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抓住了大主教和阿諾基三世，也宣告中華軍征剿邦班牙部落以全勝結束。商毅也立刻組織了一個調查團，對抓獲的傳教士、土著進行調查，他們在這次大屠殺中的行為，而對西班牙士兵則不問調查，全部處以死刑。

同時商毅也正式宣佈將呂宋地區併入自己的版圖中，稱呂宋海外行省，直接受南京內閣管理。設立行政總督，管理省內行政事務，在行政總督以下，按南京政府的模式，設定其他各部門，管理事務。而在省下設市縣鄉，實行分級管理。

不過在目前階段，呂宋的各級行政機構不可能一下子就會部建立起來，還要逐步完善，因此商毅也不打算向呂宋省派遣官員，現在全部官員都從當地的華人中間選出，實行當地人自治。而呂宋行省的第一任行政總督，由商毅指定張庚秋擔任。

張庚秋在馬尼拉的華人當中就有比較高的聲望，馬尼拉戰爭結束之後，又得到進一步提升，由他出行政總督，也是名致所歸，而總督府以下的官員，也由張庚秋付責提名。

接著商毅又正式任命李華梅為中華軍駐呂宋軍區司令員，兼任呂宋艦隊司令員，軍街為少將。呂宋軍區直接歸屬於南京軍區管轄，屬於小軍區一類，行政級別相當於一個軍，而呂宋艦隊則歸屬於海軍部，與五大分艦隊同級。在馬尼拉地區繳獲的西班牙戰船，全部都劃呂宋艦隊，這一來呂宋艦隊的戰船數量達到了二十七艘，按海軍的戰船劃分，擁有三級巡洋艦二艘，四級驅逐艦十一艘，五級護衛艦七艘。輔助戰船七艘。

不過艦隊的人員缺額超過了一半，還要慢慢補充，因此商毅也決定，原來的船員水手只要經過調查，沒有參與這次大屠殺的，也全部留用，歸為呂宋艦隊的成員。

這樣一來，呂宋地區的軍、政兩方面框架都己經正式建立起來，也標誌著南京政府對呂宋的統治己經進入一個實質性階段，只需要一步一步的完善起來。

而這時西班牙人己經徹底被中華軍打敗，一個強大的當地土著也幾乎被滅了族，現在整個呂宋群島地區都是中華軍的天下，而在這種強大的武力面前；還有誰敢和中華軍作對，因此呂宋島的其他各部落土著，以及其他教會的傳教士們，還有呂宋島以外，其他各海島上土著部落的酋長頭人，在耶穌會的傳教士的勸說下，也都紛紛來到馬尼拉城，向中華軍表示臣服。

等眾人差不多聚齊之後，商毅首先下令舉行審判大會，將在這次大屠殺中犯罪的人員進行公開處理，被處以死刑達到一千五百六十六人，包括總督查孔在內的所有西班牙士兵，大主教弗朗西斯科等三十二名傳教士，以及阿諾基三世為代表的一批土著。當場執行槍決。參加審判大會的土著酋長頭人們也都嚇得心驚肉跳。而其他在馬尼拉城裡居住的西班牙人、待從，以及歸附西班牙殖民者的土著，則都處以五到十年的苦役。

隨後商毅才招集眾土著酋長頭人們，先嚴厲的將他們訓訴一頓；指責他們附庸西班牙殖民者；欺壓華人的行為。這一點到並不冤枉這些土著，雖然他們並沒有像邦班牙部那樣，直接充當西班牙殖民者的幫兇，但佔華人一點小便易的事情，多少也都做過一些。只是有了大壞人，也就顯不出小壞人來。但現在世道變了，大壞人己經被打倒，不少酋長都在想，是不是該清算小壞人了。有不少人都嚇得哆嗦起來。

不過商毅把話鋒一轉，表示自己寬宏大量，對他們過去的行為都不予追究，但要求他們以後絕對服從中華軍的命令，否則邦班牙部的下場就是最好的例子。

眾酋長頭人們聽了，也都鬆了一口氣，立刻紛紛表示，一定服從中華軍的命令。而商毅也立刻趁熱打鐵，要救各部落都要抽調一部份青年土著，年齡在十六歲以上，二十五歲以下，男女各半，脫離本部落，做為呂宋總督府的直屬土著。因為現在馬尼拉的華人只有兩萬五六千餘眾，想要進一步開發呂宋，需要大需勞動力，這點人力當然不夠，而在短時間內，對呂宋進行大規模移民也是不現實的，因此只能從當地土著中挖掘潛力。

儘管各酋長頭人們心裡都不願意，因為十六歲以上，二十五歲以下的男女也都是各部落的主要勞動力，誰都捨不得。但血淋淋的事實就擺在眼前，誰還敢說個不字，因此也只好同意了。結果總督府一下就得到了三萬多名年輕的男女，致少在近三五年之內，勞動力還是夠用了。

而最後商毅又宣佈，將邦班牙部遺留下來的全部人口都分配給各部落。邦班牙部的青壯年幾乎全部戰死，現在還有兩萬餘人，基本都是