騰蛟、左良玉等人均上疏力挺這位“假太子”。後來，史可法從前往北京的南明使臣左懋第處知道真太子在北京，非常後悔，曾致書馬士英承認過錯。左良玉弄權跋扈大將，他反而以擁護“太子”的名義起兵窩裡反，發大兵向南京進攻。

所以說，當時南北兩個“太子”，北京的是真，南京的是假。如此明白案件，至今仍有不少學者喋喋不休吵個不停。其實，早在上世紀早期，學者孟森已經列出詳實歷史檔案對此有了定論，但由於孟教授以古漢語筆法寫出，今人基礎不厚，又不鑽研，故而仍舊爭來爭去，實為荒謬至極。

滿清對待明朝宗室，表面加以恩禮，其實養起來的卻是疏遠小宗，明皇近親直系，屠戮無遺。究其機心，險苛深遠。自然，他們對崇禎公主等女性親屬毫不為意。長平公主知道哥哥被殺後，憤然出京，但清廷強迫她出嫁，不久這位公主抑鬱而死（金庸把她變成女大俠，完全瞎掰）。

清朝初建的幾十年間，打著“朱三太子”旗號起兵的有好幾起，最有名的當屬康熙時吳三桂起兵後那個以“朱三太子”起兵的“天地會”首領楊起隆。康熙十八年，湖南抓到了一個和尚朱慈燦，這位確是崇禎帝另外一個兒子，他從北京逃出時年僅十二，多年流落，倖免於難。康熙帝把他與楊起隆列為同宗，誣之為假，藉口是北京城陷時朱慈燦年少，不可能逃脫，於是以“偽皇子”名義處死。

這還不算，康熙四十七年（1708年），清廷又找到了崇禎帝惟一倖存的兒子朱慈煥。明亡六十年後，康熙帝十分陰狠地以“偽皇子”名目誅殺了此人。多爾袞時代，殺崇禎真太子，用心尚或可諒，當時南明未下，全國未定，明太子活著是個大隱患。但康熙後期，太平盛世，滿清坐穩帝座，康熙出此毒手，真是至陰至毒之心，無非是對前明皇族斬草除根。

這件事情，案件當事人李方遠在自己筆記《張先生傳》中記得清清楚楚。康熙二十二年，李方遠在一家路姓大戶家中首次見到“張先生”，其人“丰標秀整，議論風生”，是個侃侃能言的美男子，自稱姓張，號潛齋，在浙中大戶張家為西賓（教師）。於是，二人交往密切，詩詞往來，半年多內頓成密友。後來，“張先生”南行，二人拜別，二十多年沒有通問訊息。康熙四十五年，做過縣令並已經解任家居的李方遠又見到找上門來的“張先生”，要求謀求一教職養家餬口。老友相見，分外親切，兩人立刻歡飲暢敘。此後，“張先生”同時在不遠的張岱霖家和李方遠家教子弟讀書。

康熙四十七年陰曆四月初三，李方遠正與“張先生”下棋，清朝地方官府忽然闖進一批捕快，把二人一起抓起審問。李方遠本人做過清朝饒陽縣縣官，確實不知自己犯了何罪。審至“張先生”，此人馬上“坦白交待”：“我乃先朝皇子定王朱慈煥。崇禎十七年流賊破北京，先帝（崇禎）把我交給王內官。城破後，王內官把我交與闖賊領賞。不久，吳三桂與清兵殺敗流賊，我被賊軍中一姓毛的將軍帶往河南。他棄馬買牛，種田過活。不久，由於大清捕查流賊很緊，毛將軍棄我而逃。當時我十三歲，自己就往南走。行至鳳陽，遇見一王姓老鄉紳，知我是先朝皇子，就收留我在家，遂改姓‘王’。過了幾年，王先生病故，我就找寺廟出家。後來我雲遊至浙江，在古剎中遇見一位姓胡的餘姚人，他歎賞我的才學，就把我請回家中，讓我還俗，並把女兒嫁給我。後來，我又改姓張，以逃禍患。”

清朝主審的欽差和兩江總督等多名高官在場，問：“現在江南有兩處叛逆造反案，皆稱扶立你為君，恢復明朝，你知罪嗎？”

朱慈煥表示：“大清於明朝，有三大恩：第一，誅滅流賊，為我朱家復仇；第二，善保明朝宗室，從不殺害（此非實情）；第三，當今聖上親自祭奠我家祖宗（朱元璋），命人掃墓。有此三大恩，我怎能造反呢。況且，我今年已經七十五歲，血氣已衰，鬚髮皆白，我不在三藩作亂時造反，而在如今太平盛世造反，於理於情說不通。況且，如果造反，一定會佔據城池，積蓄屯糧，招買軍馬，打造盔甲，而我並無做一件類似事情。還有，我曾在山東教書度日，那裡距京師很近，如果我有反心，怎敢呆在那裡？”

清朝官員馬上押解生俘的大嵐山造反首領，讓他認人。這位造反的首領看了半天，表示說：“我不認得此人，只是想假借朱氏皇子名義來鼓動百姓。”

審了多日，一層一層把案件呈上去，最終刑部接康熙硃筆御批：“朱某雖無謀反之事，未嘗無謀反之心，滿門處斬！其本人假冒前明皇子，判凌遲。”至於與“張先生”老早相識的李方遠