法。與此同時，周恩來又於2　月11日再次致電延安，建議中共中央接受馬歇爾所提之辦法，以推動談判程序。他認為如此做有兩個好處，一是試驗，不吃虧的話，可以繼續統編；若有被吞併或形同吞併之跡象，則可以此為藉口拒絕統編。這樣，其曲在彼而不在我，有利於揭露國民黨消滅我軍之陰謀，有利於贏得輿論之同情。

中共中央在經過認真研究後，於2　月1　日覆電周恩來，表示原則上同意馬歇爾所提之統編辦法，但同時也強調這隻能在整編第二階段進行。次日，周恩來向馬歇爾轉述中共中央的意見，並說明其原因是：“（一）政府軍縮編至90個師需要相當時間，我方要裁減100　萬人也需要時間；（二）教育問題也不簡單，需要統一教育才能使統編事做得好，因此需要在第一階段有充分的準備。”

儘管中共中央作了讓步，但國民黨卻得寸進尺。2　月15日、16日的三人小組會議上，張治中提出了一個辦法，即：國共軍隊整編為60個師之後，即應完成混編，即只有一支國家軍隊，而不應再有國軍與共軍之分。這實際上是想把中共軍隊“混一”到國民黨軍隊中去，取消中共軍隊。對此，中共方面當然不會同意。而馬歇爾雖表示可在整編開始6　個月後再進行統編，但仍主張在整編的第一階段（即頭12個月內）就統編國共軍隊。

周恩來在會談中首先駁斥了張治中之所謂的“混編”意見，明確表示反對使用“混編”一詞。他說，政協決議中只規定第一期整編時應有一定數量的政府軍，說中共軍隊應當整編；而對第二期整軍也只使用了“統編”這個概念，因此，與“軍隊混編”相比，我們寧願使用“統編軍”這個詞，否則容易造成誤解。這從表面上看似乎僅僅是名詞的轉換，但實際上從根本上否定了張治中之所謂的“混編”主張。因為這兩個詞的含義大相徑庭，“統編”可以理解為統一編制，並不等於把國共軍隊混合，而“混編”的含義則是不分程度和級別的混合編組國共軍隊。幾經爭論之後，三人小組最終敲定，在整軍協議中使用“統編”一詞。

隨後，針對馬歇爾所提之整軍進行6　個月後即開始統編國共軍隊的主張，周恩來在會談中再次重申了分階段逐步完成統編的意見。他說，在整軍的第一階段即頭12個月內，國共軍隊應各自完成復員整編的任務，而國共軍隊之統編應在此後的第二階段進行。理由是國共兩黨的軍隊在經歷了18年的敵對之後，要統一在一個旗幟下並非易事，急於求成將會遇到難以克服的困難，而且，中共軍隊缺乏正規訓練，需要準備一段時間，方能達到正規化的標準。

周恩來的發言有理有據，給馬歇爾留下了“非常深的印象”。他說：“我必須承認，今天我對統編中涉及的困難比兩個月前有了更深的印象。我想，關於中共軍整編和訓練的種種困難，關於使他們獲得與已經裝備齊整、訓練有素的政府軍的師有相同裝備的問題，我承認比我在此已經談到的還要多。”

馬歇爾雖然沒有理由反對周恩來所提出的分階段逐步統編的建議，但他決不同意無限期地拖延統編的時間。在2　月16日舉行的三人小組會議上，他又提出一個折衷方案：整編開始6　個月以後，先以軍為單位混編，從第7　個月開始，每月編成1　個集團軍，每個集團軍由國共各1　個軍組成，共編組4　個集團軍，駐紮於華北地區；從整編開始後的第13個月起，再以師為單位混合編組。至於中共軍隊的正規化訓練問題，馬歇爾表示，美軍可在解放區選定地點，舉辦軍事訓練學校，培訓中共軍隊的下級軍官，以避免影響統編的進度。

由於軍隊問題事關重大，周恩來對馬歇爾新提之統編方案未作明確