二萬七千多人，也就商家軍成立以來，在一次戰役中投入兵力最多，而且與清軍進行最大規模的戰鬥。

自從南京失守之後，商毅就沒有親臨第一線指揮作戰的經歷了，因為經過了幾年戰鬥的歷練之後，現在商家軍各軍指揮官都有十分豐富的臨陣指揮經驗，完全可以獨當一面。而且現在的戰爭也分了好幾個戰場進行，商毅要對整個戰局進行全盤考慮，也不能把精力都放在某一個戰場上。因此坐鎮杭州，全盤指揮才是商毅應該出任的角色。

但這一次收復南京的戰役，商家軍一共出動四個軍加上一支水軍，各軍之間要進行協同作戰，必須建立一個統一的指揮部才行，而各軍的兵力雖然有多有少，但在在級別上都是平等的，因此也只有商毅才能勝任總指揮一職。而且儘管有飛鴿傳書，但如果是在杭州控制指揮，仍然不能及時瞭解戰場情況，並做出應對命令，畢竟戰場的局勢，只有在第一線才能最清楚。因此商毅也決定在各部隊都到達各自的陣地之後，商毅也將親自趕到第一線，指揮這場進攻南京的戰鬥。杭州的政務，都交給葉瑤瑱、周世奇、王夫之來處理。

對商毅的這個決定，其他官員們也都沒有反對，因為現在收復南京的戰役，也成為各戰