6月28日，發表詩《除夕看花》。

冬，梁思成、劉敦楨等去雲南、四川、陝西、西康等地作古建築考察，林徽因為雲南大學設計女生宿舍。

1940年36歲

初冬，營造學社隨史語所入川，林徽因一家亦遷四川南溪縣李莊鎮上壩村。不久，林徽因肺病復發，從此抱病臥床四年。

1941年37歲

在李莊鎮。

春，三弟恆在對日作戰中身亡。

1942年38歲

在李莊鎮。

春，作詩《一天》。

是年，梁思成接受國立編譯館委託，編寫《中國建築史》，林徽因為寫作《中國建築史》抱病閱讀二十四史，作資料準備。她寫了該書的第七章，五代、宋、遼、金部分，並承擔了全部書稿的校閱和補充工作。

11月4日，費正清、陶孟和從重慶溯江而上，去李莊訪問林徽因、梁思成。

1944年40歲

在李莊鎮。

是年，作詩《十一月的小村》、《憂鬱》、《哭三弟恆》。

是年，費慰梅到李莊訪問林徽因。

1945年41歲

在李莊鎮。

8月，日本侵略者宣佈無條件投降。

是年，梁思成陪林徽因到重慶檢查身體，大夫告訴思成，徽因將不久於人世。

1946年42歲

2月，林徽因在費慰梅陪同下乘機去昆明拜會西南聯大校長梅貽琦，建議清華大學增設建築系，住唐繼堯後山祖居一座花園別墅，與張莫若、錢端升、金嶽霖等舊友重聚。

7月31目，同西南聯大教工由重慶乘機返回北平。為清華大學設計勝因院教師住宅。

10月，梁思成應聘赴美耶魯大學作訪問教授。

11月24日，發表散文《一片陽光》。

是年，作詩《對殘枝》、《對北門街園子》。

1947年43歲

夏，飽經歐戰浸染的蕭乾，由上海來清華園探望林徽因，二人長談七年來各自的經歷。

是年，作詩《給秋天》、《人生》、《展緩》、《病中雜詩。小詩（一）、小詩（二）、寫給我的大姊、惡劣的心緒》。

12月，做腎切除手術。

1948年44歲

2月18日，作詩《我們的雄雞》。

2至5月，發表詩《空虛的薄暮》、《昆明即景》、《年青的歌》、《病中雜詩九首》、《哭三弟恆》。

11月，國民黨當局迫使北平高校南遷。清華園展開反遷校鬥爭，林徽因說：“我們不做中國的‘白俄’。”

是年，大軍攻城前夕，張奚若帶兩名解放軍到林徽因家，請梁、林劃出保護古建築目標，為此深感新政權對他們的信任。

是年，叔林天民故。

1949年45歲

北平解放，林徽因被聘為清華大學建築系一級教授。

2月，為百萬大軍揮師南下，與梁思成等編印《全國重要文物建築簡目》。

春，送女兒再冰參加南下工作團。

7月，政協籌委會決定把國徽設計任務交給清華大學和中央美院。清華大學由林徽因、李宗津、莫宗