正式政府，非常總統

孫中山五四運動後捲土重來，是他在廣州另組政府的繼續。他那時的策略仍是，鼓動部份友好軍閥，攻打其它敵對軍閥，然後，揮軍北上，仍望以武取勝，冀期壓倒北京。總之，這是南北同建政府對立；孫認為他是反對假共和。

本來，張勳復辟之際，孫離北京南下。孫曾聲稱「護國」，即是維護「共和」對抗「帝制」；繼而，段祺瑞驅張勳，但拒恢復國會。孫遂改籲「護法」，並說他要推行「真的」*，對抗「假的」。先前孫抵廣州與西南各省的軍閥合組了軍政府，任大元帥意圖北伐，求武力取勝後即重建新共和。但桂系軍閥陸榮廷施計改組了軍政府，因取消大元帥職銜孫遂告辭避居上海。然而，廣州的軍政府繼續，北京的新國會繼續，並聲稱要議和。但孫對南北欲賴議和實現統一的前景毫不樂觀。他自1918年八月離廣州至上海後，一方面閉門寫書，另方面安排再起。他考慮的仍是如何以武取勝，重掌廣州，北伐決勝。他做了兩件事：一是命依然統率粵軍但散處閩粵邊界的陳炯明整頓內部；二是把舊的「中華革命黨」改為「中國國民黨」。那段時候，孫本人的意圖極為明顯，他要加強軍與黨的可靠性，伺機而動，然後再創共和。

回顧歷史，令人驚訝的是，1919年震動中華的五四運動進行期間，孫在上海沒有明顯和有力的參與行動。有些史家解釋，可能五四愛國運動根本上是反對帝國主義，而孫於過去一直依賴外國列強作為避難所。辛亥革命前如此，民國建立後如此。所以，孫為閉門寫書忙碌。

那時期北京的共和政府，實際上仍由段祺瑞操縱。五四運動之後，有關官員罷職，巴黎和議拒籤，但是，總統仍是徐世昌掛名，國會仍由安福系把持。只是，本來由直系馮國璋與皖系段祺瑞共掌權的北京政府，因為馮國璋不久前病死，落入段祺瑞的控制之下。段起用其手下徐樹錚當陸軍總長。直系軍隊已經改由馮的部下曹錕、及曹部將吳佩孚接替統率了。段依然想使用武力統一中國。但因直系吳佩孚不從，段迫徐世昌將吳革職。曹、吳當然不服，聯合奉系對抗，遂發生了「直皖戰爭」。直系舉戈「討逆」，皖系發兵「定國」。雙方都有出戰名堂。事發於1920年7月。交戰五日，皖系面對直系、奉系連手合攻，前後夾擊，迅速大敗。段祺瑞被迫辭職；徐樹錚外逃日本。於是，北京政府改由得勝的直系與奉系聯合帶兵進京把持，並且解散安福國會。總統依舊。戰後，徐世昌任命曹錕與吳佩孚為正、副「直、魯、豫」三省巡閱使。另外，奉系軍閥張作霖本雄據東北，此次進北京，勢力更膨脹，自此開始問鼎中原。

在「直皖戰爭」之前，南方的桂系陸榮廷與直系（曹、吳）曾相約，應允北上浙江，助直系攻皖系。其實陸想借勢出兵先打閩粵地界的陳炯明，旨在擴充他在西南勢力。與此同時，陳炯明亦曾向皖系（段祺瑞）投靠，因而得到皖系軍費資助。所以，當桂系發動進擊時，遂發生了「粵桂戰爭」。

這其實也算是部份南方軍閥地盤之爭。戰爭起於那年8月，桂系陸榮廷以「廣州護法軍政府」名義下達命令，分兵三路進軍圍攻粵軍。中路是桂軍，左路是滇軍，右路是浙軍。此時粵軍由陳炯明等人統率，駐營在閩粵界，原則上仍由孫中山領導，並不聽從廣州軍政府指揮，儼如獨立軍閥。但孫中山避居上海，正如陸榮廷在廣西，均沒直接參加。粵軍亦是分兵三路展開接戰。8月中旬粵軍與桂系前鋒先接觸，桂軍失利。因而竟引發了浙軍按兵不緩，滇軍自動撤退，桂軍就此繼續捱打。然後，粵軍乘勝南下，奪海陸豐各縣。至10月中，有部份廣州護法軍提出議和。於10月底，軍政府主席總裁岑春煊辭職。11月初，陸榮廷等以四總裁名義宣佈廣州護法軍政府解散。桂軍退出廣東，粵軍奪取廣州。戰鬥結束。這一仗雙方曾激戰四個月，是粵軍勝。但陸榮廷等四人同時宣佈向北京政府投降，取消獨立，同意歸附。於是總統徐世昌隨據此對外宣佈中國南北統一。

之前，孫中山在上海曾一再電函陳炯明等作戰。待攻佔廣州後，孫即起程離滬返粵，決計重組政府，以及繼續護法。

孫率身邊要員，如胡漢民、廖仲凱等南下。同行者還有伍廷芳、唐紹儀這兩位原屬廣州軍政府的總裁。他們於1920年11月29日抵廣州。孫等一面以陳炯明出任廣東省長，一面召集流亡國會議員召開會議。陸續到會者共二百二十餘人，勢力範圍，僅廣東省。他們先恢復廣州軍政府，繼而再以三總裁的名義，通電北京政府重開南北議和。但北京徐世昌在安福國會解散後卻另組舊國會