極端和平中進行，沒有經過歐洲式宗教改革那種血流成河的屠殺場面。紅教終於衰落，黃教一天比一天興旺。

宗喀巴是一位最有想像力的大師，他為喇嘛教創立一個別開生面的權力繼承製度。他有兩位門徒，一名達賴，一名班禪。宗喀巴宣稱這兩位門徒都是佛陀投胎，永不死亡，肉體雖然毀壞。但靈魂卻立即再轉生世界，永遠不滅。達賴、班排在肉體毀壞（死亡）時，事先就預言他的靈魂要到某一個方向或某一個地方，以化身重生。逝世之後，先由大喇嘛（拉穆吹忠）四個人，誦經作法，然後分別出發去尋覓他身 靈童。找到之後，迎回拉薩，經過一段時間的宗教教育，等靈童年齡稍長。再舉行坐床大典。成為喇嘛教的正式教主。坐床，就是坐在一張只有教主才可以坐的神秘寶床上，等於皇帝地登極大典。當然隆重非凡。

宗喀巴於十五世紀逝世，達賴以大門徒身份，繼承為喇嘛教教主，班禪以第二門徒身份充當副教主。從此之後，就實行化身（呼必勒罕）統治。十六世紀時，那位使明政府招架不住的蒙古俺答可汗，曾恭迎達賴三世到青海講道，蒙古人從那時候起，開始接受黃教。數十年前，四衛拉特之一的蒙古和碩特部領袖固始汗。從天山北路侵入青海（青海省）與喀木（西藏東部及四川省西部）。這時候，達賴、班禪同住在前藏的首府拉薩城，而仍信奉紅教的土王之一的藏巴汗，居住在後藏的首府日喀則城，跟黃教對抗。達賴宗教政府的最高執政官（第巴）桑結，向固始汗請求援助。固始汗接受這個邀請，出兵把藏巴汗殺掉，把原屬於藏巴汗地後藏土地，奉獻給教主。於是達賴仍住拉薩。而班禪則遷到藏巴汗所住的日喀則。固始汗大功告成之後，返回青海，留一個兒子率領蒙古軍隊，駐防拉薩。

後來，達賴五世逝世，桑結秘不發喪，仍用達賴的名義，為自己向康熙請求封號，康熙不知道內情，就加封桑結為土伯特國王。後來，事情敗露，桑結又急急忙忙找了一位名札陽嘉穆磋的靈童宣稱他就是化身，舉行坐床大典。桑結向清廷報告說，他秘不發喪的目的只不過為了安定民心。康熙自然知道他是在胡說八道，但因為自己也有不少事情沒有解決，便沒有追究。

當時，西藏的政治形態是：三巨頭並立。土伯特國王桑結主持行政，喇嘛教主達賴六世主持宗教，和碩特汗國王子拉藏汗主持軍事。

不過，這西藏的“三駕馬車”，相互制衡的同時也有著嚴重的衝突。並且，很快便表面化。拉藏汗對桑結國王事先沒有徵求他地同意，就確定誰是達賴化身，大不滿意，對外宣稱他將抵制到底。桑結認為拉藏汗不服，擔心自己地地位受到威脅，決定把拉藏汗毒死。拉藏汗得到訊息，先下手為強，一七〇五年，發動突擊，想把桑結殺了，結果桑結見機的快，提前逃脫，並找到一夥忠於自己的軍隊，與拉藏汗進行了一場爭奪。結果，這個時候，固始汗過逝，青海地統治者之位虛懸，被一直虎視眈眈的阿拉布坦得到機會。於是，準葛爾大策零敦多長途奔襲，趁機拿下了青海。後來，拉藏汗打敗了桑結，又囚禁了達賴六世！不久，達賴六世病故，拉藏汗又另覓達賴化身，在博克達山（新疆吐魯番北博格多山）找到一個名伊西嘉穆磋的孩子，舉行了坐床大典。

而此時，已經佔據了青海的策妄阿拉布坦卻不允許拉藏汗繼續當他的西藏王了！國家的利益高於一切！哪怕阿拉布坦跟拉藏汗有親上加親的婚姻關係（阿拉布坦是拉藏汗的姐夫，而阿拉布坦的女兒又嫁給拉藏汗的兒子丹衷，小夫婦一直住在伊犁阿拉布坦地王宮），也不能阻止這位新任準葛爾汗王的獠牙。

終於，就在一年前。接到阿拉布坦命令的大策零敦，毅然率領一支萬餘人的軍隊，奇襲拉藏汗。這絕對可以稱得上是世界上最勇敢、最困難的一次閃電突擊。從西寧到拉薩，有將近兩千裡的路程，其間要爬過崑崙山，接著。還要攀過唐古拉山，之後，便是世界屋脊的西藏高原，然後又要在超過一千多里不見人煙地冰天雪谷中秘密行軍。要不是因為於中在青海安排有大量的細作，根本就不可能知道敦多地這次奇襲，而遠在拉薩的拉藏汗，更是對此毫不知情。因為，敦多根本就不會讓他得到任何的訊息。

終於。經過艱苦的跋涉，敦多接近了拉薩。拉薩附近人煙稠密，既不能殺絕，又無法躲避，敦多便對那些驚愕的藏民說，他們是送丹衷夫婦回國省親的衛隊。於是，就這麼簡單地，準噶爾遠征軍如同從天而降一般，攻陷拉藏汗所住的布達拉宮，斬殺了拉藏汗。而在此之前。為了斬草除根。阿拉布坦早已經下令把女婿丹衷也殺掉了。於是西藏併入準噶