而就是這位對火器頗有研究的孫元化，竟接收了皮島的叛將孔有德、耿仲明，並委以重任。孔有德被任命為騎兵參將，耿仲明則被派往登州要塞。

大淩河被圍後，同屬孫承宗指揮的登萊巡撫孫元化，急令遊擊孔有德趕赴前線增援。孔有德奉命北上，抵達吳橋時，因遇雨雪，部隊給養供不上，士兵開始搶劫。在另一位與孔有德有相同經歷的毛文龍舊部李九成地煽動之下，孔有德正式叛亂，隨即殺回山東半島。

孔有德還兵大掠，先後攻陷陵縣、臨邑、商河，接著又殺入齊東，包圍德平，不久又舍德平而去，攻陷青城、新城，向半島殺去。

山東巡撫餘大成、登萊巡撫孫元化聞變，非常緊張，立即派兵來魯北應變。當時兩人都不願把事情鬧大，力主安撫孔有德，並令沿途州縣，不得出兵邀擊，以免激化矛盾。孔有德將計就計，假裝投降，迷惑孫元化，而實際上卻率兵直趨登州。由於沿途州縣不敢出兵攔截，讓出通道，孔有德便順利殺到登州城下。

孫元化急令部將張燾率遼兵守登州城外，總兵官張可大也發南兵抗擊。兩路成合擊之勢。張進兵稍勝，卻下令退兵，張可大失去策應，被孔有德殺得大敗。形勢陡然緊張起來。

張燾的兵卒，多是遼東籍，與孔有德部關係不錯。他們見此情形，紛紛投入孔有德的叛軍行列。孔有德便令這些降卒再混入登州城中，作為內應。而孫元化不察敵情，不聽勸告，同意這些早已從叛的散卒進城。

與孔有德是舊交地登州中軍耿仲明，及都司陳光福等，立即策應，舉火開門，讓叛軍從東門攻入登州城，登州便告失陷。

孫元化是南直隸嘉定人，山東巡撫餘大成是南直隸江寧人，總兵官張可大是南京羽林衛軍籍。這三位南直隸人。在這場兵變中。根本不是山東、遼東人的對手，被孔有德等騙得團團轉。

登州淪陷後，孫元化自殺未成。與同城命官一起被俘。只有總兵張可大在斬殺其

後，在其官署上吊自殺。

孔有德令孫元化致書餘大成，要求和談。餘大成見事已鬧大，便上疏朝廷。崇禎大怒，撤掉了餘大成、孫元化兩人之職。孔有德見孫元化已無利用價值，念其舊日收留之情。放其出城，放了他一馬。可是崇禎帝卻不會放過他。他與餘大成兩人被逮到京師，最後餘大成被充軍，孫元化被斬首棄市。

“現在山東局勢如何？”朱斌並不顯得慌張，不緊不慢地問道。

“回巡撫大人話，孔有德佔據登州後，推李九成為首領，自己居第二位。耿仲明居第三。除此之外，尚有一些將領，如李應元、陳有時、毛承祿、陳光福等皆為官，反賊刻印建官。招海盜流寇，四出焚掠。弄得山東以至遼東前線都人心不定……”

“一些海盜亂民成得了什麼氣候。”朱斌微微笑了一下，忽然大聲說道：

“黃飆、鄭天瑞、劉風、李天齊、魏重義、龍閣、李德

—

“末將在！”

“你等點齊兵馬，明日隨本撫出征，水路並進，一舉而平定叛賊！郭飛、黎風等人留守江南，接應糧草！”

“遵命！”

大淩河之敗地這一口氣早把朱斌憋壞了，他現在就等著孔有德等人謀反，好把這口氣撒到他們地身上。而最為重要地，未來一旦孔有德等人投了後金，將極大地增強後金的火炮技術的突飛猛進，為日後地大明朝廷，埋設下一枚可怕的炸彈……

第二日，一萬七千名官兵，八十門各類火炮，三十七戰船，由浙江巡撫、肅虜將軍、武英伯朱斌親自率領，浩浩蕩蕩向山東境內開拔。

誰想到，才走出不到兩日，朝廷又來急報，命朱斌所引之軍，於原地扎住營盤，不得朝廷命令，不得前行。

原來，不知出於什麼考慮，崇禎帝居然下令以徐從治為山東巡撫、謝璉為登萊巡撫，由此二人負責平叛。朱斌大惑不解，遂寫信問計於杭州的黎風。

未幾天，杭州方面送來黎風急信，上面寫得非常簡單：

“大人不贊成構築大凌城，聖上一意贊成，終致大淩河之敗。難道大人比聖上還要英明嗎？大人自為官以來，屢立戰功，朝廷又多樹政敵，在此時候，焉能不眼讒言？大人儘管在原地駐紮，屬下以為，官兵此去必不能勝，早晚要復啟用大人。

為消聖上疑心，一旦朝廷再次命大人平叛，大人可不急著進軍，當先問計於聖上，用何等方式行軍平叛，如此，平叛之功不為大人所有，乃是當今聖上親自指揮……”

朱斌苦笑