德國洽商，授其以資源委員會的代表資格赴德全權談判。他代表了中國，爭得了一些合理的利益。不久，他移廠重慶後，又正式擔任了資源委員會委員、全國經濟委員會委員、經濟計劃委員會委員，也做過參議員。但他對這些頭銜向不為意，只是由於有了這一串“委員”，可有利於發展他的事業，他才掛起它們而未推掉。那官味十足的“參議”，他卻是百般推不掉也唯有得避且避而已。由於開發新疆，開創天山化工廠，他受到了“國府的嘉獎，“國府”的經濟部長翁文灝還親自將一枚“景星”勳章掛在了他的胸前。接著，由國民黨要員親自出面，雙手為他送上了“黨證”。他卻從不佩帶那枚“景星”——令人目眩的勳章。更不以國民黨員自居，要高人一頭。他只是用黨證嚇唬過特務，並以此當面向蔣介石提出不要再叫特務跟蹤於他。一九四八年十二月，蔣介石“引退”之前，曾親自召見了他。蔣介石被急轉直下的形勢逼得除大罵“娘希匹”之外，已無法可想，卻將希望轉向一些社會聲望很高的人身上，希望透過這些人出面與共產黨談判，保住他“江南半壁河山”，至少可以緩一口氣。吳蘊初便是被選中的這種人之一。蔣介石對吳蘊初一向客氣，他雖然不能像對劉鴻生那樣稱呼“阿拉寧波人”，可對吳蘊初卻可以說“阿拉江浙人”，幾度接見或宴請吳蘊初，都表現得很是客氣，此番又有所借重，自是客氣非常。甚至就時局向吳蘊初“討教”，並說：

“我決定請你出任國民政府的經濟部長，並參加和平代表團，去與中共談判，我也知道，你是認識毛澤東、周恩來那些人的！”

做經濟部長，好大的官！可絕非吳蘊初所望，就算在正常局勢下，他也不願當官。因為他自知他不是適於做官的人，他已具備了振興實業、強國強民的相當條件，憑此實現自己的人生理想，才是他的人生所需。何況如今又是這種局勢？誰勝誰敗，在他都無大關係，只要能振興實業就好。眼見得是國民黨腐朽不堪，共產黨深得人心，他也不要介入這種談判之中。因此他並沒有如蔣介石預期的那樣，驟得如此高官，受寵若驚；也沒有什麼失態的舉動。因為他的內心是平靜的，所以臉上也是平靜的，聽畢蔣介石的話，只是淡淡而誠懇地以“力不勝任”相推辭，蔣介石也只好以“希望再行慎重考慮”為結。

他也認識毛澤東，與周恩來有過交往，但出於他一心撲實地放在化工企業上，“無暇他顧”的原因，並沒有更多的交往。

抗戰以後，周恩來做為共產黨的代表即駐在重慶，併兼領導南方局，住在曾家巖五十號，被人們稱做“周公館”的簡陋房子裡，名聲卻越來越響亮。吳蘊初初時一心撲在實業上，雖耳聞周恩來是個非凡的人物，可並無心去仔細過問，直到一九三八年秋後他才聽一些在“特園”民主之家受到過周恩來接待的民族企業家一再向他誇讚，才引起足夠的注意的。由於他在貿易界的一些頭銜能很便利地見到周恩來，不似別人那麼特別小心。在數次交往後，他對周恩來的博大胸懷，非凡的才能與見解，無不深為佩服。後來，國民黨嚴格地監控起來，以吳蘊初的素性，有了這種麻煩，他必不肯因為個人印象與交情而費心費時影響他的事業再與之交往，可他對周恩來不同，仍是設法保持往來。抗戰勝利後，他更見到了毛澤東。

一九四五年八月十五日，日寇無條件投降，蔣介石一方面積極設法甚至不惜電令大戰犯、日寇侵華總司令同村寧茨就地等待國軍接收，抵抗八路軍與新四軍的所謂“進犯”；另一方面卻做出和平態勢電邀毛澤東“共商國是”，八月二十日再度電邀毛澤東到重慶進行和平談判。毛澤東於八月二十八日率周恩來、王若飛等中共代表與前往延安迎接的張治中將軍、赫爾利大使同機飛到重慶。

為增進與各界人士的相互瞭解，毛澤東於談判期間舉行了數次座談與會見，工商界自也在邀請之列。為使被邀的人士無後顧之憂，就決定由中共與一實業界名望高的人共同具名邀請。由中共幹部、與實業界有聯絡的鬍子嬰、羅叔章物色人選。在找了兩位遭拒後，胡、羅二人便透過吳夫人戴懿提出了請吳蘊初出面這一要求。吳蘊初與夫人認真商討之後，當即打電話給羅叔章，相約在天原電化廠所在地貓兒石一見。吳蘊初在與羅、胡二人議定後，便與王若飛聯名發出邀請。

九月十七日下午，應邀而至的遷川工廠聯合會、全國工業學會及西南實業學會三個團體的代表：劉鴻生、潘昌猷、胡西園、章乃器、範旭東等人，來到了張治中將軍的公館——上清寺的和桂園。在會客室裡受到了毛澤東的接見。

毛澤東講完話後，吳