大的水軍，又有貿易資源，也可以保障海上的安全，當然這也和商毅對他的支援分不井，因此鄭成功毎年的財政收入都要遠大於紹武朝廷。而有錢就能養兵，現在鄭成功手下的兵力己有六七萬之眾，戰船數百艘，各種火炮五百餘門，這次出兵參加中原大戰，鄭成功出動的海陸兩路，共計有三萬餘人馬。

因為無論是兵力、財力，勢力、在福建的基礎，鄭成功都遠遠超過了紹武朝廷，而在這種君弱臣強的局面下，矛盾幾乎就是不可避免的。自從紹武朝廷應鄭成功之請，入主福建之後，雙方的蜜月期極為短暫，以蘇觀生為道的紹武朝廷執政大臣出於希望獨佔大權的私人目地，不斷在紹武皇帝朱聿鐭面前攻擊鄭成功，稱他擁兵自重、不尊朝廷，並要朱聿鐭警防尾大難掉。後來紹武朝廷在沒有通知鄭成功的情況下，就接納了金聲桓的歸順，為鄭成功樹立一個對立的軍事力量，雙方立刻就產生了對立的矛盾。

隨後紹武朝廷又加入南方聯盟，共同對付南京政府，而鄭成功和商毅的關係密切，極力反對，也使雙方的矛盾越來越深了。

雖然鄭成功十分後悔，把紹武朝廷接到福建來，但現在木己成舟，無法挽回，他又不願受人以柄，因此也只好採取消及應對的方式，平時的大部份