區域，卻發現了克隆人的事情，星際戰爭一觸即發。（星戰前傳二克隆人的進攻）

克隆人戰爭已經進行了3年之久，共和國與分裂聯盟在首都星進行了一場決戰，最後共和國獲勝。但分裂聯盟的首領格里夫斯將軍和杜庫伯爵劫持了議會的帕爾帕庭議長作為人質，以此作為要挾想要逃離共和國。

解救議長任務由歐比旺和安納金執行，結果是議長成功救出，杜庫伯爵身死，格里夫斯將軍逃跑。這次綁架事件後，議長帕爾帕庭要求絕地長老會繼續賦予他軍事權，直到追捕到格里夫斯將軍。由於議長帕爾帕庭對安納金很賞識，所以任命安納金作為他在長老會的私人代表。長老會對於議長帕爾帕庭不交出兵權十分疑惑，於是派安納金監視帕爾帕庭。

在愛情方面，安納金和阿米達拉秘密結婚，因為絕地武士不允許結婚的。歐比旺雖然察覺到了，但什麼也沒說。

安納金在和議長帕爾帕庭的接觸過程中，漸漸的被誘導認為，議長等於共和國，忠於議長等於愛國。畢竟安納金才19歲，對於政治大鱷議長帕爾帕庭來說，年輕的安納金簡直就是隨手就能蠱惑降服。

議長帕爾帕庭對安納金的賞識，和長老會遲遲不給安納金大師頭銜形成了鮮明對比。安納金認為士為知己者死，所以漸漸真正加入了議長帕爾帕庭的勢力，同時在議長帕爾帕庭“可讓愛人起死回生”的誘導下，嘗試接受原力的黑暗面。

所有分裂分子頭目，都轉移到了木法星。歐比旺帶領克隆軍去進攻分裂聯盟格里夫斯將軍的機器軍，只要格里夫斯一死戰爭就結束了。

格里夫斯被消滅，而帕爾帕庭卻向安納金承認自己就是黑暗的西斯大帝。此時安納金已經向帕爾帕庭學習了很多黑暗原力的知識，已經有師徒之實，所以已經完全向西斯大帝效忠。

絕地大師溫杜來向帕爾帕庭討要軍權的時候，帕爾帕庭開著錄影裝置，當絕地大師拿著鐳射劍時，帕爾帕庭假裝叫道：“謀殺！造反！”，而後他停止錄影裝置，抽出光劍把溫杜擊殺。

終於是撕破一切偽裝的時候了，帕爾帕庭召開議會，放出錄影，聲稱絕地武士背叛共和國。而後提出改共和制為帝制，達斯西斯，西斯皇帝現身，第一個命令就是消滅所有絕地武士。

安納金被授予達斯維達的名字，帶領著暴風軍團，闖進絕地神殿，殺滅所有的絕