京的鄭芝龍一族，做為第一批撤離人員，當然其中也還有多鐸在南京搜刮的私人財產和幾個美女。分為水旱兩路，水路運送的是物資財產，而陸路走的則主要是人員。首先向武昌府轉移，然後從武昌府渡江北返進京。

陸路的部隊因為人數不多，因此也準備得較快，由固山額真尹拜圖帶領著五千人馬押送；首先從南京出發，沿長江向西行進。

而水路是要運送物資錢糧，清軍出動一百多艘船隻，其中運輸船有八十餘艘，護航的戰船有三十餘艘。清軍的戰船多是用商船、貨船改造，而且經歷了兩場水戰之後，小船基本都燒完了，現在留下的多數三百料以上的大船，而且還有十餘艘四五百料的大船，因此運輸量也頗為可觀。

但就在清軍的船隊準備從南京啟航的時候，正好商家軍長江艦隊從長江向清軍發動進攻的時候，何濱正帶領著前部的十三艘戰船向龍山船廠這邊行駛過來，得知這時清軍的船隻都停泊在南京金川門一帶的江面的碼頭上，正在裝船出發，因此何濱也立刻下令，各船排成一列縱隊，向清軍的船隻發動進攻。同時又派小艇向後面的第二批艦隊下令，讓他們迅速趕來參戰。

商家軍的艦隊突然殺到，也確實令清軍有些措手不極，好在是水軍統領劉夢蛟經過了二次水戰之後，到是有了些經驗，因此立刻下令，命準備好的三十餘護航戰船立刻出擊，迎擊商家軍的戰艦，為運輸船隊爭取時間，然後又催促在碼頭裝船的各船立刻啟航出發，裝好貨物的船隻直接向武昌進駛，到武昌去聽候命令，而沒裝貨的船則駛回龍山船廠內停泊。

雖然劉夢蛟的命令下得沒錯，但執行起來，卻是一大堆問題，因為並不是所有船隻都能在第一時間收到命令，結果有的船收到命令，立刻揚帆啟航出發，而有的船卻還在自碼頭駛進，結果互相撞在一起，前進不得。同時還有不少船隻正在裝船中，水手船員都還洠в械轎唬�淙懷妨頌�澹��疵環ǔ齪劍�磽飠褂脅簧僦蛔傲艘徊糠蓴蹺鐧拇�唬�膊恢�約焊檬欠禱亓�醬�。�故歉檬幌蛭洳��荒芘扇死聰蛄趺悟匝肝剩�舶蚜趺悟願�Φ媒僱防枚睿�榧敝�校�蠶麓鍃瞬簧俅砦蟮拿�睿�峁�馴糾淳圖壕�行┗炻業木置媾�酶�搖Ｕ嬲�忱�肟�臚肥蛔叩拇�黃涫得患柑酢�

而就在碼頭亂成一團的時候，忽然有**叫了一聲：“商家軍的艦隊殺過來了。”

話聲未落，只聽“嗖嗖嗖”的破空之聲傳來，緊接著就是“轟——轟——”的爆炸聲響起，碼頭上頓時陷入一片硝煙迷霧之中。

儘管這一次商家軍出戰的只有十三艘戰船，但都是火力齊備的戰船，而湥Ь�揮腥��嗷ず降惱醬��搶鍤巧碳揖�允鄭�參薹ㄗ璧採碳揖�慕⒍擁耐換鰨�虼搜杆儔簧碳揖�惱醬�比胱砸訓拇�籩校�笥蟻系幕鶓諑至骺�鵜凸ィ�由嚇�ɑ鵂�椅璺繕洌�虻媒�嬪纖��鈉穡�銜Χ習迓曳傘２灰換岫�寰�惱醬�捅換鞽亮聳�嗨遙��淥�惱醬�捕急淮虻孟蛄講嘍閭印�

商家軍的艦隊也趁勢衝過清軍護航戰船的阻擋，殺到了碼頭來。在江面上橫向排開，以側舷對準碼頭，首先是一陣霹靂火箭發射，隨後就是開炮猛轟。

這時在碼頭上，清軍的整個船隊也立刻亂成了一團。有的船被霹靂火箭擊中起火，也有被炮彈擊裂船舷，進水下沉。而其他的船隻也都慌不擇路，四散亂行，雖然有少數船隻僥倖從戰場上跑少出去，但大多數船隻都在混亂果互相擁擠、衝撞，反到是把自己堵得無法動彈，而火勢也互相蔓延，結果著火的船隻也越來越多。

而隨後第一分艦隊剩下的十二艘戰船也立刻出動，加入到戰場中來，趁著清軍船隻混亂的時候，向清軍發動更為猛烈的攻擊。清軍這時己全無抵抗之力，船隻被一艘一艘的擊沉。

與此同時，黃震接到了何濱的報告之後，也立刻下令，第二、三分艦隊和海軍第五分艦隊馬上出擊，投入到戰場中去。不過等商家軍的大隊船隊趕到戰場的時候，戰事己經接近尾聲，清軍的船隻己被打得傷沉過半，除了少數逃向武昌方向，其餘的船隻都退進龍山船廠中躲避。

這一戰結束之後，商家軍一共擊沉了清軍各種戰船四十三艘，俘虜十六艘，船上的物資也全都成為了商家軍的戰利品，而商家軍自身，僅僅只被擊沉了二艘護衛艦，另外有三艘船有一定的損傷。不過在混亂中，清軍也有十二船僥倖逃出了戰場，向武昌的方向行駛而去。清軍逃入龍山船廠逃避的船隻，己不足五十艘。

取得水戰的勝利之後，黃震到並沒有急著對龍山船廠發動進攻，因為這時清軍在南京地區的