溫帶兵入京，對褚太后說，因為皇帝有痿疾，要廢掉皇帝。

太后大驚：“不會吧，那為什麼有田氏和孟氏為皇帝生有三男？”

桓溫假裝吃驚道：“您沒聽說麼？現在朝野都知道，這三個孩子是皇上的寵臣相龍、計好、朱靈寶等所生。此三臣經常和皇上在一起，甚至夜不出宮，這事很有可能。”

太后被桓溫也給弄懵了，遂道：“那就憑你處置吧。”

桓溫從太后那裡誆到了太后懿旨，遂廢司馬奕為東海王，另立相王司馬昱為帝。朝中百官並非沒有反對的，但桓溫帶兵入朝，殺氣騰騰，哪個敢說半個不字。桓溫廢掉司馬奕後，把田氏、孟氏及其所生的三子殺掉，相龍、計好、朱靈寶也被滿門抄斬。司馬奕被強迫離開都城，遷到吳縣西柴里居住。司馬奕害怕桓溫暗害自己，竟然不敢讓自己的妻妾懷孕，每日只是飲酒睡覺，忍辱求生。

桓溫廢立晉君之後，回到姑孰，把郗超留在京中把持內政。司馬昱被推上皇位後的第二年即病亡，年五十二歲。司馬昱臨終遺詔稱：“大司馬桓溫依周公居攝政事。少子可輔者輔之，如不可，君自取之。”意思是由桓溫來控制朝政，如果桓溫願意，也可以取而代之當皇帝。

司馬昱之所以下這樣的詔書，是怕桓溫將來篡位加害自己的子孫，乾脆從法律的形勢上確定桓溫當皇帝的合法性，這樣桓溫也就用不著加害他們了。但侍中王坦之堅決反對，甚至把司馬昱的遺詔撕得粉碎。

司馬昱嘆口氣道：“天下，本是我祖無意中得來的，你又何必阻止呢？”

王坦之反駁道：“天下是宣帝、元帝的天下，皇上您又憑什麼讓給他人呢？”

在王坦之的堅決要求下，司馬昱又改遺詔為：“家國事一稟大司馬，如諸葛武侯、王丞相故事。”就是說只給予桓溫相當於三國諸葛亮一樣的權力。桓溫並沒有擅斷朝政的權力。

司馬昱死後，朝臣不敢立新皇，要去向桓溫請示。謝安、王彪之、王坦之堅決按照司馬昱的遺詔，擁太子司馬曜即皇帝位。

郗超憑自己在朝中的力量沒辦法阻止三人立新君，於是跑到桓溫那裡告狀說：“本來司馬昱並無此遺詔，您可以趁此機會控制朝政，甚至得到皇位。但這樣的好事全讓謝安、王彪之和王坦之給攪黃了。”

桓溫也非常失望，聽了郗超的話，立刻以覲見新帝的名義，帶大軍去京城。大軍到了京城南十二里地的新亭，然後請謝安和王坦之出城來見，並埋下伏兵，打算一言不合，便把二人殺掉，然後帶兵入京，強行奪權。

謝安、王坦之是司馬昱遺詔中三位顧命大臣中的兩個，如果除掉此二人，或者把此二人爭取過來，桓溫便可在朝中為所欲為。太后及百官包括王坦之都很害怕，只有謝安道：“晉朝的存亡，在此一行。”

謝安和王坦之到了新亭，只見桓溫大軍兵營整肅，殺氣騰騰，隨行人都嚇得臉色蒼白，就連王坦之也很緊張，連手版都拿反了。只有謝安談笑風生，神情輕逸。與桓溫相見之後，謝安笑道：“我聽說如果諸侯有道，則四鄰都是可以幫你防守的朋友，你又何必在牆後面藏這麼多士兵呢？”

桓溫十分尷尬，立刻撤去所有伏兵。謝安先把桓溫大大地吹捧了一頓，稱：“別說是武侯諸葛亮、丞相王導，就是歷史上的伊尹、周公在世，也比不上您啊。”幾句話拍得桓溫很是舒服，然後兩個人就司馬昱的諡號、廟號，祭拜陵寢的日期等事進行了商量。

桓溫遂和氣地進入建康，處理司馬昱的喪事，扶立新君。桓溫忽生大病，一連十數日臥床難起，病好後，卻不離開京城，而且向謝安和王坦之提出一個要求：要九錫之禮。

九錫是九種禮器，是天子賜給諸侯、大臣有殊勳者的九種器用之物，是最高禮遇的表示。在桓溫以前的封建王朝中，只有王莽、曹操、司馬昭和孫權接受過九錫禮，其中王莽、曹操和司馬昭篡位，孫權也稱了皇帝。於是，加九錫成為權臣建立威信，當皇帝的鋪路石。

謝安當即道：“憑您的功勞別說是受封九錫了，就是禪受皇位也未嘗不可！您只管回去，這事包在我的身上。”

桓溫很高興，帶著軍隊離開建康回去了，王坦之則很生氣，責問謝安道：“九錫是異常之禮，一旦相加，則晉室危矣。你怎麼會輕易許諾？”

謝安笑道：“我如果不許給他，他怎肯便離京城？我跟你說實話吧，我略懂醫道，看桓溫病情沉重，這幾天的精神頭是迴光返照。也就是說他活不了幾天啦。不知道他能不能等到加九錫之禮的時候呢。”