岡村寧次以巡迴武官身份赴歐洲，參與組織忠於裕仁（當時為皇太子）的秘密軍人組織。這個組織後來被稱為“天皇黨羽集團”，由一批少壯陸軍軍官組成，其目的是加強日本陸軍現代化，取代守舊的長州藩閥領導，以推進對外擴張政策。核心成員除岡村寧次外，還有他在陸軍士官學校的同期同學永田鐵山、小敏四郎。這三個人後來在日本陸軍中以“三羽鳥”（三傑）著稱。他們還網羅一批下級軍官，以“十一人親信集團”而知名，其主要成員如東條英機、土肥原賢二、板垣徵四郎等，後來都是日本首要法西斯戰犯，成為日本陸軍的中堅和侵略中國的元兇。 1923年，岡村寧次作為參謀本部部員常駐上海。1925年至1927年，在浙江任北洋軍閥孫傳芳的軍事顧問。1927年升為大佐，任第6步兵聯隊的聯隊長。1928年5月，率領日本侵略軍參加佔領濟南的戰爭，大肆燒殺擄掠，是“濟南慘案”的主兇。1929年任陸軍省人事局助理課長。在此前後，日本帝國主義加快了侵略中國的步伐，法西斯團體紛紛出籠。1930年10月，陸軍省和參謀本部少壯派軍官組成推進國家法西斯化為目的的政治團體“櫻會”，岡村亦是該團體重要成員，與法西斯思想家、後來的甲級戰犯大川周明關係十分密切。岡村還是陸軍的法西斯團體“一夕會”的重要成員。 1932年1月28日，日本侵略軍進攻上海。2月，岡村寧次被任命為上海派遣軍副參謀長，指揮對中國的侵略戰爭。同年4月晉升為少將，8月出任關東軍副參謀長兼駐偽滿大使館武官。 1933年3月，日軍佔領熱河後，大舉進攻長城各口。由於蔣介石阻撓抗日，日軍得以直逼平、津。5月31日，岡村代表關東軍同國民黨政府簽訂所謂《塘沽協定》，逼迫國民黨政府承認日本佔有中國東北及熱河，並劃綏東、察北、冀東為日軍自由出入區，為日本進一步侵佔整個華北開啟了大門。 1935年，岡村出任參謀本部第2部部長。次年升為中將，出任第2師團師團長。1937年7月，日本侵略軍發動七七事變，開始全面侵華戰爭。1938年6月，岡村被任命為第11軍司令官，隨即參加進攻武漢的作戰。他率領第6師團、第27師團、第101師團、第106師團和波田支隊，沿長江兩岸西進，於6月12日佔領具有戰略意義的安慶空軍基地，拉開了武漢會戰的序幕。隨後率日軍繼續溯江而上，7月26日佔領九江。由於中國軍隊的抵抗，岡村的部隊受阻，在廬山一帶與中國軍隊打了幾個月的拉鋸戰。日軍一路燒殺，所到之處無不成為廢墟，無數中國人民慘遭殺戮。9月，岡村的部隊在海空軍配合下，先後攻克馬頭鎮、田家鎮等長江兩岸的要塞，突破廬山天險，逼近武漢。10月27日，日軍佔領武漢三鎮。此後中日戰爭進入戰略相持階段。 1941年4月，岡村寧次晉升為大將。7月，出任華北方面軍司令官。在此前後，侵華日軍已將其主力用於進攻中國共產黨領導的廣大敵後抗日根據地。岡村指揮日軍多次對抗日根據地發動大規模“掃蕩”，實行極其殘酷的“三光政策”，欠下累累血債。 1944年初，日本帝國主義在太平洋戰爭中敗局已定，同南洋的海路被切斷。為了救援侵入南洋的孤軍，摧毀美軍在中國大陸的航空基地，並在中國大陸做垂死掙扎，急需打通平漢、粵漢鐵路，以圖建立一條從中國東北直到越南的“大陸交通線”。為此，日軍從4月中旬開始發動了號稱“一號作戰”的豫湘桂戰役。戰役第一階段，日軍目的在於佔領平漢線南部陣地。從東北—華北調集的14。8萬日軍，在華北派遣軍司令官岡村寧次指揮下，分數路進犯豫中。4月18日，日軍從河南中牟強渡黃泛區，然後分3路展開攻勢。22日攻陷鄭州，5月1日佔領許昌，25日攻佔洛陽，只用38天即佔領了河南全省。接著，華中、華南等地的日軍相繼攻佔長沙、衡陽、桂林、壩州、南寧等城市，於12月中旬達成打通大陸交通線的戰略目標。在此期間，岡村由於指揮作戰有功，同年8月被任命為第6方面軍司令官，11月又出任侵華派遣軍總司令官。打通大陸交通線作戰完成後，岡村曾向日軍大本營建議進軍四川，因為日本在太平洋戰事吃緊而未獲批准。 中國人民堅持持久抗日的方針，致使100多萬侵華日軍陷入泥潭而不能自拔。但是，岡村寧次等軍國主義戰爭狂人仍在做垂死掙扎。他身為侵華日軍最高指揮官，直到日本投降前夕的1945年8月12日，仍命令日軍負隅頑抗，叫囂寧可玉碎決不收兵。8月15日，日本宣佈無條件投降。當天蔣介石電告在南京的岡村寧次，令其停止一切軍事行動，並派代表到玉山聽候中國戰區