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但紹武朝廷雖然立朝倉促，但軍事力量到還不算差，林察本是鄭芝龍的部隊，頗有勇武，石壁、馬玄生、徐貴相、鄭廷球都是海盜出身，也幹慣了刀頭tian血的勾當，因此雙方大戰一場，方國安被他們殺得大敗，而朱聿鐭還下令乘勝進軍，攻打韶州。而魯王監國朝廷在廣東也混不下去了，只好逃到廣西梧州安身。

在另一方面，鄭芝龍雖然被清軍挾持北上，部將也大多降清，但餘部之中，還有相當一部人拒絕降清，但這時群龍無首，都是各自為戰，割據一方。除了林察投靠了紹武朝廷之外，鄭彩據守在廈門島，鄭鴻逵佔據金門島，鄭芝龍的部將陳豹佔據南澳島。

而鄭成功雖然是鄭芝龍的長子，但領軍的時間並不長，因為手頭上並沒有多少實力，本來和鄭鴻逵一赴據守金門島，但得知老家安平遭清軍洗劫的訊息之後，他馬上率部從金門趕回，但這時的安平，己被清軍洗劫一空，鄭氏的老家成為一片廢墟，而鄭成功的母親田川松也未能躲過這場災難，遭到清軍凌辱之後，自盡身亡。

悲憤交加的鄭成功厚葬母親之後。以老家安平為基地，誓師起兵。但這時鄭成功手下的人馬不足千人，是鄭芝龍餘部之中實力最弱的一支。而就在這時，商毅又寫給鄭成功一封信，表示自己願意幫助鄭成功報父母之仇，並且可以支付他一批物貨軍器錢糧，招集父親的餘部，擴充兵力，並約請鄭成功會面。

商毅當然知道，要打破目前的不利局面，當務之及是扶植一支鄭氏餘勢力量，在福建起兵，牽制清軍的力量，這樣才能減少自己的後顧之憂，集中兵力投入到收復南京的計劃中。而鄭氏餘勢力量中，能夠扶植的，當然只有鄭成功了。雖然鄭成功的性格中有不少缺點，但在抗清這一點上，是絕對堅定不移的。因此在鄭成功出使杭州之後，商毅也一直保持著和鄭成功的聯絡，也就是為這一刻準備的。

不過在另一時空裡，在鄭芝龍被清軍挾持之後，鄭成功差不多花了近一年的準備時間，才開始正式出兵抗清，雖然取得了一些成果，但終於是因為鄭成功崛起的時間太晚，南眀的最好機遇，已經錯過了。

而現在己是七月中旬，跨海突襲，收復南京的計劃己經迫在眉睫，商毅也不可能等鄭成功慢慢的積攢力量，因此要利用自己的名望，幫助鄭成功，儘快擴充實力，整合鄭芝龍的餘部，讓他在短時間內俱備在福建和清軍作戰的實力。牽制清軍的兵力。

鄭成功雖然己經誓師起兵，但這時他手下兵不滿千，將不過數員，船不過三十餘艘，而且安平是彈丸之地，地方狹小，又無險可守，不能做為基礎，也可以說是萬事艱難。在這種情況下，商毅主動向鄭成功表示支援，並且原意給他提供物貨軍器錢糧，完全就是雪中送碳，而且鄭成功對商毅一向敬佩，因此對商毅更是感激萬分。

於是鄭成功也立刻給商毅回信，向商毅表示了自己的感謝之情。並且表示原意接受商毅的幫助。正好這時駐守南澳的陳豹也派人來向鄭成功表示效忠，並且願意把自己部下的三千餘眾的兵力全部都交給鄭成功指揮。

南澳是位於福建最南端，漳州府與潮州府交界的一個海島，面積約在近五千平方公里，而是距離陸地只有三十餘里的海路，和臺灣隔海相望，進可攻，退可守，地歷位置十分優躍，一直都是南部沿海的總要島嶼。而陳豹是追隨鄭芝龍多年的舊部，為鄭氏十分忠心，而且在漳州府、潮州府沿岸一帶頗有名望。得到了他的幫助和支援，對鄭成功起兵，使鄭成功在起兵之初，不僅馬上擴大了兵力，而且有了一塊立足之地，起到至關重要的作用。

因此鄭成功也約請商毅，到南澳島來會面。

收到了鄭成功的回信之後，商毅也十分高興，首先命先駐守臺灣的沈壽嶽帶一個團的兵力，首先趕到南澳島，和鄭成功會面。

這個時侯商毅已經向臺灣移民三十餘萬，加上臺灣本地的居民，和從日本掠帶過來的人口，總計在商毅治下的人口己經超過了四十萬，組成了大小數百個村落。而且和臺灣的大部份土著都保持著良好的關糸，現在己經佔據了臺灣七成以上的土地，並且在北部地區，興建了基隆、宜蘭、新竹、桃源四座城市，還開墾了大量的良田，煤礦、鐵礦、金礦等，不僅完全實際了自己自足，而且還能支應浙江一部份物資，也呈現出十分興旺發達的景像，與荷蘭人統制的地區呈現出截然不同的樣