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而經過了這一敗之後，德川賴宣和德川綱重才知道中華軍不好惹，甲府也不好打，因此兩人也不敢再輕易向甲府再發動進攻了，只好暫時扎住人馬，派人到關原去向酒井忠勝求救。

那知派出的人剛走了沒兩天，就立刻又轉回來，向德川賴宣和德川綱重彙報，幕府軍在關原被中華軍打得大敗，二十五萬大軍，幾乎全軍覆沒，酒井忠勝、川直義、川光等人剖腹自殺等等訊息。

兩人聽了之後，頓時就傻了，而且也不知道該怎麼辦，當然在兩人心裡也還抱著一絲幻像，傳回來的是假訊息，二十五萬大軍，就那麼容易被打敗嗎？或者雖然是打敗了，但也並沒有敗得這麼慘。

但就在第二天，從關原戰場逃出來的松平綱隆、稻葉正則、阿部定高等十幾個大名，帶領著幾千敗軍，到達了兩人的大營，並且告訴兩人，這些訊息都是真的，幕府軍己經徹底輸掉了第二次關原合戰，現在中華軍如日中天，就算攻下了甲府，也沒有任何意義，不如放棄甲府，先撤回江戶去再說。

最後的幻想終於徹底破滅了，德川賴宣和德川綱重這時也沒有別的辦法，只好聽從了松平綱隆、稻葉正則、阿部定高等人的勸告，和他們合兵，繞過了甲府，走小道返回江戶。但在幕府軍撤退的時候，中華軍又從甲府城出擊，追著幕府軍的尾巴，又追擊了一陣，再一次擊敗了幕府軍。

因為第二次關原合戰的規模太大了，二十五萬幕府軍，陣亡的人數達到十五萬多人，在戰爭結束以後，整個南宮山、桃配山都差不多堆滿了幕府軍的屍身；而俘虜的人數也差不多接近八萬，實際比現在的倒幕軍人數也差不了多少，另外還有大量的軍械、物資等等需要清點，檢收，因此戰後的清理，善後，收尾等工作也不是一天二天就能夠做得完，實際上一直到第七天，才差不多初步清完。

不過在這一段時間裡，倒幕的一方又連連收到好訊息，首先是救援甲府的幕府軍撤退，返回江戶，徹底放棄了收復甲府，而從關原到甲府之間地區內的各大名，要麼向倒幕勢力投降，要麼就放棄了封地，逃到江戶。最終有十六位大名向倒幕勢力投降，而倒幕的勢力，也一下子從關原一直擴大到了甲府地區，向東整整推進了近三百公里，離江戶只有一百多公里的距離，關原合戰取勝之後的巨大紅利，也在一步一步的體現出來，而倒幕的勝利，己經遙遙在望了。

在關原戰場打掃清楚之後，商毅也下令，讓成進統領十一軍，帶領著倒幕軍繼續向東進軍，和駐守甲府的十四師匯合，並且連同正在江戶灣外遊弋的第一分艦隊，從海陸兩路，攻取江戶，徹底消滅川幕府，完成最後的倒幕勝利。而在此其間投降的各大名，一率帶罪立功，加入倒幕軍去進攻江戶。商毅則帶領著剩餘的中華軍，進入京都，等候著倒幕成功的訊息。而隨商毅一起返回京都的，還有豐臣餘眾和毛利廣綱、鍋島勝茂、有馬忠賴等倒幕的主導大名。

因為經過了關原合戰之後，日本的戰局己經大局已定了，攻佔江戶，只不過是時間問題，而且接下來的重點，是倒幕之後，對日本局勢的重新洗牌，包括中日關係的確定，還有豐臣氏在日本的重新崛起定位等事務，因此商毅也沒有必要親自出馬去進攻江戶，交給成進去完成也就夠了，自己則應該留在京都，考慮這些倒幕之後的事情。

另外處理這些問題，一定要找一個地方，彙集日本的所有大名勢力，進行集中宣佈，封派、賞罰等事，而江戶是川幕府的治所之地，顯然並不是一個理想的地方。而雖然在近幾十年的時間中，日本的政治、經濟中心正在由京阪神地區向江戶轉移，但畢竟時間不長，京都、大阪地區，仍然是曰本重要的地區，由其是京都是天皇的居住地，而大阪是豐臣氏的基礎，因此將彙集曰本各大名勢力的地點選定在京都，更為合適一些，畢竟天皇還是商毅手中的一塊很好的招牌，這一次仍然還要利用。

但就在這時，忽然有人來報，仙台藩大名伊達綱宗、米澤藩大名上杉剛憲聯合了本州東北地區的三十四位大名，宣佈舉兵倒幕，並且聚集了八萬多大軍，向南進發，這時人馬己經到達了宇都宮，又派遣伊達綱宗的弟弟伊達宗實為使者趕到關原，參見商毅，祝賀中華軍取得關原合戰的勝利，並且表示了自己願意加入由中華軍主導的倒幕聯盟中來。

而這一次訊息卻讓毛利廣綱、鍋島勝茂、有馬忠賴等幾位倒幕